NGHIÊN CỨU XẠ KHUẨN STREPTOSPOANGIUM PHÂN LẬP TỪ VƯỜN QUỐC GIA CÁT TIÊN
HOÀNG THỊ DIỆU THÚY
Trang nhan đề
Lời cảm ơn
Mục lục
Danh mục từ viết tắt
Danh mục các bảng, hình
Lời mở đầu
Chương_1: Tổng quan tài liệu
Chương_2: Vật liệu và phương pháp
Chương_3: Kết quả và biện luận
Chương_4: Kết luận và đề nghị
Tài liệu tham khảo
Phụ lục
MỤC LỤC
٭٭٭
Trang
TRANG PHỤ BÌA
LỜI CÁM ƠN
DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT
DANH MỤC CÁC BẢNG VÀ HÌNH ẢNH
MỞ ĐẦU 01
CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 02
1.1. Đặc điểm .03
1.1.1. Phân loại 03
1.1.2. Đặc điểm sinh thái .03
1.1.3. Đặc điểm bộ gen và tính bất ổn định về di truyền .04
1.1.4. Hợp chất biến dưỡng thứ cấp ở xạ khuẩn 06
1.2. Xạ khuẩn Streptosporangium .08
1.2.1. Đặc điểm phân loại 08
1.2.2. Đặc điểm chung 14
1.2.3. Sự hình thành bào tử ở Streptosporangium .14
1.2.4. Đặc điểm sinh thái 15
1.2.5. Hợp chất biến dưỡng thứ cấp có hoạt tính sinh học từ Streptosporangium 15
1.2.6. Lý do chọn Streptosporangium làm đối tượng nghiên cứu của đề tài
16
CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP .18
2.1. Vật liệu .19
2.1.1. Thiết bị, dụng cụ .19
2.1.2. Hoá chất 20
2.1.3. Môi trường 24
2.1.4. Vật liệu sinh học .28
2.1.5. Địa điểm tiến hành thí nghiệm 30
2.2. Phương pháp .30
2.2.1. Thu và chuẩn bị mẫu đất 30
2.2.2. Xác định hàm lượng hữu cơ .31
2.2.3. Phương pháp phân lập xạ khuẩn Streptosporangium .31
2.2.4. Làm tiêu bản mẫu và chụp hình dưới kính hiển vi 32
2.2.5. Thử nghiệm khả năng sinh kháng sinh của các chủng xạ khuẩn Streptosporangium phân lập 33
2.2.6. Tách chiết bộ gen xạ khuẩn .35
2.2.7. Thu nhận gen 16S rRNA bằng phương pháp PCR .36
2.2.8. Tạo dòng sản phẩm PCR của bộ gen 16S rRNA .37
2.2.9. Giải trình tự gen 16S rRNA và xây dựng cây phát sinh loài 40
CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ BIỆN LUẬN .41
3.1. Kết quả phân lập xạ khuẩn Streptosporangium từ mẫu đất Vườn quốc gia Cát Tiên .42
3.2. Đặc điểm hình thái thô đại và hiển vi điển hình của Streptosporangium của các chủng phân lập Streptosporangium dự tuyển .44
3.3. Đặc điểm phân bố của xạ khuẩn Streptosporangium phân lập được tại Vườn quốc gia Cát Tiên 55
3.4. Đặc điểm tăng trưởng và hình thái của các chủng Streptosporangium dự tuyển trên các môi trường thạch khác nhau 56
3.5. Nuôi cấy và thử nghiệm khả năng tạo kháng sinh của các chủng xạ khuẩn trên môi trường lỏng 60
3.5.1. Thử nghiệm hoạt tính kháng sinh từ dịch nuôi cấy 60
3.5.2. Thử nghiệm hoạt tính kháng sinh của dịch chiết xuất xạ khuẩn .61
3.6. Thu nhận và tạo dòng gen 16S rRNA của các chủng Streptosporangium phân lập 68
3.7. Giải trình tự gen 16S rRNA và định danh các chủng Streptosporangium
.70
3.7.1. Trường hợp chủng CAT-1.20 70
3.7.2. Trường hợp chủng CAT-1.21 .72
3.7.3. Trường hợp chủng CAT-1.22 .74
3.7.4. Trường hợp chủng CAT-7.32 76
3.7.5. Trường hợp chủng CAT-23.25 .78
3.7.6. Trường hợp chủng CAT-23.26 .80
3.7.7. Trường hợp chủng CAT-56.54 82
3.7.8. Trường hợp chủng CAT-58.56 .84
3.7.9. Trường hợp chủng CAT-63.46 .86
CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ .89
4.1. Kết luận .90
4.2. Đề nghị .90
TÀI LIỆU THAM KHẢO 91
PHỤ LỤC KẾT QUẢ i
48 trang |
Chia sẻ: maiphuongtl | Lượt xem: 1845 | Lượt tải: 2
Bạn đang xem trước 20 trang tài liệu Luận văn Nghiên cứu xạ khuẩn streptospoangium phân lập từ vườn quốc gia Cát Tiên, để xem tài liệu hoàn chỉnh bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên
Khi quan sát dưới kính hiển vi (Hình 3.3.D, E, F) chủng CAT-1.22 có khuẩn ty
khí sinh tạo túi bào tử hình cầu đường kính 5-9µm. Đây là đặc trưng của xạ khuẩn
Streptosporangium.
A B C
D E F
Hình 3.3 Hình thái thô đại và hiển vi của chủng Streptosporangium dự tuyển
CAT-1.22. A, Khuẩn lạc trên môi trường ISP-2 (mặt trước); B, Khuẩn lạc trên môi
trường ISP-2 (mặt sau); C, khuẩn lạc trên môi trường Humic acid agar; D, E, F,
khuẩn ty và túi bào tử, độ phóng đại 40X LD; 40X; 100X.
- Chủng CAT-7.32
Trên môi trường thạch nuôi cấy ISP-2, chủng CAT-7.32 có khuẩn lạc đều và
phát triển tốt. Bào tử khí sinh nhiều. Đường kính khuẩn lạc 9-12mm. Màu sắc
khuẩn ty khí sinh: trắng 263. Màu sắc khuẩn ty cơ chất: vàng cam đậm 66 (Hình
3.4.A, B). Trên môi trường Humic acid agar (Hình 3.4.C), chủng CAT-7.32 có
khuẩn lạc phẳng. Đường kính khuẩn lạc 8-10mm. Màu sắc khuẩn ty khí sinh: trắng
Trang 48
hồng nhạt 9. Màu sắc khuẩn ty cơ chất: nâu xám 80. Không có sắc tố hòa tan được
hình thành trên các môi trường sử dụng.
Khi quan sát dưới kính hiển vi (Hình 3.4.D, E, F) chủng CAT-7.32 có khuẩn ty
khí sinh tạo túi bào tử hình cầu đường kính 4-6µm. Đây là đặc trưng của xạ khuẩn
Streptosporangium.
A B C
D E F
Hình 3.4 Hình thái thô đại và hiển vi của chủng Streptosporangium dự tuyển
CAT-7.32. A, Khuẩn lạc trên môi trường ISP-2 (mặt trước); B, Khuẩn lạc trên môi
trường ISP-2 (mặt sau); C, khuẩn lạc trên môi trường Humic acid agar; D, E, F,
khuẩn ty và túi bào tử, độ phóng đại 40X LD; 40X; 100X.
- Chủng CAT-23.25
Trên môi trường thạch nuôi cấy ISP-2, chủng CAT-23.25 có khuẩn lạc phát
triển không đều, nhăn nheo ở tâm. Bào tử khí sinh cực ít. Đường kính khuẩn lạc 13-
15mm. Màu sắc khuẩn ty khí sinh: hồng nhạt 4. Màu sắc khuẩn ty cơ chất: nâu đỏ
nhạt 42 (Hình 3.5.A,B). Trên môi trường Humic acid agar (Hình 3.5.C), chủng
Trang 49
CAT-23.25 có khuẩn lạc phẳng. Đường kính khuẩn lạc 6-7mm. Màu sắc khuẩn ty
khí sinh: trắng 263. Màu sắc khuẩn ty cơ chất: nâu xám 80. Không có sắc tố hòa
tan được hình thành trên các môi trường sử dụng.
Khi quan sát dưới kính hiển vi (Hình 3.5.D, E, F) chủng CAT-23.25 có khuẩn ty
khí sinh tạo túi bào tử hình cầu đường kính 6-9µm. Đây là đặc trưng của xạ khuẩn
Streptosporangium.
A B C
D E F
Hình 3.5 Hình thái thô đại và hiển vi của chủng Streptosporangium dự tuyển
CAT-23.25. A, Khuẩn lạc trên môi trường ISP-2 (mặt trước); B, Khuẩn lạc trên môi
trường ISP-2 (mặt sau); C, khuẩn lạc trên môi trường Humic acid agar; D, E, F,
khuẩn ty và túi bào tử, độ phóng đại 40X LD; 40X; 100X.
- Chủng CAT-23.26
Trên môi trường thạch nuôi cấy ISP-2, chủng CAT-23.26 có khuẩn lạc không
đều. Bào tử khí sinh cực ít. Đường kính khuẩn lạc 11mm. Màu sắc khuẩn ty khí
Trang 50
sinh: từ màu hồng nhạt 4. Màu sắc khuẩn ty cơ chất: nâu đỏ vừa tới nâu hơi vàng
đậm 43 tới strong 74 (Hình 3.6.A, B). Trên môi trường Humic acid agar (Hình
3.6.C), chủng CAT-23.26 có khuẩn lạc đều, hơi dẹp. Bào tử khí sinh phát triển
mạnh. Đường kính khuẩn lạc 10-11mm. Màu sắc khuẩn ty khí sinh: màu trắng 263.
Màu sắc khuẩn ty cơ chất: nâu xám 80. Không có sự hình thành sắc tố hòa tan trên
các môi trường sử dụng.
Khi quan sát dưới kính hiển vi (Hình 3.6.D, E, F) chủng CAT-23.26 có khuẩn ty
khí sinh tạo túi bào tử hình cầu đường kính 6-8µm. Đây là đặc trưng của xạ khuẩn
Streptosporangium.
A B C
D E F
Hình 3.6 Hình thái thô đại và hiển vi của chủng Streptosporangium dự tuyển
CAT-23.26. A, Khuẩn lạc trên môi trường ISP-2 (mặt trước); B, Khuẩn lạc trên môi
trường ISP-2 (mặt sau); C, khuẩn lạc trên môi trường Humic acid agar; D, E, F,
khuẩn ty và túi bào tử, độ phóng đại 40X LD; 40X; 100X.
Trang 51
- Chủng CAT-26.27
Trên môi trường thạch nuôi cấy ISP-2, chủng CAT-26.27 có khuẩn lạc phát
triển không đều và nhăn ở tâm. Bào tử khí sinh rất ít. Đường kính khuẩn lạc 11-
13mm. Màu sắc khuẩn ty khí sinh: vàng nhạt 89. Màu sắc khuẩn ty cơ chất: vàng
sáng 83 (Hình 3.7.A, B). Trên môi trường Humic acid agar (Hình 3.7.C), chủng
CAT-23.25 có đường kính 7-8mm. Màu sắc khuẩn ty khí sinh: màu trắng 263. Màu
sắc khuẩn ty cơ chất: nâu xám 80. Không có sắc tố hình thành trên các môi trường
sử dụng.
Khi quan sát dưới kính hiển vi (Hình 3.7.D, E, F) chủng CAT-26.27 có khuẩn ty
khí sinh tạo túi bào tử hình cầu đường kính 6-9µm. Đây là đặc trưng của xạ khuẩn
Streptosporangium.
A B C
D E F
Hình 3.7 Hình thái thô đại và hiển vi của chủng Streptosporangium dự tuyển
CAT-26.27. A, Khuẩn lạc trên môi trường ISP-2 (mặt trước); B, Khuẩn lạc trên môi
Trang 52
trường ISP-2 (mặt sau); C, khuẩn lạc trên môi trường Humic acid agar; D, E, F,
khuẩn ty và túi bào tử, độ phóng đại 40X LD; 40X; 100X
- Chủng CAT-56.54
Trên môi trường thạch nuôi cấy ISP-2, chủng CAT-56.54 có khuẩn lạc phát
triển không đều, hơi nhô cao và nhăn ở tâm. Bào tử khí sinh phát triển ít. Đường
kính khuẩn lạc 11mm. Màu sắc khuẩn ty khí sinh: hồng ánh vàng đậm 26. Màu sắc
khuẩn ty cơ chất: hồng ánh vàng 27 (Hình 3.8.A, B). Trên môi trường Humic acid
agar (Hình 3.8.C), chủng CAT-56.54 có khuẩn lạc đều, hơi dẹp. Bào tử khí sinh phát
triển tốt. Đường kính khuẩn lạc 7-8mm. Màu sắc khuẩn ty khí sinh: màu trắng 263.
Màu sắc khuẩn ty cơ chất: nâu xám 80. Không có sắc tố hình thành trên các môi
trường sử dụng.
Khi quan sát dưới kính hiển vi (Hình 3.8.D, E, F) chủng CAT-56.54 có khuẩn ty
khí sinh tạo túi bào tử hình cầu đường kính 6-12µm. Đây là đặc trưng của xạ khuẩn
Streptosporangium.
A B C
D E
Trang 53
Hình 3.8 Hình thái thô đại và hiển vi của chủng Streptosporangium dự tuyển
CAT-56.54. A, Khuẩn lạc trên môi trường ISP-2 (mặt trước); B, Khuẩn lạc trên môi
trường ISP-2 (mặt sau); C, khuẩn lạc trên môi trường Humic acid agar; D, E, khuẩn
ty và túi bào tử, độ phóng đại 40X LD; 100X
- Chủng CAT-58.56
Trên môi trường thạch nuôi cấy ISP-2, chủng CAT-58.56 có khuẩn lạc phát
triển không đều, hơi nhô cao và nhăn ở tâm. Bào tử khí sinh phát triển tốt. Đường
kính khuẩn lạc 11-15mm. Màu sắc khuẩn ty khí sinh: trắng hơi hồng tới hồng nhạt 9
tới 7. Màu sắc khuẩn ty cơ chất: cam đậm 51 (Hình 3.9.A, B). Trên môi trường
Humic acid agar (Hình 3.9.C), chủng CAT-58.56 có khuẩn lạc phẳng. Bào tử khí
sinh phát triển tốt. Đường kính khuẩn lạc 7-8mm. Màu sắc khuẩn ty khí sinh: màu
trắng 263. Màu sắc khuẩn ty cơ chất: nâu xám 80. Không có sắc tố hình thành trên
các môi trường sử dụng.
Khi quan sát dưới kính hiển vi (Hình 3.9.D, E, F) chủng CAT-58.56 có khuẩn ty
khí sinh tạo túi bào tử hình cầu đường kính 6-11µm. Đây là đặc trưng của xạ khuẩn
Streptosporangium.
A B C
Trang 54
D E F
Hình 3.9 Hình thái thô đại và hiển vi của chủng Streptosporangium dự tuyển
CAT-58.56. A, Khuẩn lạc trên môi trường ISP-2 (mặt trước); B, Khuẩn lạc trên môi
trường ISP-2 (mặt sau); C, khuẩn lạc trên môi trường Humic acid agar; D, E, F,
khuẩn ty và túi bào tử, độ phóng đại 40X LD; 40X; 100X
- Chủng CAT-63.46
Trên môi trường thạch nuôi cấy ISP-2, chủng CAT-63.46 có khuẩn lạc phát
triển không đều, nhô cao và nhăn ở tâm. Bào tử khí sinh phát triển mạnh. Đường
kính khuẩn lạc 11mm. Màu sắc khuẩn ty khí sinh: từ hồng sáng tới hồng nhạt 4 tới
7. Màu sắc khuẩn ty cơ chất: cam đậm tới cam nâu 51 tới 54 (Hình 3.10.A, B). Trên
môi trường Humic acid agar (Hình 3.10.C), chủng CAT-63.46 có khuẩn lạc phẳng.
Bào tử khí sinh phát triển tốt. Đường kính khuẩn lạc 7-8mm. Màu sắc khuẩn ty khí
sinh: màu trắng 263. Màu sắc khuẩn ty cơ chất: nâu xám 80. Không có sắc tố hình
thành trên các môi trường sử dụng.
Khi quan sát dưới kính hiển vi (Hình 3.10.D, E, F) chủng CAT-63.46 có khuẩn
ty khí sinh tạo túi bào tử hình cầu đường kính 6-14µm. Đây là đặc trưng của xạ
khuẩn Streptosporangium.
A B C
Trang 55
D E
Hình 3.10 Hình thái thô đại và hiển vi của chủng Streptosporangium dự tuyển
CAT-63.46. A, Khuẩn lạc trên môi trường ISP-2 (mặt trước); B, Khuẩn lạc trên môi
trường ISP-2 (mặt sau); C, khuẩn lạc trên môi trường Humic acid agar; D, E, khuẩn
ty và túi bào tử, độ phóng đại 40X LD; 100X.
3.3. Đặc điểm phân bố của xạ khuẩn Streptosporangium phân lập được tại
Vườn quốc gia Cát Tiên
Xạ khuẩn Streptosporangium thường hiện diện nhiều trong đất vườn giàu mùn,
và hơi acid. Ngoài ra, chúng còn hiện diện trong trầm tích hồ và đất biển. Do vậy,
chúng tôi muốn khảo sát mối tương quan phân bố của chủng xạ khuẩn
Streptosporangium với hàm lượng hữu cơ và độ pH của mẫu đất.
Độ pH và hàm lượng hữu cơ tương ứng của các mẫu đất có sự hiện diện của
chủng xạ khuẩn Streptosporangium được trình bày trong Bảng 3.2.
Có thể thấy rõ rằng các mẫu đất này đều có pH trong phạm vi hơi acid đến
trung tính, là dãy pH khá thích hợp cho sự phát triển của chủng xạ khuẩn
Streptosporangium. Trong khi hàm lượng hữu cơ thay đổi khá rộng từ 0.54% đến
2.03%.
Bảng 3.2 Đặc điểm sinh thái pH và hàm lượng chất hữu cơ của những mẫu đất
có sự hiện diện của Streptosporangium
Trang 56
Ký hiệu
mẫu
Loại mẫu Hệ sinh thái pH Hàm lượng
chất hữu cơ
(%)
CAT-1 Đất cát Rừng thường xanh 5,97 0,83
CAT-7 Đất gần vũng nước Rừng thường xanh 5,83 0,80
CAT-23 Đất Rừng thường xanh đất thấp 6,13 1,43
CAT-26 Đất quanh gốc cây Rừng thường xanh đất thấp 6,97 2,03
CAT-56 Đất quanh bụi tre Rừng tre nứa 5,30 1,18
CAT-58 Đất quanh bụi tre Rừng tre nứa 5,22 0,99
CAT-63 Đất quanh cây dầu Rừng dầu 5,68 0,54
3.4. Đặc điểm tăng trưởng và hình thái của các chủng Streptosporangium dự
tuyển trên các môi trường thạch khác nhau
Bảy loại môi trường khác nhau được khảo sát là môi trường ISP-2, ISP-2 M,
A9, A9 M, Bennett’s agar, Glycerol agar và Humic acid agar. Đây là các môi trường
điển hình trong việc phân lập và nuôi cấy các xạ khuẩn thuộc họ
Streptosporangiaceae. Các đặc trưng được quan sát và ghi nhận bao gồm: sự phát
triển và màu sắc của khuẩn ty cơ chất, khuẩn ty khí sinh, tính tan của sắc tố. Các
chủng xạ khuẩn được quan sát sau 3 tuần nuôi cấy ở các môi trường khác nhau ở
nhiệt độ 28oC. Màu sắc của chủng xạ khuẩn nuôi cấy được xác định dựa vào hệ
thống bảng màu “NBS/ISCC Color System”. Đặc điểm của các chủng xạ khuẩn
nuôi cấy trên các môi trường thử nghiệm được tóm tắt theo Bảng 3.3. Do xạ khuẩn
Streptosporangium phát triển khá chậm trên môi trường thạch do đó chúng tôi tiến
hành khảo sát đặc điểm tăng trưởng và hình thái của các chủng trên các môi trường
khác nhau để có thể chọn được môi trường nuôi cấy phù hợp với từng chủng, đồng
thời để đặc trưng hóa chi tiết hơn đặc điểm hình thái của chủng.
Qua khảo sát trên các môi trường thử nghiệm, chúng tôi nhận thấy rằng các
chủng xạ khuẩn có khả năng hình thành khuẩn ty cơ chất và khuẩn ty khí sinh trên
hầu hết các môi trường được thử nghiệm. Các chủng CAT-1.20, CAT-1.21, CAT-
1.22 và CAT-7.32 phát triển khá tốt trên hầu hết các môi trường thử nghiệm và đặc
Trang 57
biệt phát triển mạnh đặc biệt trên môi trường ISP-2 và Bennett’s agar. Các chủng xạ
khuẩn CAT- 56.54, CAT-58.56, CAT-63.46 thì phát triển tốt trên môi trường ISP-2
và A9 M. Như vậy có thể thấy rằng môi trường ISP-2 là môi trường chung thích
hợp cho sự phát triển của các chủng xạ khuẩn Streptosporangium đã phân lập.
Bảng 3.3 Mô tả hình thái của những chủng Streptosporangium phân lập
Chủng xạ
khuẩn
Môi trường nuôi
cấy
Sự phát triển, màu sắc
của khuẩn ty cơ chất
Sự phát triển, màu sắc
của khuẩn ty khí sinh
Sắc tố
hòa
tan
A9 Khá 10 Khá 4 Không
A9 M Khá 28 Mạnh 4 27 Không
ISP-2 M Mạnh
68
Mạnh 4 Không
ISP-2 Mạnh 37 Mạnh 4 Không
Bennett’s agar Mạnh 50 Mạnh 7 9 Không
Glycerol agar Mạnh 52 Mạnh 7 Không
CAT-1.20
Humic acid agar Khá 80 khá 9 Không
A9 Yếu 8 Vừa 26 Không
A9 M Khá 53 Khá 4 27 Không
ISP-2 M Mạnh 50 Mạnh 26 Không
ISP-2 Mạnh 54 Mạnh 4 8 Không
Bennett’s agar Mạnh 48 50 Mạnh 6 18 Không
Glycerol agar Mạnh 50 Mạnh 4 28 Không
CAT-1.21
Humic acid agar Khá 80 khá 9 Không
A9 Vừa 73 khá 25 Không
A9 M Khá 52 khá 4 Không
ISP-2 M Mạnh 54 Mạnh 25 Không
ISP-2 Mạnh 54 Mạnh 4 Không
CAT-1.22
Bennett’s agar Mạnh 53 54 Mạnh 4 Không
Trang 58
Glycerol agar Mạnh 53 Mạnh 25 Không
Humic acid agar Khá 80 khá 9 Không
A9 Vừa 92 Vừa 92 Không
A9 M Vừa 73 khá 9 Không
ISP-2 M Khá 70 Mạnh Màu trắng Không
ISP-2 Mạnh 66 Mạnh 263 Không
Bennett’s agar Mạnh 72 Mạnh 263 Không
Glycerol agar Khá 73 khá 9 Không
CAT-7.32
Humic acid agar Khá 80 khá 9 Không
A9 Yếu 10 Yếu 76 4 Không
A9 M Yếu 42 45 Yếu 60 Không
ISP-2 M Yếu 42 Yếu 33 79 Không
ISP-2 Yếu 54 Yếu 4 Không
Bennett’s agar Yếu 74 Yếu 80 Không
Glycerol agar Yếu 38 Yếu 4 40
Không
CAT-
23.25
Humic acid agar Yếu 80 Vừa Màu trắng Không
A9 10 4 Không
A9 M Yếu 10 Vừa 8 Không
ISP-2 M Vừa 39 Vừa 4 Không
ISP-2 Vừa 74 76 Vừa 43 76 Không
Bennett’s agar khá 77 Vừa 77 Không
Glycerol agar khá 53 Vừa 25 Không
CAT-
23.26
Humic acid agar Khá 80 Mạnh Màu trắng Không
A9 Yếu 92 Yếu 92 9 Không CAT-
26.67
A9 M Yếu 93 Yếu 39 92 Không
Trang 59
ISP-2 M Yếu 79 Yếu 72 Không
ISP-2 Vừa 83 Vừa 89 Không
Bennett’s agar Yếu 90 Yếu 89 Không
Glycerol agar Yếu
68
Yếu 67 Không
Humic acid agar Vừa 80 khá Màu trắng Không
A9 Khá 89 Khá 92 Không
A9 M Khá 89 Khá 92 Không
ISP-2 Khá 27 Khá 26
Không
ISP-2 M Vừa 86 Vừa 92 Không
CAT-
56.54
Humic acid agar Vừa 80 Vừa Màu trắng Không
A9 Vừa 89 Vừa 92 Không
A9 M Khá 89 Khá 92 Không
ISP-2 Khá 51 Khá 7 9 Không
ISP-2 M Vừa 86 Vừa 92 Không
CAT-
58.56
Humic acid agar Vừa 80 Vừa Màu trắng Không
A9 Vừa 82 89 Vừa 92 Không
A9 M Khá 89 Khá 92 Không
ISP-2 Khá 51 54 Khá 4 7 Không
ISP-2 M Vừa 86 84 Vừa 92 Không
CAT-
63.46
Humic acid agar Vừa 80 Vừa Màu trắng Không
3.5. Nuôi cấy và thử nghiệm khả năng tạo kháng sinh của các chủng xạ khuẩn
trên môi trường lỏng
Môi trường ISP-2 được chọn là môi trường chung cho việc nuôi cấy xạ khuẩn
để nhân giống cấp I. Các bước nhân giống tiếp theo được thực hiện bằng môi
trường ISP-2 và L4. Các chủng xạ khuẩn đều được nuôi cấy lắc ở cùng một điều
Trang 60
kiện nhiệt độ 28oC và tốc độ lắc là 250 vòng/phút trong thời gian 7 ngày. Chúng tôi
nhận thấy việc sử dụng môi trường lỏng giúp rút ngắn thời gian nuôi cấy đặc biệt
khi ta cần một lượng sinh khối lớn cho giữ giống, tách chiết bộ gen và cho thử
nghiệm khả năng sinh kháng sinh của xạ khuẩn.
3.5.1. Thử nghiệm hoạt tính kháng sinh từ dịch nuôi cấy
Dịch nuôi cấy sau 7 ngày nuôi cấy lắc các chủng xạ khuẩn Streptosporangium
trên hai môi trường lỏng ISP-2 và L4 được dùng để kiểm tra hoạt tính kháng sinh
bằng phương pháp đĩa giấy. Kết quả thí nghiệm là âm tính với các chủng vi sinh vật
kiểm định. Có nhiều nguyên nhân dẫn đến kết quả âm tính của thí nghiệm trên.
Theo Egorov [17] thì một số vi sinh vật trong quá trình sống có thể phóng thích
kháng sinh (penicillin, streptomycin, tetracycline, …) ra môi trường xung quanh;
một số vi sinh vật sản xuất kháng sinh nhưng chỉ phóng thích một lượng nhỏ kháng
sinh (candidicin, ristomycin, …) ra môi trường; một số vi sinh vật tạo kháng sinh ra
môi trường xung quanh trong suốt quá trình sống của chúng (gramicidins,
endomycin, rimocidin, …) và các kháng sinh này phần lớn vẫn còn nằm, gắn chặt
với tế bào sản sinh ra chúng. Như vậy, có thể cho rằng các chủng xạ khuẩn
Streptosporangium nuôi cấy trong thí nghiệm này có thể sinh kháng sinh và kháng
sinh sinh ra có thể được tích lũy bên trong tế bào vi sinh vật trong suốt quá trình
phát triển hoặc chúng chỉ được phóng thích ra môi trường xung quanh với một
lượng nhỏ hoặc các kháng sinh được phóng thích hoàn toàn ra môi trường bên ngoài
nhưng hàm lượng rất thấp. Do đó sử dụng trực tiếp dịch nuôi cấy từ các chủng xạ
khuẩn Streptosporangium này đã không thể hiện được hoạt tính kháng sinh trên các
chủng vi sinh vật kiểm định.
Mặt khác, kết quả âm tính với thử nghiệm khả năng sinh kháng sinh của các
chủng xạ khuẩn Streptosporangium nói trên không chứng minh được các chủng
chúng tôi đang thí nghiệm có khả năng sản sinh kháng sinh hay không vì chúng tôi
chỉ mới sử dụng một điều kiện nuôi cấy cho hai loại môi trường nên có thể chúng
tôi vẫn chưa chọn được môi trường nuôi cấy và điều kiện nuôi cấy phù hợp để thúc
đẩy khả năng sinh hoạt chất của xạ khuẩn.
Trang 61
3.5.2. Thử nghiệm hoạt tính kháng sinh của dịch chiết xuất xạ khuẩn
Bảng 3.4 Kết quả thử nghiệm hoạt tính sinh kháng sinh của những chủng
Streptosporangium.
Chủng vi khuẩn kiểm định
Số ký
hiệu
Môi
trường
nuôi cấy
Ngày
nuôi
cấy E.coli. Pseu. Bac. Staph. Sac. Can. Asp. Pen.
30MC ISP-2 7 NA NA NA NA
16mm,
20mm
12mm,
15mm NA
13mm,
13mm
14CF L4 7 NA NA NA NA
11mm,
14mm NA NA NA
15MC L4 14 NA NA NA NA
18mm,
19mm
28mm,
30mm NA
16mm,
21mm
15CF L4 14 NA NA NA NA
11mm,
12mm
14mm,
17mm NA
15mm,
15mm
17MC L4 14 NA NA NA NA
19mm,
23mm
17mm,
17mm NA
19MC L4 14 NA NA NA NA NA NA
18mm,
19mm
10mm,
10mm
NA: âm tính; Bacillus subtilis, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia
coli, Saccharomyces cereviae, Candida albicans, Aspergillus oryzae, Penicillium sp.
Các chủng xạ khuẩn được nuôi cấy trên hai loại môi trường lỏng ISP-2 và L4
như trong 7 ngày và 14 ngày. Dịch nuôi cấy được ly tâm để tách sinh khối khuẩn ty
(MC) và dịch lên men (CF) và được ly trích hoạt chất như được mô tả trong phần
vật liệu và phương pháp. Dịch chiết xuất có nồng độ là 10X được dùng để tẩm đĩa
giấy và thử nghiệm hoạt tính kháng sinh trên các chủng vi sinh vật kiểm định. Kết
quả cho thấy dịch tách chiết từ các chủng xạ khuẩn Streptosporangium nói trên
không có hoạt tính đối với vi khuẩn Gram âm và Gram dương kiểm định, nhưng có
hoạt tính đối với các chủng nấm men và nấm mốc kiểm định.
Các đĩa giấy tẩm kháng sinh chuẩn và đĩa giấy tẩm methanol để làm đối chứng
âm và dương trong thí nghiệm này. Kết quả thử hoạt tính sinh kháng sinh được tổng
hợp trên Bảng 3.4. Chủng vi khuẩn gram âm E. coli cho đường kính vòng kháng
Trang 62
khuẩn đối với kháng sinh Gentamycin là 20mm. Chủng Pseudomonas aeruginosa
cho đường kính vòng kháng khuẩn đối với Gentamycin là 21mm. Tương tự chủng
vi khuẩn Gram dương Bacillus subtilis có đường kính vòng kháng khuẩn đối với
kháng sinh Gentamycin là 26mm, với Penicillin là 18mm. Chủng Staphylococcus
aureus có đường kính vòng kháng khuẩn đối với Gentamycin là 24mm, với
Penicillin là 33mm. Còn với các chủng nấm men Saccharomyces cerevisae,
Candida albicans thì đường kính vòng kháng khuẩn đối với kháng sinh Nystatin lần
lượt là 38mm và 33mm. Chủng nấm mốc Aspergillus oryzae cho đường kính vòng
kháng khuẩn đối với Nystatin là 23mm và chủng Penicillium sp. thì đường kính
vòng kháng khuẩn đối với Nystatin là 22mm. Dung môi methanol được dùng trong
tách chiết không có tác dụng ức chế đối với vi sinh vật kiểm định.
Dịch chiết xuất ký hiệu số 30MC tương ứng với pha đặc hệ sợi thu được từ
chủng xạ khuẩn Streptosporangium CAT-7.32 được nuôi cấy ở thời điểm nuôi cấy 7
ngày trên môi trường lỏng ISP-2 có hoạt tính trên chủng nấm men Saccharomyces
cerevisiae với đường kính vùng ức chế là 18mm, đường kính vùng ức chế với chủng
nấm men kiểm định Candida albicans là 13,5mm và chủng nấm mốc Penicillium
sp. là 13mm (Hình 3.11).
A1 B1 C1
A2 B2 C2
Trang 63
Hình 3.11 Hoạt tính kháng nấm của dịch chiết từ chủng CAT-7.32.
A, Trường hợp Penicillium sp. (A1,mặt trước; A2,mặt sau);
B, Trường hợp Candida albicans (B1, mặt trước; B2, mặt sau);
C, Trường hợp Saccharomyces cerevisiae (C1, mặt trước; C2, mặt sau).
MC, dịch chiết từ khuẩn ty; CF, dịch chiết từ dịch lên men;
30, số ký hiệu dịch chiết xuất từ chủng CAT-7.32 sau 7 ngày nuôi cấy.
Dịch chiết xuất ký hiệu số 14CF tương ứng với pha lỏng môi trường nuôi cấy
chủng xạ khuẩn Streptosporangium CAT-63.46 sau 7 ngày nuôi cấy trên môi trường
lỏng L4 có hoạt tính trên chủng nấm men kiểm định Saccharomyces cerevisiae với
đường kính vùng ức chế là 12.5mm (Hình 3.12).
A1 A2
Hình 3.12 Hoạt tính kháng nấm của dịch chiết từ chủng CAT-63.46.
A, Trường hợp Saccharomyces cerevisiae (A1, mặt sau; A2, mặt trước);
MC, dịch chiết từ khuẩn ty; CF, dịch chiết từ dịch lên men;
14, số ký hiệu dịch chiết xuất từ chủng CAT-63.46 sau 7 ngày nuôi cấy.
Các mẫu chiết xuất số hiệu 15MC, 15CF, 17MC, 19MC thu được khi nuôi cấy
trên môi trường lỏng L4 ở thời điểm 14 ngày cũng có hoạt tính trên chủng nấm men
và nấm mốc kiểm định.
Mẫu chiết xuất số hiệu 15MC tương ứng với pha đặc hệ sợi khi nuôi cấy chủng
xạ khuẩn Streptosporangium CAT-58.56 trên môi trường lỏng L4 ở thời điểm 14
ngày có hoạt tính trên chủng nấm men Sacchromyces cerevisiae với đường kính
vùng ức chế là 18,5mm, đường kính vòng kháng chủng nấm men Candida albicans
Trang 64
tương ứng là 29mm, và với chủng nấm mốc Penicillium sp. đường kính vòng kháng
nấm là 18,5mm. Mẫu chiết xuất số hiệu 15CF tương ứng với pha lỏng môi trường
thu được khi nuôi cấy chủng xạ khuẩn Streptosporangium số 58.56 ở thời điểm nuôi
cấy 14 ngày trên môi trường L4 có hoạt tính trên các chủng nấm men kiểm định
Saccharomyces cerevisiae, Candida albicans với đường kính vùng kháng nấm
tương ứng lần lượt là 11,5mm và 15,5mm, đường kính vùng ức chế với chủng nấm
mốc Penicillium sp. là 15mm (Hình 3.13).
A1 B1 C1
A2 B2 C2
Hình 3.13 Hoạt tính kháng nấm của dịch chiết từ chủng CAT-58.56.
A, Trường hợp Sacchromyces cerevisiae (A1, mặt sau; A2, mặt trước);
B, Trường hợp Candida albicans (B1, mặt sau; B2, mặt trước);
C, Trường hợp Penicillium sp. (C1, mặt sau; C2, mặt trước).
MC, dịch chiết từ khuẩn ty; CF, dịch chiết từ dịch lên men;
15, ký hiệu của chủng CAT-58.56 ở thời điểm nuôi cấy 14 ngày.
Trang 65
Dịch chiết xuất số hiệu 17MC tương ứng với pha đặc hệ sợi thu được khi nuôi
cấy chủng xạ khuẩn Streptosporangium CAT-1.20 trên môi trường lỏng L4 sau 14
ngày nuôi cấy chỉ có hoạt tính ức chế trên các chủng nấm men kiểm định
Saccharomyces cerevisiae và Candida albicans với đường kính vùng ức chế tương
ứng là 21mm và 17mm và dịch chiết xuất 17MC nói trên cũng có khả năng ức chế
một phần sự phát triển của chủng nấm mốc Penicilium sp..
A1 B1 C1
A2 B2 C2
Hình 3.14 Hoạt tính kháng nấm của dịch chiết từ chủng CAT-1.20.
A, Trường hợp Sacchromyces cerevisiae (A1, mặt sau; A2, mặt trước);
B, Trường hợp Candida albicans (B1, mặt sau; B2, mặt trước);
C, Trường hợp Penicillium sp. (C1, mặt sau; C2, mặt trước);
MC, dịch chiết từ khuẩn ty; CF, dịch chiết từ dịch lên men;
17, ký hiệu của chủng CAT-1.20 ở thời điểm nuôi cấy 14 ngày.
Trang 66
Dịch chiết xuất số hiệu 19MC tương ứng với pha đặc hệ sợi thu được khi nuôi
cấy chủng xạ khuẩn Streptosporangium CAT-1.21 ở thời điểm 14 ngày trên môi
trường lỏng L4 chỉ có hoạt tính ức chế trên các chủng nấm mốc kiểm định
Aspergillus oryzae và Penicillium sp. với đường kính vùng ức chế tương ứng là
18.5mm và 10mm.
A1 B1
A2 B2
Hình 3.15 Hoạt tính kháng nấm của dịch chiết từ chủng CAT-1.21.
A, Trường hợp Aspergillus oryzae (A1, mặt sau; A2, mặt trước);
B, Trường hợp Penicillium sp. (B1, mặt sau; B2, mặt trước);
MC, dịch chiết từ khuẩn ty; CF, dịch chiết từ dịch lên men;
19, ký hiệu của chủng CAT-1.21 ở thời điểm nuôi cấy 14 ngày.
Trang 67
Kết quả thử nghiệm hoạt tính sinh kháng sinh từ dịch chiết xuất của các chủng
xạ khuẩn Streptosporangium phân lập được tại Vườn quốc gia Cát Tiên cho thấy
trong cùng một điều kiện nuôi cấy về tốc độ lắc, nhiệt độ và cùng thể tích nuôi cấy
nhưng môi trường nuôi cấy L4 là thích hợp hơn so với môi trường ISP-2 cho mục
đích tổng hợp các hợp chất có hoạt tính kháng sinh. Kết quả thí nghiệm đã cho thấy
dịch chiết xuất thu được từ việc nuôi cấy 5 trong tổng số 8 chủng xạ khuẩn
Streptosporangium trên môi trường L4 cho các kết quả ức chế sự phát triển các vi
sinh vật kiểm định. Trong khi đó chỉ có 1 trong tổng số 8 chủng xạ khuẩn
Streptosporangium nói trên cho kết quả kiểm định dương tính trong việc ức chế sự
phát triển của vi sinh vật kiểm định khi chúng được nuôi cấy trên môi trường ISP-2.
Ngoài ra thời gian nuôi cấy 14 ngày là thích hợp hơn so với 7 ngày. Các kết quả thử
nghiệm khả năng sinh kháng sinh từ dịch chiết xuất của các chủng xạ khuẩn ở thời
điểm nuôi cấy 14 ngày cho nhiều kết quả dương tính hơn so với dịch chiết xuất xạ
khuẩn thu được ở thời điểm nuôi cấy 7 ngày. Điều này cũng có thể giải thích là do
xạ khuẩn Strepsporangium có tốc độ tăng trưởng yếu, và thời gian nuôi cấy thường
từ 2 tuần tới 1 tháng trên môi trường thạch.
Kết quả thí nghiệm cho thấy nhiều dịch chiết từ khuẩn ty (MC) có hoạt tính
kháng nấm hơn dịch chiết từ dịch lên men (CF) và đường kính vùng ức chế cũng
lớn hơn. Điều này cho thấy các hợp chất thứ cấp có hoạt tính kháng nấm này chủ
yếu được tích lũy bên trong tế bào và chỉ một lượng nhỏ được phóng thích ra môi
trường. Do đó chỉ khi ta tiến hành tách chiết dịch nuôi cấy xạ khuẩn thì mới thu
được kết quả kháng nấm dương tính. Kết quả này cũng phần nào giải thích kết quả
thử nghiệm âm tính khi ta sử dụng trực tiếp dịch nuôi cấy xạ khuẩn ở phần thí
nghiệm trước.
3.6. Thu nhận và tạo dòng gen 16S rRNA của các chủng Streptosporangium
phân lập
Gen 16S rDNA của các chủng xạ khuẩn được thu nhận bằng phản ứng PCR với
bản mẫu là bộ gen DNA, mồi xuôi 27f và mồi ngược 1492r. Sản phẩm thu được sau
phản ứng PCR được điện di kiểm tra trên gel agarose 1% cùng với thang DNA 1kb.
Trang 68
Kết quả cho thấy sản phẩm của phản ứng PCR khuyếch đại gen 16S rDNA thu
được có kích thước khoảng 1446kb tương ứng vạch có kích thước 1500kb trên
thang DNA (Hình 3.16). Như vậy ta đã thu nhận được gen 16S rDNA từ các chủng
xạ khuẩn.
Hình 3.16 Kết quả phản ứng PCR khuếch đại gen 16S rRNA
Giếng 1, thang DNA 1kb; 2, chứng âm; 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, sản phẩm phản
ứng PCR tương ứng với các chủng xạ khuẩn Streptosporangium CAT-1.20; CAT-
23.25; CAT-1.21; CAT-1.22; CAT-56.54; CAT-58.56; CAT-63.46; CAT-7.32, CAT-
23.26.
Trước khi dòng hóa, plasmid PGEM được xử lý mở vòng bằng enzyme EcoRV
và được loại bỏ nhóm phosphat bằng enzyme CIAP để nối với sản phẩm PCR chứa
gen 16S rRNA có chứa nhóm phosphat để tạo plasmid PGEM tái tổ hợp.
Tiếp theo sản phẩm nối được hóa biến nạp vào chủng E.coli DH5α. Các dòng tế
bào mang plasmid tái tổ hợp thu được sẽ được sàng lọc sơ bộ dựa vào khả năng
kháng Ampicillin trên môi trường LB-Agar có bổ sung X-gal. Những tế bào nào
mang plasmid tái tổ hợp sẽ sống sót và hình thành khuẩn lạc màu trắng. Các dòng
khuẩn lạc dự tuyển này sẽ được giữ lại để chuẩn bị cho các bước sàng lọc và kiểm
tra phía sau.
Trang 69
Thực hiện phản ứng cắt plasmid pGEM tái tổ hợp với enzyme EcoRV. Plasmid
pGEM có kích thước khoảng 3000kb và đoạn gen 16S rRNA chèn có kích thước
1446kb nên plasmid pGEM tái tổ hợp có kích thước dự kiến 4446kb. Điện di các
sản phẩm phản ứng cắt kiểm tra plasmid pGEM tái tổ hợp trên gel agarose 1% với
thang DNA 1kb và plasmid pGEM (Hình 3.17).
Hình 3.17 Kiểm tra plasmid pGEM tái tổ hợp bằng enzyme EcoV
M, thang DNA chuẩn 1kb; 1, pGEM; 2-10, pGEM tái tổ hợp chứa gen 16S
rRNA từ các chủng CAT-1.20; CAT-23.25; CAT-1.21; CAT-1.22; CAT-56.54; CAT-
58.56; CAT-63.46; CAT-7.32, CAT-23.26.
Kết quả điện di cho một vạch nằm giữa vạch 4000kb và 5000kb phù hợp với
kích thước lý thuyết của plasmid pGEM tái tổ hợp là 4500kb. Như vậy chúng tôi đã
tạo dòng thành công đoạn gen 16S rRNA của 9 chủng xạ khuẩn Streptosporangium
vào plasmid pGEM.
3.7. Giải trình tự gen 16S rRNA và định danh các chủng Streptosporangium
Plasmid pGEM tái tổ hợp sau khi qua quá trình kiểm tra được giải trình tự với
cặp mồi T7 và SP6 theo phương pháp Sanger cải tiến trên máy Big DyeTM
terminator của công ty Marcogen, Hàn Quốc. Đoạn trình tự DNA của 16S rRNA
của các chủng xạ khuẩn được xếp gióng cột bằng chương trình Clustal X (version
1.64b; Thompson và cộng sự, 1997) với các trình tự tương ứng đại diện cho chủng
Streptosporangium từ ngân hàng gen GenBank để định danh các chủng phân lập.
Trang 70
3.7.1. Trường hợp chủng CAT-1.20
Trình tự gen mã hóa 16S rRNA của chủng CAT-1.20.
GCAGTCGAGCGAAAAGGCCTTCGGGGTACTCGAGCGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAG
TAACCTGCCCCTGACTCTGGGATAAGCCCGGGAAACTGGGTCTAATACCGGATACGACACGCTTC
CGCATGGGATGCGTGTGGAAAGTTTTTTCGGTCGGGGATGGACTCGCGGCCTATCAGCTTGTTGG
TGGGGTAACGGCCTACCAAGGCGACAACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGACCGGCCACACTG
GGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGCGG
AAGCCTGACGCACCGACCCCACGTGGGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTCAGCAG
GGACAAAGTTGACGTGTACCTGCAGAAAAAGCGCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAA
TACGTAGGGCGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGTGGCTTGTCCCGT
CGGATGTGAAAGCTTGGGGCTTAACTCCAGGTCTGCATTCAATACGGGCTGGCTAGAGGTAGGCA
GGGGAGAACGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGGTGGCG
AAGGCGGTTCTCTGGGCCTTACCTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTA
GATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGTTGGGCGCTAGGTGTGGGGGCCTTCCACGGTTTCCGC
GCCGTAGCTAACGCATTAAGCGCCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGA
ATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTTGCTTAATTCGACGCAACGCGAAGAACCTT
ACCAAGGCTTGACATCGCCCGGAAAGCTCTGGAGACAGAGCCCTCTTCGGACCGGGTGACAGG
TGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAAC
CCTTGCTCCATGTTGCCAGCACGCCCTTCGGGGTGGTGGGGACTCATGGGGGACTGCCGGGGTC
AACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGTCTTGGGCTGCAAACATG
CTACAATGGCCGGTACAGAGGGTTGCGATACCGTAAGGTGGAGCGAATCCCTAAAAGCCGGTCT
CAGTTCGGATTGGGGTCTGCAACTCGACCCCATGAAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAGATCAGC
AACGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACGTCACGAAAGTCGGCA
ACACCCGAAGCCCGTTGCCCAACCGGGGGAGCGTCGAGGGCGCC.
Kết quả sắp gióng cột trình tự của chủng CAT-1.20 với trình tự của các chủng
đại diện của Streptosporangium được trình bày trên Hình 3.19.
Trình tự gen 16S rRNA của chủng CAT-1.20 đã được xác định. Trình tự này
được xếp gióng cột với các trình tự đại diện tương ứng của các chủng xạ khuẩn
trong họ Streptosporangiaceae. Kết quả cho thấy chủng CAT-1.20 nằm chung
cluster của các loài Streptosporangium (Hình 3.18). Đặc biệt CAT-1.20 có độ tương
đồng cao nhất với S. nondiastaticum nên có thể thuộc loài này.
Trang 71
Hình 3.18 Cây phát sinh loài neighbour-joining của CAT-1.20 với các chủng
thuộc họ Streptosporangiaceae.
Trang 72
3.7.2. Trường hợp chủng CAT-1.21
Trình tự gen mã hóa 16S rRNA của chủng CAT-1.21.
CTTACACATGCAGTCGAGCGGAAAGGCCCTTCGGGGTACTCGAGCGGCGAACGGGTGAGT
AACACGTGAGTAACCTGCCCCTGACTCTGGGATAAGCCCGGGAAACTGGGTCTAATACCGGATAC
GACACGCTTCCGCATGGGATGCGTGTGGAAAGTCTTTTCGGTTGGGGATGGACTCGCGGCCTATC
AGCTTGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGGCGACGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGACC
GGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCG
CAATGGGCGGAAGCCTGACGCAGCGACGCCGCGTGGGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCT
CTTTCAGCAGGGACGAAGTTGACGTGTACCTGCAGAAGAAGCGCCGGCTAACTACGTGCCAGCA
GCCGCGGTAATACGTAGGGCGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGTGG
CTTGTCGCGTCGGATGTGAAAGCTTGGGGCTTAACTCCAGGTCTGCATTCGATACGGGCTGGCTA
GAGGTAGGCAGGGGAGAACGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAAC
ACCGGTGGCGAAGGCGGTTCTCTGGGCCTTACCTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCG
AACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGTTGGGCGCTAGGTGTGGGGGCCTTCCA
CGGTTTCCGCGCCGTAGCTAACGCATTAAGCGCCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAA
ACTGAAAGGAATGGAGGGGGGCCGGCACAAGCGGAGGATCATGTTGCTTAATTAGAAGCAACGC
GAAAACCCTTACCAAGCATTGACTTCGCCCGGAAAGTTCGGGAGACGGATCCCTTTTGGGACTG
GGTGACAGTTGGTCCATGGTTGTTGTCAGCTTGTGTGTTAAGATGTTGGGTTAAGTCCGGCAATT
GAGAGCAACCCTTCCTTCATGTTCCCAGCAGGCCTTTTGGGTTGGGGGGGACTCATGGGGGACT
GCTGGGGTCAACTTGGAGGAAGGAGGGGATGAGGTCAAGTCTACATGCCCGTTAGGTCTGGGGC
CGCAAACATCCGACAATGCCTGGTACAGAGGGTAGCGATGCCCACAGGCGGAGACAATCCTTAA
AAGCGGGTCTCAGTTCGGATGGGGGTATGCAACTCGACCCCATGAAGTGGCAGTGCCTAGTATTC
GCAAATCAGCACAGTTCCGGGGAATACGTTCCCGGGCCTGGTCCACTCCGCCCGTCATGTCACGA
AAGTCGCCAACACCCGAAGCCCGGTGGCCCATCCCTTGGGGGGACCGTTAATGTGGGCGCACTT
CCG
Kết quả sắp gióng cột trình tự của chủng CAT-1.21 với trình tự của các chủng
đại diện của Streptosporangium được trình bày trên Hình 3.19.
Trình tự gen 16S rRNA của chủng CAT-1.21 đã được xác định. Trình tự này
được xếp gióng cột với các trình tự đại diện tương ứng của các chủng xạ khuẩn
trong họ Streptosporangiaceae. Kết quả cho thấy chủng CAT-1.21 nằm chung
cluster của các loài Streptosporangium (Hình 3.19). CAT-1.21 có độ tương đồng
cao với S. nondiastaticum, S. pseudovulgare, S. viridalbum nên có thể kết luận
chủng CAT-1.21 là Streptosporangium và có thể là một trong ba loài trên. Cần khảo
Trang 73
sát thêm để có thể kết luận chính xác về tên loài của chủng Streptosporangium
CAT-1.21.
Hình 3.19 Cây phát sinh loài neighbour-joining của CAT-1.21 với các chủng
thuộc họ Streptosporangiaceae.
Trang 74
3.7.3. Trường hợp chủng CAT-1.22
Trình tự gen mã hóa 16S rRNA của chủng CAT-1.22.
GCTTACACATGCAGTCGAGCGGAAGGCCCTTCGGGGTACTCGAGCGGCGAACGGGTGAGT
AACACGTGAGTAACCTGCCCCTGACTCTGGGATAAGCCCGGGAAACTGGGTCTAATACCGGATAC
GACACGCTTCCGCATGGGATGCGTGTGGAAAGTCTTTTCGGTTGGGGATGGACTCGCGGCCTATC
AGCTTGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGGCGACGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGACC
GGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCG
CAATGGGCGGAAGCCTGACGCAGCGACGCCGCGTGGGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCT
CTTTCAGCAGGGACGAAGTTGACGTGTACCTGCAGAAGAAGCGCCGGCTAACTACGTGCCAGCA
GCCGCGGTAATACGTAGGGCGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGTGG
CTTGTCGCGTCGGATGTGAAAGCTTGGGGCTTAACTCCAGGTCTGCATTCGATACGGGCTGGCTA
GAGGTAGGCAGGGGAGAACGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAAC
ACCGGTGGCGAAGGCGGTTCTCTGGGCCTTACCTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCG
AACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGTTGGGCGCTAGGTGTGGGGGCCTTCCC
CGGTTTCCGCGCCGTAGCTAACGCATTTAGCGCCCCCCCTGGGGAGTACGGCCCCAAGGCTAAAA
CTCAAAGGAATTGAGGGGGGCCGGCACAAGCGGAGGAGCATGTTGCTTAATTGGAAGCAACGG
GAAGACCCTTACCAAGCATTGACTTCGCCCGGAAAGTTCGGGAGACGGATCCCTTTTGGGACTG
GGTGACAGTTGGTCCATGGTTGTCTTCAGCTTGGTCGTTAAGATGTTGGGTTAAGTCCGGCAACG
AGCGCAACCTTGCTCCATGTTGCCAGCGGGCCCTTTGGGTCGGGGGGGACTCATGGGGGCATTC
CGGGGTCAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGAGGTCAAGTCTTCATGCCCCTTAGGTCTTGGGCTG
CAAACATCCTACAATGGCCGGTACAGAGGGTAGGGATACCCCAAGGTGGACAGAATCCCTAAAA
GCGGGTCTCAGTTCGGATTGGGGTTTGCACCTCGACCCCATGAAGTGGGAGTGGCTAGTAATCGC
AGATCAGCAACGTTTCGGGGAATACGTTCCGGGCCTTGTCCACACCGCCCGTCACGTCACGAAA
GTCGGCAACACCCGAAGCCGGTGGCCCATCCCTTTGGGGGGAGCGTCTAAGCTGCGCGCGTGGC
CC
Kết quả sắp gióng cột trình tự của chủng CAT-1.22 với trình tự của các chủng
đại diện của Streptosporangium được trình bày trên Hình 3.20.
Trình tự gen 16S rRNA của chủng CAT-1.22 đã được xác định. Trình tự này
được xếp gióng cột với các trình tự đại diện tương ứng của các chủng xạ khuẩn
trong họ Streptosporangiaceae. Kết quả cho thấy chủng CAT-1.22 nằm chung
cluster của các loài Streptosporangium (Hình 3.20). CAT-1.22 có độ tương đồng
cao với S. nondiastaticum, S. pseudovulgare, S. viridalbum nên có thể kết luận
chủng CAT-1.22 là Streptosporangium và có thể là một trong ba loài trên. Cần khảo
Trang 75
sát thêm để có thể kết luận chính xác về tên loài của chủng Streptosporangium
CAT-1.22.
Hình 3.20 Cây phát sinh loài neighbour-joining của CAT-1.22 với các chủng
thuộc họ Streptosporangiaceae.
Trang 76
3.7.4. Trường hợp chủng CAT-7.32
Trình tự gen mã hóa 16S rRNA của chủng CAT-7.32.
GTGAGCGGAGAGGCCATTCGGGGTACTCGAGCGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGTAA
CCTGCCCCTGACTCTGGGATAAGCCCGGGAAACTGGGTCTAATACCGGATACGACACGCTCCTGC
ATGGGATGCGTGTGGAAAGTTTTTTCGGTCGGGGATGGACTCGCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGG
GGTAACGGCCTACCAAGGCGACGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGACCGGCCACACTGGGA
CTGATACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGCGGAAGC
CTGACGCAGCGACTCCGCGTGGGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTCAGCAGGGAC
GAAGTTGACGTGTACCTGCAGAAGAAGCGCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACC
TAAGGCCGCAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTACGTGGCTTGTCGCGTCAGA
TGTGAAAGCTTGGGGCTTAACTCCACGTCTGCATTCAATACGGGCTGGCTACCAGTCAGCATGGG
GAACCGAATTCCTGGTGTACCGGTGAAATGCGCCCATATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGC
GGTTCTCTGGGCCTTACCTGACGCTCAGGAACGAAAGCGTGGGGGGCCAACATGATTAAATACC
CTGGTAGTCCACCCCGTAAACGTTGGGCGCTAGGTGCGGGGTCTTTACACGGTTTCGTCGCCGTA
GTTAACGCATTAAGGGCCCCGCGTGGGGAGTCTGGCCGCAAGTTAAAAACTCAAAGGAATTGAG
GGGGGCCCGCACAAGCGGCGGACCATGTTGCTTAATTGGCAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAG
GCTAGACATCGCCCGGAAACACCCAGAGATGGTTGCCTCTTCGGACCGGGTGACAGGTGGTGCA
TGGCTGTTGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGCTC
CATGTTGCCAGCAGCATTTTCGGATGGCGGGGGACTCATGGGGGACTGCCGGGGTCAACTCGGA
GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCATTATGTCTGGGGCCGCAAACAGGCTACAATG
GCCGGTACAGAGGGTTGCGATACCGTGAGGTGGAGCGAATCCATAAAACCCGGTTTCATTTCGGA
TTGGGGTATGCAACTCGACCCCATGAAGTCGGAGTCGTTAGTAATCGCAGATCAGCAACGCTGCG
GTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAGGTCATGAAAGTCGGCAACACCCGAA
GCCCGGTCGCCAACCCGTTG
Kết quả sắp gióng cột trình tự của chủng CAT-7.32 với trình tự của các chủng
đại diện của Streptosporangium được trình bày trên Hình 3.21.
Trình tự gen 16S rRNA của chủng CAT-7.32 đã được xác định. Trình tự này
được xếp gióng cột với các trình tự đại diện tương ứng của các chủng xạ khuẩn
trong họ Streptosporangiaceae. Kết quả cho thấy chủng CAT-7.32 nằm chung
cluster của các loài Streptosporangium (Hình 3.21). CAT-7.32 có độ tương đồng
cao với S. nondiastaticum, S. pseudovulgare, S. viridalbum nên có thể kết luận
chủng CAT-7.32 là Streptosporangium và có thể là một trong ba loài trên. Cần khảo
sát thêm để có thể kết luận chính xác về tên loài của chủng Streptosporangium
CAT-7.32.
Trang 77
Hình 3.21 Cây phát sinh loài neighbour-joining của CAT-7.32 với các chủng
thuộc họ Streptosporangiaceae.
Trang 78
3.7.5. Trường hợp chủng CAT-23.25
Trình tự gen mã hóa 16S rRNA của chủng CAT-23.25.
GCTTACCATGCAAGTCGAGCGGAAAGGCCCTTCGGGGTACTCGAGCGGCGAACGGGTGAG
TAACACGTGAGTAACCTGCCCCTGACTCTGGGATAAGCCCGGGAAACTGGGTCTAATACCGGATA
CGACACGCTCCCGCATGGGATGCGTGTGGAAAGTTTTTTCGGTCGGGGATGGACTCGCGGCCTAT
CAGCTTGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGGCGACGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGAC
CGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGC
GCAATGGGCGGAAGCCTGACGCAGCGACGCCGCGTGGGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAAC
CTCTTTCAGCAGGGACGAAGTTGACGTGTACCTGCAGAAGAAGCGCCGGCTAACTACGTGCCAG
CAGCCGCGGTAATACGTAGGGCGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGT
GGCTTGTCGCGTCGGATGTGAAAGCTTGGGGCTTAACTCCAGGTCTGCATTCGATACGGGCTGGC
TAGAGGTAGGCAGGGGAGAACGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGA
ACACCGGTGGCGAAGGCGGTTCTCTGGGCCTTACCTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAG
CGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGTTGGGCGCTAGGTGTGGGGGCCTTC
CACGGTTTCCGCGCCGTAGCTAACGCATTAAGCGCCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTA
AAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTTGCTTAATTCGACGCAAC
GCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATCGCCCGGAAAGCTCTGGAGACAGAGCCCTCTTCGGAC
CGGGTGACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCA
ACGAGCGCAACCCTTGCTCCATGTTGCCAGCAGCATCTTCGGATGGCTGGGGACTCATGGGGGA
CTGCCGGGGTCAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGTCTTGGG
CTGCAAACATGCTACAATGGCCGGTACAGAGGGTTGCGATACCGTGAGGTGGAGCGAATCCCTA
AAAGCCGGTCTCAGTTCGGATTGGGGTCTGCAACTCGACCCCATGAAGTCGGAGTCGCTAGTAAT
CGCAGATCAGCAACGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACGTCAC
GAAAGTCGGCAACACCCGAAGCCCGTGGCCCAACCCTTTGGGGGGAGCGGTCGAAGGGGCTGC
ATGCC
Kết quả sắp gióng cột trình tự của chủng CAT-23.25 với trình tự của các chủng
đại diện của Streptosporangium được trình bày trên Hình 3.22.
Trình tự gen 16S rRNA của chủng CAT-23.25 đã được xác định. Trình tự này
được xếp gióng cột với các trình tự đại diện tương ứng của các chủng xạ khuẩn
trong họ Streptosporangiaceae. Kết quả cho thấy chủng CAT-23.25 nằm chung
cluster của các loài Streptosporangium (Hình 3.22). CAT-23.25 có độ tương đồng
cao với S. nondiastaticum, S. pseudovulgare, S. viridalbum nên có thể kết luận
chủng CAT-23.25 là Streptosporangium và có thể là một trong ba loài trên. Cần
Trang 79
khảo sát thêm để có thể kết luận chính xác về tên loài của chủng Streptosporangium
CAT-23.25.
Hình 3.22 Cây phát sinh loài neighbour-joining của CAT-23.25 với các chủng
thuộc họ Streptosporangiaceae.
Trang 80
3.7.6. Trường hợp chủng CAT-23.26
Trình tự gen mã hóa 16S rRNA của chủng CAT-23.26.
CGCTGGCGGCGTGCTTAACACATCGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGAA
AGGCCCTTCGGGGTACTCGAGCGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGTAACCTGCCCCTGACTC
TGGGATAAGCCCGGGAAACTGGGTCTAATACCGGATACGACACGCTCCTGCATGGGATGCGTGTG
GAAAGTTTTTTCGGTCGGGGATGGACTCGCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGGGGTAACGGCCTACC
AAGGCGACGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCC
AGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGCGGAAGCCTGACGCAGCGAC
GCCGCGTGGGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTCAGCAGGGACGAAGTTGACGTGT
ACCTGCAGAAGAAGCGCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGCGCAAGCG
TTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGTGGCTTGTCGCGTCGGATGTGAAAGCTTGG
GGCTTAACTCCAGGTCTGCATTCGATACGGGCTGGCTAGAGGTAGGCAGGGGAGAACGGAATTC
CTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGTTCTCTGGG
CCTTACCTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCA
CGCCGTAAACGTTGGGCGCTAGGTGTGGGGGCCTTCCACGGTTTCCGCGCCGTAGCTAACGCATT
AAGCGCCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC
ACAAGCGGCGGAGCATGTTGCTTAATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATC
GCCCGGAAACACCCAGAGATGGGTGCCTCTTCGGACCGGGTGACAGGTGGTGCATGGCTGTCGT
CAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGCTCCATGTTGCCA
GCAGCATCTTCGGATGGCTGGGGACTCATGGGGGACTGCCGGGGTCAACTCGGAGGAAGGTGG
GGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGTCTTGGGCTGCAAACATGCTACAATGGCCGGTACA
GAGGGTTGCGATACCGTGAGGTGGAGCGAATCCCTAAAAGCCGGTCTCAGTTCGGATTGGGGTC
TGCAACTCGACCCCATGAAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAGATCAGCAACGCTGCGGTGAATAC
GTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACGTCACGAAAGTCGGCAACACCCGAAGCCCGTGG
CCCAACCCGTTTGGGGGGGAGCGGTCGAAGGTGGGGCTGGCGATTGGGACGAAGTCGTAA
Kết quả sắp gióng cột trình tự của chủng CAT-23.26 với trình tự của các chủng
đại diện của Streptosporangium được trình bày trên Hình 3.23.
Trình tự gen 16S rRNA của chủng CAT-23.26 đã được xác định. Trình tự này
được xếp gióng cột với các trình tự đại diện tương ứng của các chủng xạ khuẩn
trong họ Streptosporangiaceae. Kết quả cho thấy chủng CAT-23.26 nằm chung
cluster của các loài Streptosporangium (Hình 3.23). CAT-23.26 có độ tương đồng
cao với S. nondiastaticum, S. pseudovulgare, S. viridalbum nên có thể kết luận
chủng CAT-23.26 là Streptosporangium và có thể là một trong ba loài trên. Cần
Trang 81
khảo sát thêm để có thể kết luận chính xác về tên loài của chủng Streptosporangium
CAT-23.26.
Hình 3.23 Cây phát sinh loài neighbour-joining của CAT-23.26 với các chủng
thuộc họ Streptosporangiaceae.
Trang 82
3.7.7. Trường hợp chủng CAT-56.54
Trình tự gen mã hóa 16S rRNA của chủng CAT-56.54.
CGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAAGGCCCTTCGGGGTACTCGAGC
GGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGTAACCTGCCCCTGACTCTGGGATAAGCCCGGGAAACTGG
GTCTAATACCGGATACGACACGCTCCCGCATGGGATGCGTGTGGAAAGTTTTTTCGGTCGGGGAT
GGACTCGCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGGCGACGACGGGTAGCCGG
CCTGAGAGGGCGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCA
GTGGGGAATATTGCGCAATGGGCGGAAGCCTGACGCAGCGACGCCGCGTGGGGGATGACGGCCT
TCGGGTTGTAAACCTCTTTCAGCAGGGACGAAGTTGACGTGTACCTGCAGAAGAAGCGCCGGCT
AACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGCGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAA
AGAGCTCGTAGGTGGCTTGTCGCGTCGGATGTGAAAGCTTGGGGCTTAACTCCAGGTCTGCATTC
GATACGGGCTGGCTAGAGGTAGGCAGGGGAGAACGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCA
GATATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGTTCTCTGGGCCTTACCTGACGCTGAGGAGCGA
AAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGTTGGGCGCTAGG
TGTGGGGGCCTTCCACGGTTTCCGCGCCGTAGCTAACGCATTAAGCGCCCCGCCTGGGGAGTACG
GCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTTGCTT
AATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATCGCCCGGAAAGCTCTGGAGACAGA
GCCCTCTTCGGACCGGGTGACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGG
GTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGCTCCATGTTGCCAGCAGCATCTTCGGATGGCTGGGG
ACTCATGGGGGACTGCCGGGGTCAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCC
CTTATGTCTTGGGCTGCAAACATGCTACAATGGCCGGTACAGAGGGTTGCGATACCGTGAGGTGG
AGCGAATCCCTAAAAGCCGGTCTCAGTTCGGATTGGGGTCTGCAACTCGACCCCATGAAGTCGG
AGTCGCTAGTAATCGCAGATCAGCAACGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGC
CCGTCACGTCACGAAAGTCGGCAACACCCGAAGCCCGTGGCCCAACCCTTTTTGGGGGGAGCG
GTCGAAGGTGGGGCTGGCGATTGGGACGAAGTCGTAA
Kết quả sắp gióng cột trình tự của chủng CAT-56.54 với trình tự của các chủng
đại diện của Streptosporangium được trình bày trên Hình 3.24.
Trình tự gen 16S rRNA của chủng CAT-56.54 đã được xác định. Trình tự này
được xếp gióng cột với các trình tự đại diện tương ứng của các chủng xạ khuẩn
trong họ Streptosporangiaceae. Kết quả cho thấy chủng CAT-56.54 nằm chung
cluster của các loài Streptosporangium (Hình 3.24). CAT-56.54 có độ tương đồng
cao với S. nondiastaticum, S. pseudovulgare, S. viridalbum nên có thể kết luận
chủng CAT-56.54 là Streptosporangium và có thể là một trong ba loài trên. Cần
Trang 83
khảo sát thêm để có thể kết luận chính xác về tên loài của chủng Streptosporangium
CAT-56.54.
Hình 3.24 Cây phát sinh loài neighbour-joining của CAT-56.54 với các chủng
thuộc họ Streptosporangiaceae.
Trang 84
3.7.8. Trường hợp chủng CAT-58.56
Trình tự gen mã hóa 16S rRNA của chủng CAT-58.56.
CGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAAGGCCCTTCGGGGTACTCGAGC
GGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGTAACCTGCCCCTGACTCTGGGATAAGCCCGGGAAACTGG
GTCTAATACCGGATACGACACGCTCCTGCATGGGATGCGTGTGGAAAGTTTTTTCGGTCGGGGAT
GGACTCGCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGGCGACGACGGGTAGCCGG
CCTGAGAGGGCGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCA
GTGGGGAATATTGCGCAATGGGCGGAAGCCTGACGCAGCGACGCCGCGTGGGGGATGACGGCCT
TCGGGTTGTAAACCTCTTTCAGCAGGGACGAAGTTGACGTGTACCTGCAGAAGAAGCGCCGGCT
AACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGCGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAA
AGAGCTCGTAGGTGGCTTGTCGCGTCGGATGTGAAAGCTTGGGGCTTAACTCCAGGTCTGCATTC
GATACGGGCTGGCTAGAGGTAGGCAGGGGAGAACGGAATCCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCA
GATATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGTTCTCTGGGCCTTACCTGACGCTGAGGAGCGA
AAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGTTGGGCGCTAGG
TGTGGGGGCCTTCCACGGTTTCCGCGCCGTAGCTAACGCATTAAGCGCCCCGCCTGGGGAGTACG
GCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTTGCTT
AATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATCGCCCGGAAAGCTCTGGAGACAGA
GCCCTCTTCGGACCGGGTGACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGG
GTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGCTCCATGTTGCCAGCAGCATCTTCGGATGGCTGGGG
ACTCATGGGGGACTGCCGGGGTCAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCC
CTTATGTCTTGGGCTGCAAACATGCTACAATGGCCGGTACAGAGGGTTGCGATACCGTGAGGTGG
AGCGAATCCCTAAAAGCCGGTCTCAGTTCGGATTGGGGTCTGCAACTCGACCCCATGAAGTCGG
AGTCGCTAGTAATCGCAGATCAGCAACGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGC
CCGTCACGTCACGAAAGTCGGCAACACCCGAAGCCCGTGGCCCAACCCGTTTGGGGGGGAGCG
GTCGAAGGTGGGGCTGGCGATTGGGACGAAGTCGTAA
Kết quả sắp gióng cột trình tự của chủng CAT-58.56 với trình tự của các chủng
đại diện của Streptosporangium được trình bày trên Hình 3.25.
Trình tự gen 16S rRNA của chủng CAT-58.56 đã được xác định. Trình tự này
được xếp gióng cột với các trình tự đại diện tương ứng của các chủng xạ khuẩn
trong họ Streptosporangiaceae. Kết quả cho thấy chủng CAT-58.56 nằm chung
cluster của các loài Streptosporangium (Hình 3.25). CAT-58.56 có độ tương đồng
cao với S. nondiastaticum, S. pseudovulgare, S. viridalbum nên có thể kết luận
chủng CAT-58.56 là Streptosporangium và có thể là một trong ba loài trên. Cần
Trang 85
khảo sát thêm để có thể kết luận chính xác về tên loài của chủng Streptosporangium
CAT-58.56.
Hình 3.25 Cây phát sinh loài neighbour-joining của CAT-58.56 với các chủng
thuộc họ Streptosporangiaceae.
Trang 86
3.7.9. Trường hợp chủng CAT-63.46
Trình tự gen mã hóa 16S rRNA của chủng CAT-63.46.
CGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAAGGCCCTTCGGGGTACTCGAGC
GGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGTAACCTGCCCCTGACTCTGGGATAAGCCCGGGAAACTGG
GTCTAATACCGGATACGACACGCTCCTGCATGGGATGCGTGTGGAAAGTTTTTTCGGTCGGGGAT
GGACTCGCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGGCGACGACGGGTAGCCGG
CCTGAGAGGGCGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCA
GTGGGGAATATTGCGCAATGGGCGGAAGCCTGACGCAGCGACGCCGCGTGGGGGATGACGGCCT
TCGGGTTGTAAACCTCTTTCAGCAGGGACGAAGTTGACGTGTACCTGCAGAAGAAGCGCCGGCT
AACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGCGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAA
AGAGCTCGTAGGTGGCTTGTCGCGTCGGATGTGAAAGCTTGGGGCTTAACTCCAGGTCTGCATTC
GATACGGGCTGGCTAGAGGTAGGCAGGGGAGAACGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCA
GATATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGTTCTCTGGGCCTTACCTGACGCTGAAGAGCGA
AAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGTTGGGCGCTAGG
TGTGGGGGCCTTCCACGGTTTCCGCGCCGTAGCTAACGCATTAAGCGCCCCGCCTGGGGAGTACG
GCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTTGCTT
AATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATCGCCCGGAAAGCTCTGGAGACAGA
GCCCTCTTCGGACCGGGTGACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGG
GTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGCTCCATGTTGCCAGCAGCATCTTCGGATGGCTGGGG
ACTCATGGGGGACTGCCGGGGTCAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCC
CTTATGTCTTGGGCTGCAAACATGCTACAATGGCCGGTACAGAGGGTTGCGATACCGTGAGGTGG
AGCGAATCCCTAAAAGCCGGTCTCAGTTCGGATTGGGGTCTGCAACTCGACCCCATGAAGTCGG
AGTCGCTAGTAATCGCAGATCAGCAACGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGC
CCGTCACGTCACGAAAGTCGGCAACACCCGAAGCCCGTGGCCCAACCCGTTTGGGGGGGAGCG
GTCGAAGGTGGGGCTGGCGATTGGGACGAAGTCGTAA
Kết quả sắp gióng cột trình tự của chủng CAT-63.46 với trình tự của các chủng
đại diện của Streptosporangium được trình bày trên Hình 3.26.
Trình tự gen 16S rRNA của chủng CAT-63.46 đã được xác định. Trình tự này
được xếp gióng cột với các trình tự đại diện tương ứng của các chủng xạ khuẩn
trong họ Streptosporangiaceae. Kết quả cho thấy chủng CAT-63.46 nằm chung
cluster của các loài Streptosporangium (Hình 3.26). CAT-63.46 có độ tương đồng
cao với S. nondiastaticum, S. pseudovulgare, S. viridalbum nên có thể kết luận
chủng CAT-63.46 là Streptosporangium và có thể là một trong ba loài trên. Cần
Trang 87
khảo sát thêm để có thể kết luận chính xác về tên loài của chủng Streptosporangium
CAT-63.46.
Hình 3.26 Cây phát sinh loài neighbour-joining của CAT-63.46 với các chủng
thuộc họ Streptosporangiaceae.
Trang 88
Tóm lại, từ trình tự 16S rRNA, chúng tôi đã có cơ sở kết luận chủng CAT-1.20
thuộc loài Streptosporangium nondiastaticum. Các chủng CAT-1.21, CAT-1.22,
CAT-7.32, CAT-23.25, CAT-23.26, CAT-56.54, CAT-58.56 và CAT-63.46 cũng là
Streptosporangium nhưng chưa xác định được thuộc loài nào trong 3 loài S.
nondiastaticum, S. pseudovulgare, S. viridalbum. Các kết quả giải trình tự 16S
rRNA đã khẳng định kết quả được phân lập và chọn làm Streptosporangium dự
tuyển dựa vào đặc điểm hình thái.