Đặc điểm phân tử virus hợp bào hô hấp ở trẻ mắc nhiễm khuẩn hô hấp dưới nặng cộng đồng và bệnh viện tại thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam, 2010

Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 4 * 2014 Nghiên cứu Y học Chuyên Đề Nhi khoa 109 ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ VIRUS HỢP BÀO HÔ HẤP Ở TRẺ MẮC NHIỄM KHUẨN HÔ HẤP DƯỚI NẶNG CỘNG ĐỒNG VÀ BỆNH VIỆN TẠI TP. HỒ CHÍ MINH, VIỆT NAM, 2010. Trần Anh Tuấn*, H Rogier Van Doorn*, Đỗ Liên Anh Hà*, Trần Tấn Thanh* TÓM TẮT Mục tiêu: Khảo sát đặc điểm phân tử của virus hợp bào hô hấp (Respiratory syncytial virus: RSV) gây nhiễm trùng hô hấp dưới nặng (cộng đồng và bệnh viện) ở trẻ nhập viện tại khoa hô hấp, bệnh viện Nhi Đồng 1. Phương pháp nghiên cứu: Nghiên cứu mô tả có phân tích, tiền cứu thực hiện ở trẻ nhập phòng cấp cứu Khoa Hô hấp – bệnh viện Nhi Đồng 1. Thực hiện phết mũi hầu (bằng flocked nasopharyngeal swabs) để tầm soát nhiễm khuẩn RSV (cộng đồng và bệnh viện) bằng real-time RT-PCR sau đó phân tích trình tự gen. Kết quả: Trong thời gian 1 năm (2010), có 1,439 trẻ nhập phòng cấp cứu khoa hô hấp – bệnh viện Nhi Đồng 1 được tầm soát nhiễm khuẩn RSV. RSV được phát hiện trong vòng 72 giờ đầu sau khi nhập viện ở 26% bệnh nhi (376/1439; RSV A: n=320; RSV B: n=54; RSV A và B: n=2). Trong số trẻ có RSV âm tính trong vòng 72 giờ sau nhập viện, 6,6% trẻ (25/377) nhiễm khuẩn bệnh viện do RSV (RSV A: n=22; and RSV B: n=3). Phân tích trình tự gen từ 78,8% (316/341) mẫu bệnh phẩm dương tính cho thấy có sự lưu hành đồng thời của nhiều genotypes RSV khác nhau, trong đó NA1 chiếm ưu thế ((NA1: n=275; GA5: n=5; BA3: n=3; BA9: n=26; BA10: n=7). GA5 và BA3 là 2 genotypes chưa được báo cáo ở Việt Nam trước đây. Kết luận: RSV là tác nhân quan trọng gây nhiễm khuẩn hô hấp dưới ở trẻ em, cả ở cộng đồng lẫn bệnh viện. Nghiên cứu này góp phần tăng cường hiểu biết về tính đa dạng về mặt di truyền của RSV lưu hành ở Việt Nam. Từ khóa: Virus hợp bào hô hấp, đặc điểm phân tử, nhiễm khuẩn hô hấp dưới, nhiễm khuẩn bệnh viện do RSV. ABSTRACT MOLECULAR CHARACTERISTICS OF HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS CAUSING SEVERE NOSOCOMIAL AND COMMUNITY ACQUIRED LOWER RESPIRATORY INFECTIONS IN CHILDREN IN HO CHI MINH CITY, VIETNAM, 2010 Tran Anh Tuan, H Rogier Van Doorn, Do Lien Anh Ha, Tran Tan Thanh * Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Vol. 18 - Supplement of No 4- 2014: 109 - 115 Objective: Study on molecular characteristics of human respiratory syncytial virus in children admitted with nosocomial and community-acquired lower respiratory infections in emergency unit of respiratory ward, Children’s Hospital 1. Methods: This descriptive prospective study was conducted in children admitted in emergency unit of respiratory ward, Children’s Hospital 1. The screening of community and hospital-acquired RSV infections was performed by flocked nasopharyngeal swabs. The real-time RT-PCR and phylogenetic analysis of partial G gene sequences were used in detection and analysis of molecular characteristics of RSV. Results: During a one year surveillance study (2010) we took serial samples from 1,439 children admitted to the Emergency Unit of the Respiratory Ward of Children’s Hospital 1 in Ho Chi Minh City, Vietnam. RSV was detected within 72h of admission to the ward in 26 % (376/1439; RSV A: n=320; RSV B: n=54, and RSV A and * Bệnh viện Nhi Đồng ** Đơn vị nghiên cứu lâm sàng Đại học Oxford Tác giả liên lạc: ThS.BS Trần Anh Tuấn ĐT: 0903996869 Email: drtat@hotmail.com Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 4 * 2014 Chuyên Đề Nhi khoa 110 B: n=2). Among those negative within 72h after admission to the ward, 6.6% (25/377) acquired nosocomial RSV infection during hospitalization (RSV A: n=22; and RSV B: n=3). Phylogenetic analysis of partial G gene sequences obtained from 78.8% (316/341) positive specimens revealed the co-circulation of multiple genotypes with NA1 being predominant (NA1: n=275; GA5: n=5; BA3: n=3; BA9: n=26; and BA10: n=7). GA5 and BA3 are genotypes that have not been reported from Vietnam previously. Conclusions: Besides confirming the predominance of RSV as a respiratory pathogen among hospitalized children, data from this study extend our knowledge on the genetic diversity of RSV circulating in Vietnam. Keywords: respiratory syncytial virus (RSV), Molecular characteristics, lower respiratory infections, nosocomial RSV infections. ĐẶT VẤN ĐỀ RSV là tác nhân gây bệnh quan trọng của nhiễm khuẩn hô hấp cấp tính ở trẻ em các nước đã và đang phát triển(6). Nhiễm RSV đưa đến nhiều biểu hiện lâm sàng khác nhau: viêm tiểu phế quản, viêm phổi, viêm thanh khí phế quản và viêm hô hấp trên. Trong đó, viêm tiểu phế quản là nguyên nhân nhập viện hàng đầu ở trẻ em(3). RSV còn được xem là nguyên nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện (NKBV) quan trọng ở các nước đã phát triển. Hall CB và cộng sự (1977) nhận xét thấy rằng trong thời gian xảy ra dịch RSV, khoảng một phần ba số trẻ nhập viện vì bệnh lý không liên quan đến RSV lại bị nhiễm khuẩn bệnh viện do RSV (NKBV–RSV)(3).Theo Madhi SA và cộng sự (2004), tại một khoa nhi ở Nam Phi, tỷ lệ NKBV-RSV trong số trẻ nằm viện là 11,5%(4). Ở Việt Nam, đến nay đã có nhiều công trình nghiên cứu về tình hình nhiễm RSV mắc phải tại cộng đồng. Tuy nhiên, hiện nay vẫn chưa có công trình nghiên cứu nào ở Việt Nam về NKBV-RSV, đặc biệt là ở trẻ em. Nghiên cứu của chúng tôi nhằm khảo sát những đặc điểm phân tử của RSV gây nhiễm khuẩn hô hấp dưới nặng tại cộng đồng và bệnh viện ở trẻ em Việt Nam. ĐỐI TƯỢNG – PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Đối tượng và phương pháp nghiên cứu Nghiên cứu mô tả có phân tích, tiền cứu thực hiện tại khoa hô hấp – bệnh viện Nhi Đồng 1. Chọn tất cả các trẻ nhập viện tại phòng cấp cứu – khoa hô hấp – bệnh viện Nhi Đồng 1 trong thời gian từ tháng 01/2010 đến hết tháng 12/2010 bằng phương pháp chọn mẫu liên tiếp không xác suất. Trẻ có RT-PCR RSV dương tính ngay lúc nhập phòng cấp cứu hay trong vòng 72 giờ sau đó được xem là NKCĐ do RSV. Trẻ có RT-PCR RSV âm tính ngay lúc nhập phòng cấp cứu và trong vòng 72 giờ sau đó, nhưng có RT-PCR RSV dương tính ở những thời điểm sau đó được xem là NKBV do RSV. Phương pháp lấy mẫu Mọi trẻ nhập phòng cấp cứu khoa hô hấp được thu nhận vào nghiên cứu. Để chẩn đoán nhiễm khuẩn cộng đồng do RSV (NKCĐ RSV), phết mũi hầu chẩn đoán (bằng flocked nasopharyngeal swabs) được thực hiện ngay khi nhập phòng cấp cứu (D1) và ở thời điểm 72 giờ sau đó (D2). Để tầm soát NKBV do RSV, phết mũi hầu tầm soát (Sn) được thực hiện 2 lần mỗi tuần (thứ hai và thứ năm hàng tuần) ở tất cả bệnh nhân đang nằm phòng cấp cứu. Phết mũi được cho vào trong 1 ml môi trường vận chuyển virus (VTM: viral transport medium) và được bảo quản ở 4°C trong khi chờ được vận chuyển hàng ngày đến Phòng xét nghiệm chẩn đoán phân tử của Đơn vị Nghiên cứu Lâm sàng – Đại học Oxford đặt tại bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới – TPHCM. Tại đây, bệnh phẩm được bảo quản ở (-80 °C) cho đến khi thực hiện xét nghiệm. Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 4 * 2014 Nghiên cứu Y học Chuyên Đề Nhi khoa 111 Xét nghiệm chẩn đoán virus Tách chiết RNA của virus RNA của virus được tách chiết từ 100 µl dịch mũi hầu bằng cách sử dụng hệ thống tách chiết acid nucleic MagNA Pure 96 (Roche Diagnostics, Basel, Thụy Sĩ). RNA virus được tách rửa trong 60 µl dung dịch đệm tách rửa và 5 µl RNA virus đã được dùng cho chẩn đoán và RT-PCR xác định phân nhóm cho RSV A hay B. Phần RNA virus còn lại được trữ ở (- 80oC) cho phân tích sau. Kỹ thuật real-time RT- PCR Việc khuyếch đại vùng HVR thứ hai của gen protein G của 2 phân nhóm virus A và B được thực hiện bằng phương pháp RT-PCR bán tổ hợp. Bộ kit SuperScript II Onestep RT-PCR Kit cùng với việc kết hợp thêm mồi xuôi và mồi ngược ABG490 và F164 và 5µl RNA của virus được thực hiện với cả 2 phân nhóm virus A và B theo hướng dẫn của nhà sản xuất. Sản phẩm PCR sau khi được tinh chế được dùng để phân tích giải trình tự gen bằng cách dùng bộ kit giải trình tự chu kỳ ABI BigDye Terminator (ABI BigDye Terminator cycle sequencing kit) trên máy phân tích DNA tự động ABI 3730XL (ABI 3730XL automatic DNA analyzer) (Applied Biosystems Inc, Foster City, CA, USA). Kỹ thuật phân tích trình tự gen Phân tích trình tự gen bằng phần mềm ContigExpress và thực hiện việc bắt cặp với trình tự chuẩn của phân nhóm RSV A và B có trong GenBank bằng phần mềm BioEdit v7.0.1. Cây chủng loại được xây dựng trong phần mềm MEGA 5.05 dựa trên mô hình thay thế nucleotides của Tamura-Nei. Khác biệt khi so sánh cặp giữa các trình tự nucleotides và các trình tự amino acid được tính bằng phần mềm MEGA. Chuyển mã đoạn gen HRV thứ hai của protein G sang trình tự amino acid được thực hiện bằng phần mềm BioEdit. KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN Bệnh nhân Trong thời gian từ tháng 01 đến hết tháng 12/2010, có 1.439 bệnh nhân được thu nhận vào nghiên cứu. Tuổi trung vị: 22,3 tuần (khoảng tứ phân: 9,6 – 49,0). Nam: 892 (62%), nữ: 547 (38%). Tầm soát nhiễm RSV ban đầu RT-PCR tầm soát RSV dương tính trong mẫu quệt mũi họng chẩn đoán (D) ở 376/1.439 (26,1%), trong đó 363 mẫu (D1) dương tính ngay khi nhập viện, 13 mẫu dương tính trong mẫu bệnh phẩm chẩn đoán thứ hai (D2) – thực hiện sau 72 giờ nhập vào phòng cấp cứu. Trong số 376 trẻ RSV dương tính, có 320 trẻ dương tính với RSV phân nhóm A, 54 với RSV phân nhóm B, và 2 với cả 2 phân nhóm RSV. Không phát hiện thấy RSV trong thời gian từ tháng 1 đến tháng 3. Trường hợp nhiễm RSV đầu tiên được phát hiện vào tháng 4, trong khi ở giai đoạn từ tháng 7 đến tháng 10 mỗi tháng có trên 50 trường hợp dương tính. Tầm soát nhiễm khuẩn bệnh viện do RSV Kết quả chung Có 448 trẻ nằm phòng cấp cứu từ 3 ngày trở lên, trong đó 377 trẻ được thực hiện ít nhất một phết mũi chẩn đoán (D) để tầm soát nhiễm khuẩn bệnh viện do RSV. Trong thời gian nghiên cứu, 377 trẻ này được thực hiện phết mũi chẩn đoán (D) 2 lần/tuần để tầm soát nhiễm khuẩn bệnh viện do RSV. Trong số 377 trẻ này, RNA của RSV được phát hiện ở các mẫu quệt mũi họng tầm soát nơi 25 bệnh nhân, bao gồm 22 trẻ với RSV phân nhóm A (88%) và 3 trẻ với RSV phân nhóm B (12%). Như vậy, tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện do RSV trong số các trẻ được tầm soát là 6,6% (25/377). Tỷ lệ này cao hơn tỷ lệ NKBV nói chung tại khoa hô hấp bệnh viện Nhi Đồng 1 cùng thời Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 4 * 2014 Chuyên Đề Nhi khoa 112 điểm (là 2,99% - theo kết quả điều tra căt ngang năm 2010)(7). Biểu đồ 1: Phân bố theo tháng của nhiễm khuẩn RSV cộng đồng và bệnh viện Đặc điểm phân tử của RSV gây NKCĐ và NKBV (xem bảng 1, 2, 3) Bảng1: Đặc điểm phân tử của RSV nhóm A Việt Nam Genotype/ Đột biến NA1 GA5 Vai trò RSV-CĐ (N=262) RSV-BV (N=13) RSV-CĐ (N=5) Kiểu TTKP; 227-230 (%) 96,2 92,3 100 Vị trí O-glycosyl hóa Kiểu KPT; 233-235 (%) 99,2 100 100 Vị trí O-glycosyl hóa Asp237 (%) 94,5 100 0 NA1 đặc hiệu Mất vị trí N-glycosyl hóa Lys237(%) 0,4 0 0 Mất vị trí N-glycosyl hóa Ile238 (%) 0 0 0 GA5 đặc hiệu Pro241 0 0 100 GA5 đặc hiệu Kiểu TTKT; 238-241 (%) 100 92,3 0 Vị trí O-glycosyl hóa Asn250 0 0 100 GA5 đặc hiệu Thêm vị trí N-glycosyl hóa Ser251 0 0 100 GA5 đặc hiệu Mất vị trí N-glycosyl hóa Asn251 88,2 76,9 0 Vị trí N-glycosyl hóa Leu256 0 0 100 GA5 đặc hiệu Thr269 100 100 0 GA2 đặc hiệu nhưng cũng tìm thấy trong NA1 Leu274 95,0 92,3 0 NA1 đặc hiệu Thr274 0 0 100 GA5 đặc hiệu Ile279 0 0 100 GA5 đặc hiệu Ser289 100 100 0 GA2 đặc hiệu nhưng cũng tìm thấy trong NA1 Ser292 100 100 0 NA1 đặc hiệu Tyr294 0 0 0 Mất vị trí N-glycosyl hóa Ile295 0 0 100 GA5 đặc hiệu Ile296 80,9 76,9 0 Mất vị trí N-glycosyl hóa ở vị trí 294 Asp297 0 0 100 GA5 đặc hiệu 298-STOP 99,6 100 0 NA1 đặc hiệu 299-STOP 100 100 100 Bảng 2: Đặc điểm phân tử của RSV nhóm B Việt Nam Nhóm/Genotype BA3 (N=3) BA9 (N=26) BA10 (N=7) Chi chú RSV NKCĐ (N=25) RSV NKBV (N=1) Chiều dài tiên đoán (n) 281 0 0 0 1 312 1 25 1 3 315 2 0 0 0 319 0 0 0 3 20 aa lặp lại 2 lần (n) 3 25 1 7 Pro222 (n) 3 0 0 0 BA3 đặc hiệu tiềm năng NST; 230-232 (n) 0 0 0 2 Vị trí N-glycosyl hóa Pro231 (n) 0 0 0 2 GA10 đặc hiệu (230-232) KPT; 234-236 (n) 3 25 1 7 Vị trí O –glycosyl hóa Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 4 * 2014 Nghiên cứu Y học Chuyên Đề Nhi khoa 113 Nhóm/Genotype BA3 (N=3) BA9 (N=26) BA10 (N=7) Chi chú RSV NKCĐ (N=25) RSV NKBV (N=1) Ile239 (n) 3 0 0 0 GA3 đặc hiệu tiềm năng Arg282 (n) 3 0 0 0 GA3 đặc hiệu tiềm năng Gly292 (n) 0 0 0 7 GA10 đặc hiệu NST; 296-298 (n) 3 25 1 7 Vị trí N-glycosyl hóa NST; 310-312 (n) 2 25 1 4 Vị trí N-glycosyl hóa Bảng 3: Trình tự tương tự giữa RSV gây nhiễm khuẩn bệnh viện và nhiễm khuẩn cộng đồng so sánh với trình tự của GenBank Nhóm Trình tự tương tự Trình tự tương tự từ GenBank (Chủng và số đăng ký) Chủng RSV NKBV Chủng RSV NKCĐ 1 VN-202S2, VN-269S2, VN-432S1, VN-579S1, VN-5288S3, VN-5392S2 114 chủng Chủng 797-HCM/11.10-A (JX079971) Chủng 894-HCM/10.10-A (JX079969) Chủng 846-HCM/10.10-A (JX079967) Chủng 753-HCM/09.10-A (JX079962) Chủng 657-HCM/08.10-A(JX079958) Chủng 597-HCM/07.10-A(JX079956) Chủng 512-HCM/06.10-A(JX079953) Chủng 415-HCM/05.10-A (JX079950) Chủng 378-HCM/05.10-A (JX079949) 2 VN-166S2 VN-192 Không tìm thấy 3 VN-325S1 VN-453, VN-457, VN-482, VN-517, VN-618, VN-5493, VN-5576, VN-5649 Không tìm thấy 4 VN-639S2 VN-200, VN-297, VN-357, VN-370, VN-534, VN-606, VN-5217, VN-5361, VN-5446, VN-5496, VN-5534, VN-5544, VN- 5550, VN-5561, VN-5646 Chủng 08-046972 (JX015498) Chủng BE/4998/08 (JX645856) Chủng 929-HCM/11.10-A (JX079970) Chủng 788-HCM/09.10-A (JX079964) 5 VN-5477S2 VN-313, VN-334, VN-584, VN-698, VN-5379, VN-5409, VN-5469, VN-5475, VN- 5484 Giống với nhiều trình tự 6 VN-5503S3 VN-223, VN-380, VN-385, VN-386, VN-5279, VN-5370, VN-5425, VN-5512 Không tìm thấy 7 VN-5517S1 0 Không tìm thấy 8 VN-5581S1 0 Mẫu bệnh phẩm dương tính của các bệnh nhân được tiến hành giải mã trình tự gen ở HVR thứ hai của đầu tận cùng C của gen G. Tổng cộng có 316/401 (78,8%) đoạn trình tự được giải mã, bao gồm 280 phân nhóm virus A (gồm 267 nhiễm khuẩn RSV cộng đồng (RSV-CĐ) và 13 nhiễm khuẩn bệnh viện do RSV (RSV-BV)), và 36 phân nhóm virus B (gồm 35 RSV-CĐ và 1 RSV- BV). Khi so sánh trực tiếp giữa các đoạn trình tự giải mã thuộc phân nhóm A, sự khác biệt tối đa là 13,7% (khi so sánh các đoạn mã nucleotide) và 27,5% (khi so sánh các đoạn mã amino acid). Tỷ lệ khác biệt khi so với chủng prototype A2 lớn nhất ở cả mức độ nucleotide (18,6%) và amino acid (30,9%). Tỷ lệ khác biệt tối đa của 36 đoạn trình tự thuộc phân nhóm B là 10,1% (khi so sánh các đoạn mã nucleotide) và 19,5% (khi so sánh các đoạn mã amino acid). So sánh với chủng prototype CH18537, tỷ lệ khác biệt tối đa của phân nhóm B lần lượt là 18,9% (khi so sánh các đoạn mã nucleotide) và 30,2% (khi so sánh các đoạn mã amino acid). Phân tích cây chủng loại cho thấy 280 phân nhóm virus A thuộc về 2 genotypes. Đa số các trình tự phân tích của phân nhóm virus A (n = 275) thuộc về genotype NA1 và chỉ có 5 virus thuộc genotype GA5. Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 4 * 2014 Chuyên Đề Nhi khoa 114 36 trình tự phân tích của phân nhóm B nằm trong 3 genotypes riêng biệt: BA3 (n = 3), BA9 (n = 26; 25 RSV-CĐ và 1 RSV-BV), và BA10 (n = 7). 13 virus A của RSV-BV thuộc về genotype NA1, và trong số đó 6 virus có cùng trình tự gen và 7 virus có một trình tự duy nhất gợi ý là có nhiều virus gây ra nhiễm khuẩn bệnh viện tại phòng cấp cứu trong giai đoạn nghiên cứu. 6 RSV-BV A có trình tự tương tự với 114 virus RSV-CĐ. Trong 7 virus khác, 4 virus RSV-BV với một trình tự duy nhất và giống với 6-9 trình tự virus RSV-CĐ. Có 2 trình tự duy nhất của RSV-BV không giống bất kỳ chuỗi virus RSV-CĐ nào, bao gồm các trình tự hiện có trong ngân hàng gen (GenBank). Các trình tự phân nhóm B của RSV- BV thuộc về genotype BA9 và không giống bất kỳ chuỗi virus B của RSV-CĐ nào. Như vậy, trong giai đoạn nghiên cứu, phân nhóm RSV A là nổi trội. Điều này phù hợp với nghiên cứu của Đỗ Liên Anh Hà (tại bệnh viện Nhi Đồng 1 -2008) và của Trần Đình Nguyên (tại bệnh viện Nhi Đồng 2 – năm 2013). Trong khi đó, tại Campuchia, phân nhóm B nổi trội hơn(1,2,11). Genotype RSV A nổi trội là NA1. Genotype này được mô tả lần đầu ở Niigita, Nhật Bản trong mùa dịch 2005-2006. Genotype này là nhóm bậc thấp của chủng GA2 thường được phát hiện ở khắp nơi trên thế giới(5,8,9,10,11,12). Tương tự với nghiên cứu tại bệnh viện Nhi Đồng 2, genotype BA9 và B10 của phân nhóm B cũng được tìm thấy trong nghiên cứu của chúng tôi. Genotype này cũng được mô tả lần đầu ở Niigita, Nhật Bản vào năm 2006 và là nhóm bậc thấp của chủng BA đã được mô tả trước đó ở Buenos Aires, Achentina(10). Ngoài ra, chúng tôi cũng tìm thấy được genotype BA3 – chưa từng được tìm thấy ở Việt Nam trước đây. Virus RSV B Việt Nam được gộp lại trong 3 genotypes: BA3, BA9, BA10; với chiều dài protein G được dự đoán là giữa các amino acids 282 và 319. Tương tự các nghiên cứu trước, đoạn lặp lại hai lần 20-amino acid trong protein G được tìm thấy ở tất cả virus B Việt Nam. Genotype BA9 ưu thế trong số các chủng virus Việt Nam và tất cả đều chứa đoạn mã dừng kép ở vị trí 313 và 320. Tất cả genotype virus BA10 đều chứa Gly292 đặc hiệu như các báo cáo trước đây, nhưng chỉ 2/7 genotype có chứa Pro231, như trong hầu hết chủng virus BA10 Campuchia(1). Genotype GA3 Việt Nam chứa 3 vị trí amino acid đặc hiệu cho genotype: Pro222, Ile239, Arg282. Phân tích đặc điểm phân tử của 14/25 trường hợp trên, chúng tôi không thấy có gì khác biệt với những trường hợp nhiễm RSV cộng đồng và bệnh viện. Tất cả 13 RSV-BV nhóm A đều thuộc týp NA1 và 1 RSV-BV nhóm B thuộc týp BA9. Điều này cho thấy sự đa dạng của virus trong mùa dịch. Về trình tự nucleotide, có sự tương đồng giữa RSV-BV và RSV-CĐ. Kết quả so sánh cho thấy có rất nhiều chủng RSV gây nhiễm trùng bệnh viện và chủng RSV-BV trội cũng chính là chủng RSV-CĐ trội. KẾT LUẬN Nghiên cứu của chúng tôi xác nhận tầm quan trọng của RSV như là một tác nhân gây bệnh quan trọng ở trẻ em nhập viện vì viêm hô hấp dưới nặng: Chiếm tỷ lệ 26% trường hợp nhập viện và đến 32,5% trong mùa RSV. Các dữ kiện sinh học phân tử từ nghiên cứu này cho thấy có sự lưu hành đồng thời của các genotype của phân nhóm A, B, phù hợp với dữ liệu lưu hành RSV trên thế giới. Qua nghiên cứu, chúng tôi cũng tìm thấy sự lưu hành của 2 genotype chưa được báo cáo ở Việt Nam trước đây, cần được giám sát và theo dõi tiếp về việc phát sinh chủng virus mới có khả năng gây bệnh cao hơn. TÀI LIỆU THAM KHẢO 1. Arnott A et al. (2011), “A study of the genetic variability of human respiratory syncytial virus (HRSV) in Cambodia Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 4 * 2014 Nghiên cứu Y học Chuyên Đề Nhi khoa 115 reveals the existence of a new HRSV group B genotype”, J Clin Microbiol, 49(10): pp. 3504-3513. 2. Do AH et al. (2011), ”Viral etiologies of acute respiratory infections among hospitalized Vietnamese children in Ho Chi Minh City, 2004-2008”, PLoS One, 6(3), pp. e18176. 3. Hall CB, McCarthy CA. (2009),“Respiratory Syncytial Virus”, Mandell, Bennett & Dolin: Principles and Practice of Infectious Diseases, 7th ed.,Churchill Livingstone, pp.2207-2221. 4. Madhi SA, Ismail K, O’Reilly, Cutland C. (2004), “Importance of nosocomial respiratory syncytial virus infections in an African setting”, Trop Med Int Health, 9, pp.491-498. 5. 5.McLellan J.S.et al. (2010),”Structure of a major antigenic site on the respiratory syncytial virus fusion glycoprotein in complex with neutralizing antibody 101F”, J Virol, 84(23), pp.12236-44. 6. Nair H. et al. (2010), “Global burden of acute lower respiratory infections due to respiratory syncytial virus in young children: a systematic review and meta-analysis”, Lancet, 375(9725), pp.1545-55. 7. Nguyễn Thị Thanh Hà, Lê Bích Liên, Đỗ Văn Niệm và cộng sự (2010), “Nhiễm khuẩn bệnh viện hiện mắc: tần suất, yếu tố dịch tễ có liên quan, vi khuẩn và sự kháng thuốc”, Tài liệu lưu hành nội bộ - Bệnh viện Nhi Đồng 1. 8. Parveen S. (2006), “Genetic variability in the G protein gene ofgroup A and B respiratory syncytial virus”, J Clin Microbiol, 44(9), pp. 3055-3064. 9. Reiche J, Schweiger B. (2009), “Genetic variability og group A human respiratory syncytial virus strains circulating in Germany from 1998 to 2007”, J Clin Microbiol, 47(6), pp.1800- 1810. 10. Shobugawa Y. (2009), “Emerging genotypes of human respiratory syncytia virus subgroup A among patients in Japan”, J Clin Microbiol, 47(8), pp.2475-2482. 11. Tran DN, Pham TMH, Ha MT et al. (2013), “Molecular epidemiology and disease severity of human respiratory syncytial virus in Vietnam”. PLoS One, 8(1), pp. e45436. 12. Zhang, Z.Y.et al. (2010), “Genetic variability of respiratory syncytial viruses (RSV) prevalent in Southwestern China from 2006 to 2009: emergence of subgroup B and A RSV as dominant strains”, J Clin Microbiol, 48(4), pp.1201-1207. Ngày nhận bài báo: 12/6/2014 Ngày phản biện nhận xét bài báo : 7/7/2014/ Ngày bài báo được đăng: 20/08/2014