Đánh giá xét nghiệm SD Bioline Rotavirus trong chẩn đoán phát hiện vi rút Rota

1 ĐÁNH GIÁ XÉT NGHIỆM SD BIOLINE ROTAVIRUS TRONG CHẨN ĐOÁN PHÁT HIỆN VI-RÚT ROTA Lý Văn Xuân * TÓM TẮT Trong những năm gần ñây, bệnh tiêu chảy cấp ở trẻ em ngày càng tăng. Nhiều nghiên cứu cho thấy tác nhân chính gây bệnh tiêu chảy cấp là vi-rút Rota. Xét nghiệm SD BIOLINE ROTAVIRUS là một trong các xét nghiệm chẩn ñoán nhanh ñược quảng bá sử dụng ở phòng thí nghiệm ñể phát hiện vi-rút Rota từ phân. Mục tiêu: Xác ñịnh giá trị của xét nghiệm SD BIOLINE ROTAVIRUS từ phân trong chẩn ñoán tiêu chảy cấp do vi-rút Rota ở trẻ em. Phương pháp nghiên cứu: Thiết kế nghiên cứu mô tả cắt ngang và so sánh. Đối tượng nghiên cứu là 72 mẫu phân của trẻ em bị tiêu chảy cấp ñược nhập viện ñiều trị tại Khoa Tiêu hóa Bệnh viện Nhi ñồng 1 - TP. Hồ Chí Minh. Xét nghiệm PCR ñược sử dụng làm tiêu chuẩn vàng. Công cụ dùng ñể phân tích và xử lý số liệu là phần mềm Epi Info 6.04 và sử dụng phép kiểm χ2 ñể so sánh các tỉ lệ. Kết quả: Qua xét nghiệm 72 mẫu phân bằng kỹ thuật PCR và kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS cho kết quả như sau: có 47 trường hợp (tỉ lệ 65,28%) dương tính xác ñịnh bằng kỹ thuật PCR và 44 trường hợp (tỉ lệ 61,11%) dương tính xác ñịnh bằng kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS. Phân tích 47 trường hợp dương tính xác ñịnh bằng kỹ thuật PCR cho thấy có 43 trường hợp (tỉ lệ 91,49%) cho kết quả dương tính bằng kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS. Phân tích 25 trường hợp âm tính xác ñịnh bằng kỹ thuật PCR cho thấy có 24 trường hợp (tỉ lệ 96,00%) cho kết quả âm tính bằng kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS. So sánh tỉ lệ 65,28% dương tính xác ñịnh bằng kỹ thuật PCR với tỉ lệ 61,11% dương tính xác ñịnh bằng kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS cho thấy sự khác nhau không có ý nghĩa thống kê (p = 0,87). Với PCR làm tiêu chuẩn vàng, kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS có ñộ nhạy là 91,49%, ñộ ñặc hiệu là 96,00%, giá trị tiên ñoán dương là 97,73% (43/44), giá trị tiên ñoán âm là 85,71% (24/28). Kết luận: Qua xét nghiệm chẩn ñoán vi-rút Rota ở 72 mẫu phân của trẻ em bị tiêu chảy cấp ñược nhập viện ñiều trị tại Khoa Tiêu hóa Bệnh viện Nhi ñồng 1 - TP. Hồ Chí Minh, chúng tôi nhận thấy tỉ lệ xét nghiệm dương tính ở kỹ thuật PCR là 65,28%, tỉ lệ xét nghiệm dương tính ở kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS là 61,11%. So sánh hai tỉ lệ xét nghiệm dương tính trên bằng phép kiểm χ2 cho thấy sự khác nhau không có ý nghĩa thống kê. Kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS có ñộ nhạy là 91,49%, ñộ ñặc hiệu là 96,00%, giá trị tiên ñoán dương là 97,73%, giá trị tiên ñoán âm là 85,71%. Từ khóa: Độ nhạy, ñộ ñặc hiệu, giá trị tiên ñoán dương, giá trị tiên ñoán âm. • Phó Giáo sư, Tiến sĩ, Đại học Y Dược TP.HCM • ĐT: 0908588547, Email: lyvanxuan@yds.edu.vn 2 EVALUATING THE SD BIOLINE ROTAVIRUS TEST IN DIAGNOSIS FOR ROTAVIRUS IN STOOL Ly Van Xuan * SUMMARY In recent years, acute diarrhea in children more and more increases. Several studies have identified Rotavirus as the main pathogen. SD BIOLINE ROTAVIRUS is one of the rapid tests to define Rotavirus in clinical laboratories. Purpose: To define the sensitivity and specificity of SD BIOLINE ROTAVIRUS test in diagnosis for Rotavirus in stool from children who have got acute diarrhea. Methods: Cross-sectional descriptive study. Objects of study are 72 samples of stool from children who were treated acute diarrhea in the digestive department of Nhi Dong 1 Hospital in Ho Chi Minh city. PCR technique is used as gold standard. The software Epi Info 6.04 and χ2 test are used for data analysis and comparison. Results: Testing 72 samples of stool by PCR technique and by SD BIOLINE ROTAVIRUS, we notice that: There are 65.28% positive tests done by PCR technique and 61.11% positive tests done by SD BIOLINE ROTAVIRUS. Analyzing 47 cases tested positive by PCR technique, there are only 43 cases (91.49%) tested positive by SD BIOLINE ROTAVIRUS. Analyzing 25 cases tested negative by PCR technique, there are only 24 cases (96.00%) tested negative by SD BIOLINE ROTAVIRUS. To compare the rate of positive cases (65.28%) tested by PCR technique with the rate of positive cases (61.11%) tested by SD BIOLINE ROTAVIRUS, there is no difference in statistics (p = 0.87). Using PCR as gold standard, SD BIOLINE ROTAVIRUS reaches the sensitivity of 91.49%, the specificity of 96.00%, the positive predict value of 97.73% (43/44), the negative predict value of 85.71% (24/28) Conclusions: Testing 72 samples of stool from children who were treated acute diarrhea in the digestive department of Nhi Dong 1 Hospital in Ho Chi Minh city, we notice that: There are 65.28% positive tests done by PCR technique and 61.11% positive tests done by SD BIOLINE ROTAVIRUS. These rates have no difference in statistics (p= 0.87). SD BIOLINE ROTAVIRUS test has the sensitivity of 91.49%, the specificity of 96.00%, the positive predict value of 97.73%, the negative predict value of 85.71%. Key words: The sensitivity, the specificity, the positive predict value, the negative predict value. ĐẶT VẤN ĐỀ • Phó Giáo sư, Tiến sĩ, Đại học Y Dược TP.HCM • ĐT: 0908588547, Email: lyvanxuan@yds.edu.vn 3 Trong những năm gần ñây, tình hình tiêu chảy cấp ở trẻ em tăng nhanh. Theo báo cáo của Bệnh viện Nhi ñồng 1 – TP. Hồ Chí Minh, số bệnh nhi nhập viện ñiều trị bệnh tiêu chảy cấp tăng từ 4063 ca năm 2006 lên 6136 ca năm 2008. Về tác nhân gây bệnh, vi-rút Rota ñược xác ñịnh là tác nhân hàng ñầu gây tiêu chảy cấp ở trẻ em nước ta, ñặc biệt là trẻ em dưới 5 tuổi ]1,2,4,5]. Nghiên cứu số bệnh nhi bị tiêu chảy cấp nhập viện ñiều trị tại Khoa Tiêu hóa Bệnh viện Nhi ñồng 1 – TP. Hồ Chí Minh trong ñợt tiêu chảy cấp vào tháng 10 – 11 – 12 năm 2008 cho thấy vi-rút Rota chiếm tỉ lệ 67,4% trong các tác nhân gây tiêu chảy cấp. Do ñó bên cạnh các xét nghiệm ñể chẩn ñoán nhanh vi-rút Rota ñược sử dụng từ trước ñến nay như xét nghiệm ELISA, ly trích ñiện di RNA, PCR, gần ñây có xét nghiệm SD BIOLINE ROTAVIRUS từ phân [4,5,7]. Xét nghiệm SD BIOLINE ROTAVIRUS là xét nghiệm mới dựa trên kỹ thuật miễn dịch sắc ký sandwich pha rắn nhằm phát hiện protein ñặc hiệu ở lớp vỏ trong của vi-rút Rota. Xét nghiệm này cho kết quả nhanh, ñơn giản, thực hiện ñược ở tất cả những nơi chưa có ñiều kiện áp dụng kỹ thuật cao như PCR. Tuy nhiên ñến nay ở nước ta chưa có nghiên cứu nào về ñộ nhạy và ñộ ñặc hiệu của xét nghiệm SD BIOLINE ROTAVIRUS từ phân trong chẩn ñoán tiêu chảy cấp do vi-rút Rota. Do ñó, dựa vào kỹ thuật PCR làm tiêu chuẩn vàng, chúng tôi tiến hành nghiên cứu ñánh giá xét nghiệm SD BIOLINE ROTAVIRUS từ phân trong chẩn ñoán vi-rút Rota ở trẻ em bị tiêu chảy cấp ñược nhập viện ñiều trị tại Khoa Tiêu hóa Bệnh viện Nhi ñồng 1 - TP. Hồ Chí Minh. MỤC TIÊU Mục tiêu tổng quát Xác ñịnh giá trị của xét nghiệm SD BIOLINE ROTAVIRUS từ phân trong chẩn ñoán tiêu chảy cấp do vi-rút Rota ở trẻ em. Mục tiêu cụ thể - Xác ñịnh ñộ nhạy và ñộ ñặc hiệu của xét nghiệm SD BIOLINE ROTAVIRUS từ phân trong chẩn ñoán tiêu chảy cấp do vi-rút Rota ở trẻ em. - Xác ñịnh giá trị tiên ñoán dương và giá trị tiên ñoán âm của xét nghiệm SD BIOLINE ROTAVIRUS từ phân trong chẩn ñoán tiêu chảy cấp do vi-rút Rota ở trẻ em. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Đối tượng nghiên cứu Đối tượng nghiên cứu là phân trẻ em bị tiêu chảy cấp ñược nhập viện ñiều trị tại Khoa Tiêu hóa Bệnh viện Nhi Đồng 1 - TP.Hồ Chí Minh. Để tránh ngoại nhiễm, mẫu phân ñược lấy bằng sonde hậu môn, cho vào lọ có nắp ñậy và chuyển ñến phòng thí nghiệm, giữ ở nhiệt ñộ -700C, sau ñó thực hiện song song hai xét nghiệm: SD BIOLINE ROTAVIRUS và PCR. Phương pháp nghiên cứu Thiết kế nghiên cứu : Thiết kế nghiên cứu cắt ngang mô tả và so sánh. Kỹ thuật xét nghiệm 4 - Sử dụng kỹ thuật PCR làm tiêu chuẩn vàng ñể so sánh: Mẫu phân ñược rã ñông, sau ñó lắc rung ñể trộn ñều trong 5 giây. Lấy 150 µl phân ñưa vào tách chiết RNA bằng quy trình tách chiết của bộ kit NK RNAPREP do Công ty Nam khoa sản xuất. Kit tách chiết RNA hoạt ñộng theo nguyên tắc của Chomzinski và Sacchi. Để thực hiện kỹ thuật RT-PCR, trước hết lấy 12µl tách chiết RNA ñưa vào tổng hợp cDNA bằng mồi ngẫu nhiên trong sử dụng kit NKcDNAsynthesis do Công ty Nam Khoa sản xuất với qui trình ñược hướng dẫn theo bộ kit. - Sử dụng kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS Sử dụng bộ kit SD BIOLINE Rotavirus do hãng SD Standard Diagnostics, Inc sản xuất và thực hiện quy trình theo hướng dẫn kèm theo bộ kit. Xét nghiệm PCR và xét nghiệm SD BIOLINE ROTAVIRUS ñược thực hiện tại Phòng thí nghiệm nghiên cứu và phát triển của Công ty Nam khoa (ISO 9001:2000 và WHO GMP/GLP). Ghi nhận các kết quả dương tính và âm tính ở cả hai xét nghiệm ñể so sánh. Phân tích và sử lý số liệu Công cụ dùng ñể phân tích và xử lý số liệu là phần mềm Epi Info 6.04 và sử dụng phép kiểm χ2 ñể so sánh các tỉ lệ (8). Mẫu phân Có 72 mẫu phân ñạt tiêu chuẩn ñược lấy ở trẻ em bị tiêu chảy cấp nhập viện ñiều trị tại Khoa Tiêu hóa BV Nhi Đồng 1 - TP. Hồ Chí Minh từ tháng 4 ñến tháng 6 năm 2009. KẾT QUẢ Tất cả 72 mẫu phân ñược xét nghiệm bằng kỹ thuật PCR song song với kỹ thuật SD Bioline Rotavirus. Kết quả xét nghiệm 72 mẫu phân của hai kỹ thuật PCR và SD Bioline Rotavirus như sau: Với kỹ thuật PCR Bảng 4.1 N= 72 PCR Số lượng Tỉ lệ % Dương tính 47 65,28 Âm tính 25 34,72 Nhận xét: Có 47 trường hợp phát hiện vi-rút Rota, chiếm tỉ lệ 65,28%. Với kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS Bảng 4.2 N= 72 Kết quả Số lượng Tỉ lệ % Dương tính 44 61,11 Âm tính 28 38,89 5 Nhận xét: Có 44 trường hợp xét nghiệm phát hiện vi-rút Rota, chiếm tỉ lệ 61,11%. Kết quả xét nghiệm SD BIOLINE ROTAVIRUS của 47 trường hợp dương tính xác ñịnh bằng kỹ thuật PCR Qua phân tích 47 trường hợp phát hiện vi-rút Rota bằng kỹ thuật PCR, chúng tôi nhận thấy kết quả xét nghiệm bằng kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS như sau. Bảng 4.3 N= 47 Kết quả Số lượng Tỉ lệ % Dương tính 43 91,49 Âm tính 4 8,51 Nhận xét: Trong 47 trường hợp dương tính phát hiện vi-rút Rota bằng kỹ thuật PCR, chỉ có 43 trường hợp phát hiện bằng kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS, tỉ lệ 91,49%. Có 4 trường hợp không phát hiện vi-rút Rota (âm tính giả), tỉ lệ 8,51%. Kết quả xét nghiệm SD BIOLINE ROTAVIRUS của 25 trường hợp âm tính xác ñịnh bằng kỹ thuật PCR Qua phân tích 25 trường hợp âm tính xác ñịnh bằng kỹ thuật PCR, chúng tôi nhận thấy kết quả xét nghiệm bằng kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS như sau. Bảng 4.4 N= 25 Kết quả Số lượng Tỉ lệ % Âm tính 24 96,00 Dương tính 1 4,00 Nhận xét: Trong 25 trường hợp xét nghiệm âm tính xác ñịnh bằng kỹ thuật PCR, có 24 trường hợp âm tính xác ñịnh bằng kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS, tỉ lệ 96,00%. Có 01 trường hợp dương tính (dương tính giả), tỉ lệ 4,00%. So sánh tỉ lệ phát hiện vi-rút Rota giữa xét nghiệm PCR và SD BIOLINE ROTAVIRUS Bảng 4.6 Kỹ thuật Kết quả PCR SD BIOLINE ROTAVIRUS Dương tính (%) 65,28 61,11 Âm tính (%) 34,72 38,89 p = 0,87 Nhận xét: Sự khác biệt giữa tỉ lệ phát hiện vi-rút Rota bằng kỹ thuật PCR và bằng kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS không có ý nghĩa thống kê (p = 0,87). 6 So sánh kết quả các trường hợp phát hiện vi-rút Rota bằng kỹ thuật PCR và bằng kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS: So sánh kết quả các trường hợp phát hiện vi-rút Rota bằng kỹ thuật PCR và bằng kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS ñược tóm tắt như sau: Bảng 4.5 PCR SD Bioline Rotavirus Dương tính Âm tính Tổng Dương tính 43 1 44 Âm tính 4 24 28 Tổng 47 25 72 Nhận xét: Phân tích bảng so sánh các kết quả trên và lấy kết quả xét nghiệm của kỹ thuật PCR làm tiêu chuẩn vàng cho thấy ñộ nhạy cảm của xét nghiệm SD BIOLINE ROTAVIRUS trong phát hiện vi-rút Rota là Se = 91,49% (43/47) và ñộ ñặc hiệu là Sp = 96,00% (24/25). Giá trị tiên ñoán dương của xét nghiệm SD BIOLINE ROTAVIRUS là PPV = 97,73% (43/44) và giá trị tiên ñoán âm là NPV = 85,71% (24/28). BÀN LUẬN Kỹ thuật PCR ñược ñánh giá là một xét nghiệm chính xác, có ñộ nhạy và ñộ ñặc hiệu cao trong chẩn ñoán các tác nhân gây bệnh trong ñó có vi-rút Rota [2,3,5,6,]. Do ñó chúng tôi sử dụng kỹ thuật PCR làm tiêu chuẩn vàng ñể so sánh ñánh giá xét nghiệm SD BIOLINE ROTAVIRUS từ phân trong chẩn ñoán vi-rút Rota gây bệnh tiêu chảy cấp ở trẻ em. Kết quả xét nghiệm 72 trường hợp tiêu chảy cấp ở trẻ em ñược nhập viện ñiều trị tại Khoa Tiêu hóa Bệnh viện Nhi ñồng 1 - TP. Hồ Chí Minh, có 47 trường hợp (chiếm tỉ lệ 65,28%) ñược phát hiện do vi-rút Rota bằng kỹ thuật PCR, có 44 trường hợp (chiếm tỉ lệ 61,11%) ñược phát hiện bằng kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS. So sánh hai tỉ lệ trên bằng phép kiểm χ2 cho thấy sự khác nhau không có ý nghĩa thống kê (p = 0,87). Trong 47 trường hợp xét nghiệm dương tính phát hiện vi-rút Rota bằng kỹ thuật PCR, có 43 trường hợp dương tính phát hiện bằng kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS, chiếm tỉ lệ 91,49%. Có 04 trường hợp âm tính (âm tính giả), chiếm tỉ lệ 8,51%. Như vậy xét nghiệm SD BIOLINE ROTAVIRUS từ phân trong chẩn ñoán tiêu chảy cấp do vi-rút Rota ở trẻ em có ñộ nhạy là 91,49% [6]. Trong 25 trường hợp âm tính xác ñịnh bằng kỹ thuật PCR, có 24 trường hợp âm tính xác ñịnh bằng kỹ thuật SD BIOLINE ROTAVIRUS, chiếm tỉ lệ 96,00%. Có 01 trường hợp dương tính (dương tính giả), chiếm tỉ lệ 4,00%. Như vậy xét nghiệm SD BIOLINE ROTAVIRUS từ phân trong chẩn ñoán tiêu chảy cấp do vi-rút Rota ở trẻ em có ñộ ñặc hiệu là 96,00% [6]. 7 So sánh kết quả nghiên cứu ñánh giá xét nghiệm ly trích ñiện di RNA từ phân trong chẩn ñoán vi-rút Rota [7], ñộ nhạy và ñộ ñặc hiệu của xét nghiệm SD BIOLINE ROTAVIRUS cao hơn so với ñộ nhạy và ñộ ñặc hiệu của xét nghiệm ly trích ñiện di RNA (91,49% so với 81,37% và 96,00% so với 91,27%). Tuy nhiên sự khác nhau này không có ý nghĩa thống kê (p = 0,22) KẾT LUẬN Xét nghiệm 72 mẫu phân bằng kỹ thuật SD Bioline Rotavirus có kết quả dương tính là 61,11%. Xét nghiệm SD BIOLINE ROTAVIRUS có ñộ nhạy là 91,49% và ñộ ñặc hiệu là 96,00%, có giá trị tiên ñoán dương là 97,73% và giá trị tiên ñoán âm là 85,71% TÀI LIỆU THAM KHẢO 1. Jawetz, Melnick & Adelberg, Medical microbiology, 24th edition, Mc Graw Hill Lange, 2007, p. 346 – 354. 2. Levinson W. & Jawetz E., Medical microbiology and immunology, 6th edition, Mc Graw Hill Lange, 2006. 3. Levinson W., Review of medical microbiology and immunology, 9th edition, Mc Graw Hill Lange, 2006. 4. Lý Văn Xuân, Vai trò của Vi-rút Rota trong tiêu chảy cấp, Luận án Phó tiến sĩ, năm 1996. 5. Lý Văn Xuân, Vi-rút học, NXB y học chi nhánh TP. Hồ Chí Minh, năm 2007, trang 133-142. 6. Lý Văn Xuân, Vi khuẩn học, NXB y học chi nhánh TP. Hồ Chí Minh, năm 2008, trang 82-83. 7. Lý Văn Xuân, Đánh giá kỹ thuật ñiện di RNA tách chiết từ phân trong chẩn ñoán phát hiện vi-rút Rota, Tạp chí y học TP. Hồ Chí Minh, phụ bản tập 13, số 2, năm 2009, trang 102-105. 8. Trường Cán bộ quản lý y tế, Tài liệu hướng dẫn thống kê Epi Info 6.04, năm 1997.