Cả hai mẫu đất đều có các đối tượng gây
bệnh hồ tiêu thuộc hai chi Phytophthora và
Pythium. Hai chi này trong mẫu đất bị bệnh đều
chiếm số lượng vượt trội so với trong mẫu đất
tiêu vườn không bị bệnh.
Nấm Phytophthora nicotianae đều xuất hiện
trong cả hai mẫu đất với tỷ lệ 0,9% và 0,8% lần
lượt trong mẫu đất vườn tiêu bị bệnh và mẫu đất
vườn tiêu không bị bệnh. Ký chủ của loài này
rộng, bao gồm 255 chi từ 90 họ chủ yếu hại trên
hồ tiêu, bông, cây có múi, cây cảnh, thuốc lá,
hành tây, cà chua (Gallegly & Hong, 2008).
Trong chi nấm Pythium, Pythium splendens là
nấm gây bệnh thối rễ, thối thân và củ, quả thực
vật (Robertson.1980). Trong khi nấm Pythium
monospermum là nấm có khả năng đối kháng với
tuyến trùng và trứng của tuyến trùng; sợi nấm
xuyên vào và phá hủy tuyến trùng. Pythium c ng
được chứng minh là xuất hiện nhiều hơn trên đất
có canh tác (Robertson.1980; Ploetz, 2004). Năm
2007, Ngô Vĩnh Viễn nghiên cứu nguyên nhân
gây suy thoái vườn tiêu tại các huyện Cam lộ
(Quảng Trị), Chư Sê (Gia Lai), Xuân Lộc (Đồng
Nai), Phú Quốc (Kiên Giang) và xác định được
nguyên nhân gây bệnh là do hai nhóm nấm
Phytopthora và Pythium.
4. KẾT LUẬN
Từ dữ liệu trình tự gen 18S rRNA
metagenome tách từ hai mẫu đất trồng hồ tiêu tại
huyện Cư M’gar, tỉnh Đăk Lăk, bước đầu đã xác
định được thành phần các loài trong giới
Stramenopilles xuất hiện 2 lớp Diatomea và
Peronosporomycetes (hay lớp Oomycota). Chi
Pythium chiếm ưu thế trong giới Stramenopilles
với 25% so với tổng số Stramenopilles trong mẫu
đất vườn tiêu bị bệnh vàng lá, thối rễ và 5% so
với tổng số Stramenopilles trong mẫu đất vườn
tiêu không bị bệnh. Đặc biệt loài nấm P.
splendens gây bệnh thối rễ thực vật chiếm
tới 24% so với tổng số Stramenopilles trong
vườn tiêu bị bệnh vàng lá, thối rễ trong khi đó ở
vườn tiêu khỏe loài nấm này chỉ chiếm 1,3% so
với tổng số Stramenopilles
Lời cảm ơn: Công trình được hỗ trợ bởi đề
tài Độc lập cấp Nhà nước thuộc Chương trình
Tây Nguyên 3: “Nghiên cứu hoàn thiện và
chuyển giao công nghệ sản xuất sản phẩm sinh
học POLYFA-TN3 góp phần cải tạo đất cho vùng
Tây Nguyên”, mã số đề tài: TN3/C10 – VAST;
chương trình đào tạo tiến sĩ của Viện Công nghệ
sinh học – Viện Hàn lâm Khoa học và Công
Nghệ Việt Nam.
7 trang |
Chia sẻ: hachi492 | Lượt xem: 5 | Lượt tải: 0
Bạn đang xem nội dung tài liệu Đánh giá thành phần một số nấm bệnh thuộc giới phụ stramenopiles trong đất trồng tiêu tại huyện cư M’Gar tỉnh Đăk Lăk từ dữ liệu trình tự 18S rRNA Metagenome, để tải tài liệu về máy bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên
Kết quả nghiên cứu Khoa học BVTV – Số 1/2019
31
14. Schroeder, P. C., Shelton, A. M., Ferguson,
C. S., Hoffmann, M. P. and Petzoldt, C. H., 2000.
Application of synthetic sex pheromone for
management of diamondback moth, Plutella xylostella,
in cabbage. Entomologia Experimentalis et Applicata.
94(3): 243-248.
15. Tamaki, Y., Kawasaki, K., Yamada, H.,
Koshihara, T., Osaki, N., Ando, T., Yoshida, S. and
Kakinohana, H., 1977. (Z)-11-Hexadecenal and (Z)-11-
hexadecenyl acetates: sex-pheromone components of
the diamondback moth (Lepidoptera: Plutellidae).
Applied Entomology and Zoology. 12(3): 208-210.
16. Vang, L.V., Son, P. K. and Khanh, C. N. Q.,
2018. Monitoring population dynamics of the citrus
pock caterpillar (Prays endocarpa) by sex pheromone
traps in the Mekong Delta of Vietnam. Can Tho
University Journal of Science, 54(2): 35-39.
17. Wakamura, S., 1992. Development in
application of synthetic sex pheromone to pest
management. Japan Pesticide Information 61: 26-31.
18. Waterhouse, D. F., 1993. The Major
Arthropod Pests and Weeds of Agriculture in
Southeast Asia: Distribution, Importance and Origin.
ACIAR (Australian Centre for International Agricultural
Research). pp: 143.
19. Witzgall, P., Kirsch, P., and Cork, A., 2010.
Sex Pheromones and Their Impact on Pest
Management. Journal of Chemical ecology, 36(1):
80 - 100.
Phản biện: PGS.TS. Lê Văn Trịnh
ĐÁNH GIÁ THÀNH PHẦN MỘT SỐ NẤM BỆNH THUỘC GIỚI PHỤ Stramenopiles
TRONG ĐẤT TRỒNG TIÊU TẠI HUYỆN CƢ M’GAR TỈNH ĐĂK LĂK
TỪ DỮ LIỆU TRÌNH TỰ 18S rRNA METAGENOME
Identification of Composition of Some Fungal Pathogens of Stramenopiles
in Blac Pepper Soils in Cƣ M’gar District of Đă Lă Province
Based on 18S rRNA Metagenome
Phạm Thị Thúy Hoài
1*
, Trần Đình Mấn
2
, Phạm Việt Cƣờng
1
,
Tôn Thất Hữu Đạt
1
và Nguyễn Văn Tụng
3
Ngày nhận bài: 12.01.2019 Ngày chấp nhận: 22.02.2019
Abstract
Stramenopiles is one of the major line of eukaryotes with more than 25,000 identified species and including
fungal genera that cause plant diseases such as Phytophthora and Pythium. In this study, diseased and disease-
free pepper soil samples were used to assess the composition of Stramenopiles as well as the two plant
pathogenic fungal genera Phytophthora and Pythium based on 18S rRNA HiSeq Illumina metagenome sequence
data. The study results showed that there were differences in the composition and abundance of Stramenopiles
between diseased and disease-free pepper soils. From the diseased pepper soil sample, we identified 29 species
of Stramenopiles, while only 25 species of Stramenopiles were identified from non-diseased soil samples. The
species of Stramenopiles in this study belonged to two classes Diatomea and Peronosporomycetes. Twenty
species were detected in both diseased and non-diseased pepper soil samples, 9 species were found only in
diseased soil samples and 5 species were only found in
non-diseased soil samples. This study also showed that
the proportion of pathogenic fungal genera in diseased
pepper soil sample was higher than that of non-
diseased pepper soil sample. Number of sequences of
the genus Phytophthora and Pythium in diseased
pepper soil sample accounted for 0.9% and 25% of
Stramenopiles, respectively whereas the proportion of
1. Viện Nghiên cứu Khoa học Miền Trung – Viện Hàn
lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam
2. Viện Công nghệ sinh học – Viện Hàn lâm Khoa học
và Công nghệ Việt Nam
3. Viện Nghiên cứu hệ gen – Viện Hàn lâm Khoa học
và Công nghệ Việt Nam
Kết quả nghiên cứu Khoa học BVTV – Số 1/2019
32
these two genera in non-diseased pepper soil sample only accounted for 0.8% and 5% of Stramenopiles,
respectively.
Keywords: 18S rRNA metagenome; black pepper soil; Pythium, Phytophthora, black pepper disease,
Stramenopiles.
1. ĐẶT VẤN ĐỀ
Stramenopiles hoặc Heterokonts, trước đây
được biết đến như Heterokonta là một trong
những ngành sinh vật nhân thật với hơn 25.000
loài đã được xác định. Phần lớn các loài được
tìm thấy trong giới phụ Stramenopile là tảo, từ
tảo đa bào khổng lồ đến tảo đơn bào và sinh vật
phù du. Ngoài ra, trong giới phụ Stramenopiles
còn bao gồm hai chi nấm gây bệnh thực vật là
Phytophthora và Pythium. Hai chi nấm này là một
trong các tác nhân chính gây bệnh chết nhanh và
chết chậm (Barat, 1952, G. 1. Robertson.1980;
Randy C. Ploetz, 2004). Vì vậy, việc nghiên cứu
tìm ra nấm bệnh nằm trong giới phụ
Stramenopiles là rất cần thiết để có biện pháp
phòng trừ bệnh hiệu quả.
Các nghiên cứu trước đây đã phân lập và xác
định được rất nhiều vi sinh vật trong đất, tuy nhiên
phần lớn các vi sinh vật không thể phát triển được
trong môi trường phòng thí nghiệm và chỉ một tỷ lệ
rất thấp vi sinh vật có thể được phát hiện bằng
phương pháp nuôi cấy trong phòng thí nghiệm.
Trong những năm gần đây, việc phát triển các
công cụ mới như metagenomics cho phép các
nhà nghiên cứu xác định được các vi sinh vật trực
tiếp từ các mẫu môi trường không qua nuôi cấy.
Phương pháp này cho phép phát hiện được vi
sinh vật không nuôi cấy được hoặc chưa nuôi cấy
được bằng phương pháp nuôi cấy truyền thống.
Đã có nhiều nghiên cứu sử dụng phương pháp
metagenomics trong nghiên cứu đa dạng vi sinh
vật đất. Rolf Daniel, 2005 đã nghiên cứu
metagenome của đất để xây dựng các thư viện
DNA và phân tích sự đa dạng của các vi sinh vật
đất c ng như nghiên cứu các chức năng của các
cộng đồng vi sinh vật đất. Trong một nghiên cứu
khác, Xu và cộng sự đã khảo sát các đặc tính
phát sinh và phát triển chức năng của các cộng
đồng vi sinh vật trong đất từ 33 mẫu metagenome
tại 5 vùng đất khác nhau: đồng cỏ, đất rừng, sa
mạc, vùng Bắc Cực, và trầm tích rừng ngập mặn
(Xu và cs, 2014). Ngoài ra, Castaneda và Barbosa
c ng đã sử dụng metagenomics để nghiên cứu đa
dạng sinh học và chuyển hóa của cộng đồng vi
khuẩn có trong rừng và đất trồng nho ở Chile. Kết
quả nghiên cứu cho thấy cả hai môi trường có
thành phần vi khuẩn tương đối giống nhau. Các
chi chiếm tỷ lệ lớn nhất trong hai môi trường sinh
thái này là vi khuẩn Candidatus solibacter;
Bradyrhizobium và nấm Gibberella. (Castaneda và
Barbosa, 2017). Tại Việt Nam, Hoàng Quốc
Khánh và Nguyễn Bích Ngọc (2013) đã ứng dụng
kỹ thuật metagenomics để khảo sát sự đa dạng
của gen laccase ở nấm trong mẫu đất rừng Nam
Cát Tiên và kết quả đã kiểm chứng được sự có
mặt của sinh vật sinh laccase trong mẫu đất
nghiên cứu.
Trong nghiên cứu này, chúng tôi tiến tiến
hành đánh giá thành phần của giới phụ
Stramenopiles c ng như hai chi nấm gây bệnh
Phytophthora và Pythium từ các mẫu đất trồng
hồ tiêu bị bệnh và không bị bệnh dựa vào dự liệu
trình tự 18S rRNA HiSeq Illumina metagenome.
2. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
Vật liệu: các mẫu đất thu thập từ các vườn hồ
tiêu bị vàng lá, thối rễ và vườn không bị bệnh tại
huyện Cư M’gar, tỉnh Đăk Lăk. Các mẫu đất được
lấy ở độ sâu 5-30 cm, mỗi vườn lấy 10 điểm và
trộn đều chia 4 phần theo đường chéo, chọn hai
phần đối diện nhau để lấy mẫu trung bình, lượng
mẫu là 1kg, cho mẫu đất vào túi polypropylen đã
được khử trùng ghi đầy đủ địa điểm, ngày, tên
người lấy mẫu và giữ ở 4
o
C, đem về phòng thí
nghiệm để tách chiết DNA tổng số và bảo quản ở
-20
o
C cho các nghiên cứu tiếp theo.
Phương pháp tách chiết DNA tổng số của
hai mẫu đất lấy từ vườn tiêu bị bệnh và không
bị bệnh: sử dụng bộ KIT tách chiết DNA
metagenome từ đất (PowerMax® - Catalog
No.12988-10) của công ty MO BIO Laboratories.
Phương pháp phân tích tin sinh học: Dữ
liệu 18S rRNA metagenome của khu hệ vi sinh
vật đất từ vùng trồng hồ tiêu bị bệnh và không bị
bệnh được giải trình tự 2 chiều bằng thiết bị giải
trình tự thế hệ mới Illumina HiSeq. Dữ liệu thô
được lưu trữ dưới dạng file fastq. Chất lượng
được trình tự được đánh giá bằng phần mềm
FastQC (https://www.bioinformatics. Babraham
.ac.uk/projects/fastqc/). Hai file fastq được ghép
với nhau bằng phần mềm FLASH (Magoč, 2011).
Kết quả nghiên cứu Khoa học BVTV – Số 1/2019
33
Các đoạn trình tự kém chất lượng bị loại bỏ bằng
phần mềm Qiime (Caporaso và cs, 2010). Dữ
liệu sau khi tinh sạch s được chia thành các
OTU bằng phần mềm Upase (Edgar, Robert,
2013). Trong đó, các đoạn trình tự giống nhau ≥
97% s được xếp vào một OTU. Các OTU được
chú giải phân loài bằng phần mềm Mothur trên
cơ sở dữ liệu SILVA (Quast và cs, 2013). Đối với
tính xác thực của trình tự phân tích, dữ liệu thô
s được hợp nhất và lọc để chuẩn hóa dữ liệu.
3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
3.1 Đa dạng thành phần loài của giới phụ
Stramenopiles từ các mẫu đất tiêu bị bệnh và
đất tiêu hông bị bệnh
Kết quả phân tích dữ liệu 18S rRNA
metagenome từ hai mẫu đất trồng tiêu bị bệnh và
không bị bệnh tỷ lệ vi sinh vật thuộc giới phụ
Stramenopiles giữa hai mẫu đất là khác nhau.
Trong mẫu đất trồng tiêu bị bệnh, Stramenopiles
chiếm 6% sinh vật tổng số, trong khi đó tỷ lệ
Stramenopiles trong mẫu đất trồng tiêu không bị
bệnh chiếm 4% sinh vật tổng số.
Kết quả phân tích c ng cho thấy sự khác biệt
giữa thành phần loài của giới phụ Stramenopiles
giữa mẫu đất tiêu bị bệnh và đất tiêu không bị
bệnh. Đã xác định được 29 loài được xác định
thuộc giới phụ Stramenopiles từ mẫu đất vườn
tiêu bị bệnh, trong khi đó chỉ có 25 loài thuộc giới
phụ Stramenopiles được tìm thấy từ mẫu đất
vườn tiêu không bị bệnh.
Trong đó, có 20 loài được tìm thấy trong cả
hai mẫu đất (bảng 1), 9 loài chỉ được tìm thấy
trong mẫu đất vườn tiêu bị bệnh và có 5 loài chỉ
được tìm thấy trong mẫu đất vườn tiêu không bị
bệnh (bảng 2).
Bảng 1. Thành phần và tỷ lệ các loài thuộc của giới phụ Stramenopiles xác định đƣ c
trong hai mẫu đất tiêu bị bệnh (D1) và hông bị bệnh (D2)
1 Cyclotella meneghiniana 0,000656667 0,000246
2 Cyclotella choctawhatcheeana 0,000656667 0,000738
3 Skeletonema subsalsum 0,000328333 0,028301
4 Ditylum brightwellii 0,000328333 0,000246
5 Phytophthora nicotianae 0,008531367 0,007629
6 Pythium splendens 0,2415031 0,013781
7 Pythium monospermum 0,001313333 0,000493
8 Unidentified 0,000164 0,016242
9 Poterioochromonas malhamensis 0,082196367 0,035684
10 Ochromonadaceae environmental sample 0,058407 0,022641
11 Ochromonadaceae environmental sample 0,042328667 0,028547
12 Eustigmatos magnus 0,000164 0,000493
13 Unculturedstramenopile 0,001148333 0,006399
14 Diplophrys sp. ATCC 50360 0,011648583 0,00566
15 Caecitellus parvulus 0,008859483 0,008613
16 Stramenopile sp. MAST-12KKTS_D3 0,00082 0,013535
17 Adriamonas peritocrescens 0,00082 0,015504
18 Unculturedeukaryote 0,08137605 0,103607
19 Unculturedeukaryote 0,001968783 0,000246
20 Oikomonas sp. SA-2.1 0,00344535 0,000246
Bảng 2. Thành phần và tỷ lệ các loài thuộc giới phụ Stramenopiles chỉ có trong
mẫu đất tiêu bị bệnh hoặc mẫu đất tiêu hông bị bệnh
TT Loài
[% /tổng số
Eukaryote
[% /Stramenopiles tổng số
Các loài chỉ có trong mẫu đất tiêu bị bệnh
1 Lithodesmium undulatum 0,00000984 0,000164
2 Skeletonema menzellii 0,00000984 0,000164
3 Amphora montana 0,000846573 0,01410955
Kết quả nghiên cứu Khoa học BVTV – Số 1/2019
34
TT Loài
[% /tổng số
Eukaryote
[% /Stramenopiles tổng số
4 Pelagomonas calceolata 0,0000591 0,000985
5 Bicosoeca petiolata 0,000442974 0,0073829
6 Leukarachnion sp. ATCC_PRA-24 0,000315004 0,005250067
7 Uncultured marine eukaryote 0,00000984 0,000164
8 Uncultured eukaryote 0,00012797 0,002132833
9 Uncultured chrysophyte 0,000196878 0,0032813
Các loài chỉ có trong mẫu đất tiêu hông bị bệnh
1 Melosira varians 0,000265785 0,006644625
2 Oikomonas sp. SA-2.1 0,00000984 0,000246
3 Spumella like flagellate JBC27 0,000108283 0,002707075
4 Spumella like flagellate JBNZ43 0,0000788 0,00197
5 Chrysophyceae sp. CCMP2296 0,0000492 0,00123
3.2 Một số chi nấm gây bệnh chính thuộc
giới phụ Stramenopiles trong hai mẫu đất
nghiên cứu
Hai chi nấm Phytophthora và Pythium là
một trong các tác nhân chính gây bệnh chết
nhanh và chết chậm cho cây trồng, vì vậy
thành phần và sự phong phú của hai chi này
đã được phân tích trong nghiên cứu này. Trong
mẫu đất trồng tiêu bị bệnh, chi Phytophthora
chiếm 0,9% so với vi sinh vật tổng số ngành
Stramenopiles, trong khi đó, trong mẫu đất
vườn tiêu khỏe, chi Phytophthora chiếm thấp
hơn nhẹ (0,8% so với vi sinh vật tổng số giới
Stramenopiles).
Hình 1. Biểu đồ Krona biểu thị thành phần và tỷ lệ chi Phytophthora thuộc giới phụ
Stramenopiles trong mẫu đất vƣờn tiêu bị bệnh
(ô góc phải phía trên chỉ tỷ lệ % so với Stramenopiles tổng số, các ô phía dưới chỉ dẫn các thành
phần khác có tỷ lệ thấp không chú dẫn được trên biểu đồ)
Kết quả nghiên cứu Khoa học BVTV – Số 1/2019
35
Hình 2. Biểu đồ Krona biểu thị thành phần và tỷ lệ chi Phytophthora thuộc giới phụ
Stramenopiles trong mẫu đất vƣờn tiêu hông bị bệnh.
Trong số các chi được phát hiện trong giới
Stramenopiles, chi Pythium chiếm số lượng lớn
nhất. Chi Pythium chiếm 25% trong mẫu đất
vườn tiêu bị bệnh vàng lá, thối rễ và 5% trong
mẫu đất vườn tiêu không bị bệnh. Chi Pythium
có 2 loài đã được phát hiện trong hai mẫu đất
phân tích là Pythium splendens và Pythium
monospermum. Số liệu phân tích c ng cho thấy,
trong mẫu đất vườn tiêu bị bệnh, Pythium
splendens chiếm 99,4% và Pythium
monospermum chỉ chiếm 0,54%, trong khi đó ở
mẫu đất vườn tiêu không bị bệnh, Pythium
splendens chiếm 96,5% còn Pythium
monospermum chiếm 3,5%.
So với Stramenopilles tổng số, loài nấm P.
Splendens gây bệnh thối rễ thực vật chiếm
tới 24% trong vườn tiêu bị bệnh vàng lá, thối rễ
trong khi đó ở vườn tiêu khỏe nấm P. Splendens
chỉ chiếm 1,3% so với tổng số Stramenopilles
trong vườn này.
Hình 3. Biểu đồ Krona biểu thị thành phần và tỷ lệ vi sinh vật thuộc giới phụ
Stramenopiles trong mẫu đất vƣờn tiêu bị bệnh.
Kết quả nghiên cứu Khoa học BVTV – Số 1/2019
36
Hình 4. Biểu đồ Krona biểu thị thành phần và tỷ lệ vi sinh vật thuộc giới phụ Stramenopiles
trong mẫu đất vƣờn tiêu hông bị bệnh.
Cả hai mẫu đất đều có các đối tượng gây
bệnh hồ tiêu thuộc hai chi Phytophthora và
Pythium. Hai chi này trong mẫu đất bị bệnh đều
chiếm số lượng vượt trội so với trong mẫu đất
tiêu vườn không bị bệnh.
Nấm Phytophthora nicotianae đều xuất hiện
trong cả hai mẫu đất với tỷ lệ 0,9% và 0,8% lần
lượt trong mẫu đất vườn tiêu bị bệnh và mẫu đất
vườn tiêu không bị bệnh. Ký chủ của loài này
rộng, bao gồm 255 chi từ 90 họ chủ yếu hại trên
hồ tiêu, bông, cây có múi, cây cảnh, thuốc lá,
hành tây, cà chua (Gallegly & Hong, 2008).
Trong chi nấm Pythium, Pythium splendens là
nấm gây bệnh thối rễ, thối thân và củ, quả thực
vật (Robertson.1980). Trong khi nấm Pythium
monospermum là nấm có khả năng đối kháng với
tuyến trùng và trứng của tuyến trùng; sợi nấm
xuyên vào và phá hủy tuyến trùng. Pythium c ng
được chứng minh là xuất hiện nhiều hơn trên đất
có canh tác (Robertson.1980; Ploetz, 2004). Năm
2007, Ngô Vĩnh Viễn nghiên cứu nguyên nhân
gây suy thoái vườn tiêu tại các huyện Cam lộ
(Quảng Trị), Chư Sê (Gia Lai), Xuân Lộc (Đồng
Nai), Phú Quốc (Kiên Giang) và xác định được
nguyên nhân gây bệnh là do hai nhóm nấm
Phytopthora và Pythium.
4. KẾT LUẬN
Từ dữ liệu trình tự gen 18S rRNA
metagenome tách từ hai mẫu đất trồng hồ tiêu tại
huyện Cư M’gar, tỉnh Đăk Lăk, bước đầu đã xác
định được thành phần các loài trong giới
Stramenopilles xuất hiện 2 lớp Diatomea và
Peronosporomycetes (hay lớp Oomycota). Chi
Pythium chiếm ưu thế trong giới Stramenopilles
với 25% so với tổng số Stramenopilles trong mẫu
đất vườn tiêu bị bệnh vàng lá, thối rễ và 5% so
với tổng số Stramenopilles trong mẫu đất vườn
tiêu không bị bệnh. Đặc biệt loài nấm P.
splendens gây bệnh thối rễ thực vật chiếm
tới 24% so với tổng số Stramenopilles trong
vườn tiêu bị bệnh vàng lá, thối rễ trong khi đó ở
vườn tiêu khỏe loài nấm này chỉ chiếm 1,3% so
với tổng số Stramenopilles
Lời cảm ơn: Công trình được hỗ trợ bởi đề
tài Độc lập cấp Nhà nước thuộc Chương trình
Tây Nguyên 3: “Nghiên cứu hoàn thiện và
chuyển giao công nghệ sản xuất sản phẩm sinh
học POLYFA-TN3 góp phần cải tạo đất cho vùng
Tây Nguyên”, mã số đề tài: TN3/C10 – VAST;
chương trình đào tạo tiến sĩ của Viện Công nghệ
sinh học – Viện Hàn lâm Khoa học và Công
Nghệ Việt Nam.
Kết quả nghiên cứu Khoa học BVTV – Số 1/2019
37
TÀI LIỆU THAM KHẢO
1. Ngô Vĩnh Viễn, 2007. Báo cáo dịch hại trên hồ
tiêu và biện pháp phòng trừ. Hội thảo sâu bệnh hại
tiêu và biện pháp phòng trừ. Đắc Nông, tháng 7
năm 2007: 1-8.
2. Hoàng Quốc Khánh, Nguyễn Bích Ngọc, 2013.
Ứng dụng kỹ thuật metagenomics để nhận diện gene
mã hóa laccase của nấm Basidiomycetes trong mẫu
đất rừng Nam Cát Tiên. Tạp chí phát triển KH&CN,
Tập 16, Số T3: 60-74.
3. G. I. Robertson, 1980. The genus Pythium in
New Zealand. New Zealand Journal of Botany. 18:1,
73-102, ISSN: 0028-825X.
4. Randy C. Ploetz, 2004. Influence of temperature
on Pythium splendens – induced root disease on
carambola, Averrhoa carambola. Mycopathologia 157:
225–231.
5. Gallegly, M. E. and Hong, C. 2008. Phytophthora
– identifying species by morphology and DNA
fingerprints. St. Paul, MN, USA: APS Press. 158 p.
6. Caporaso JG, et al, 2010. QIIME allows analysis
of high-throughput community sequencing data. Nat
Methods, 10.1038/nmeth.f.303.
7. Magoč, Tanja, and Steven L. Salzberg, 2011.
FLASH: fast length adjustment of short reads to
improve genome assemblies. Bioinformatics 27.21:
2957-2963.
8. Zhuofei Xu, Martin Asser Hansen, Lars H.
Hansen, Samuel Jacquiod, Søren J. Sørensen, 2014.
Bioinformatic Approaches Reveal Metagenomic
Characterization of Soil Microbial Community. PLoS
ONE 9(4): e93445.
9. Edgar, Robert C, 2013. UPARSE: highly
accurate OTU sequences from microbial amplicon
reads. Nature methods 10.10: 996-998.
10. Quast C, Pruesse E, Yilmaz P, Gerken
J, Schweer T, Yarza P, Peplies J, Glöckner FO, 2013.
The SILVA ribosomal RNA gene database project:
improved data processing and web-based tools. Nucl.
Acids Res.: D590-
11. D596.Luis E. Castañeda and Olga Barbosa,
2017. Metagenomic analysis exploring taxonomic and
functional diversity of soil 2 microbial communities in
Chilean vineyards and surrounding native forests.
PeerJ 5:e3098
Phản biện: TS. Đặng Vũ Thị Thanh
PHÁT HIỆN VÀ XÁC ĐỊNH Cactus virus X (CVX)
NHIỄM TRÊN CÂY THANH LONG Ở VIỆT NAM
Detection and Identification of Cactus virus X (CVX)
Infecting Hylocereus undulatus in Viet Nam
Nguyễn Đức Huy
1
*, Nguyễn Hồng Sơn
2
, Nguyễn Thị Bích Ngọc
3
và Nguyễn Thành Hiếu
4
Ngày nhận bài: 13.6.2018 Ngày chấp nhận: 02.3.2019
Abstract
Hylocereus undulatus, commonly known as pitaya, is widely grown in Viet Nam but most in Binh
Thuan province. At present, there is no report of virus infecting H. undulatus in Viet Nam. During field surveys of
2016-2018, five stem samples of H. undulatus showing systemic mild and severe mottling symptom were
collected from Binh Thuan, Quang Ninh, Bac Giang and Ha Noi. The infected samples were then mechanically
inoculated by sap extraction onto leaves of indicator plants and caused necrotic local lesions on both Gomphrena
globose and Chenopodium quinoa. Furthermore, total RNAs was extracted from infected stem of H. undulatus
and amplified by RT-PCR using universal primers for
detecting potexviruses. Sequencing of RT-PCR
products revealed that the virus was Cactus virus X
(CVX). To our knowledge, this is first report of CVX in
Viet Nam.
Keywords: Hylocereus undulatus, mild and severe
mottling, RT-PCR, Cactus virus X, Viet Nam
1.Bộ môn Bệnh cây, Khoa Nông học, Học viện Nông
nghiệp Việt Nam
2. Cục Trồng trọt, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn
3. Viện Bảo vệ thực vật, Viện Khoa học Nông nghiệp
Việt Nam
4. Viện nghiên cứu cây ăn quả Miền Nam
Các file đính kèm theo tài liệu này:
danh_gia_thanh_phan_mot_so_nam_benh_thuoc_gioi_phu_stramenop.pdf