Tài liệu Hướng dẫn sử dụng phần mềm Xcalibur cho sắc ký khối phổ GCMSMS ISQ-7000

Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 1 HƯỚNG DẪN SỬ DỤNG PHẦN MỀM XCALIBUR CHO SẮC KÝ KHỐI PHỔ GCMSMS ISQ-7000 Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 2 1. Giao diện phần mềm: - Vào đường dẫn Start / All Program / Thermo Xcalibur / Xcalibur. - Hoặc nhấn vào biểu tượng của phần mềm . - Giao diện của màn hình gồm các phần sau: - Thanh công cụ File ở hàng đầu tiên. - Thanh công cụ nhanh: + Roadmap view: hiển thị các phần tạo phương pháp, xử lý kết quả. + Sequence view: hiển thị sequence. + Real time plot view: hiển thị thông tin sắc ký đồ của mẫu đang chạy. + Information view: hiển thị thanh thông tin ở bên trái màn hình. + Instrument setup: vào phần tạo phương pháp chạy mẫu. + Processing setup: vào phần xử lý kết quả. + Các lệnh chạy, dừng hoặc tạm dừng chạy mẫu hay Sequence. + vào phần hỗ trợ của phần mềm. Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 3 - Thanh thông tin về hệ thống: + Status: hiển thị thông tin về hệ thống, tình trạng kết nối và thông số của các thiết bị + Acquisition: hiển thị thông tin về tiến về mẫu hay sequence đang được chạy. - Thiết lập các thông số của hệ thống: tạo phương pháp, tạo sequence và xử lý các kết quả chạy mẫu: định tính, định lượng và thư viện phổ. Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 4 2. Tạo phương pháp chạy mẫu – Instrument Setup: 2.1 Giao diện - Trên giao diện chính của phần mềm Xcalibur chọn vào biểu tượng Instrument Setup hay nhấn vào biểu tượng tạo phương pháp phân tích trên thanh công cụ . - Cửa sổ Xcalibur Instrument Setup hiển thị, tùy thuộc vào cấu hình của hệ thống mà cửa sổ có thể khác nhau. Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 5 2.2 Tạo phương pháp cho Autosampler AIAS 1310 - Nhấn vào biểu tượng của autosampler ở bên trái cửa sổ, các thông số hiển thị ở cửa sổ bên phải. - Sampling: + Sampling Volumn (µL): thể tích tiêm mẫu (giới hạn từ 1 – 5 µL). + Pluger strokes: số lần nhịp kim để loại bọt khí, thường để là 5 (giới hạn từ 1 – 15 lần). + Vicous sampler: mẫu trong suốt (chọn Yes/No). + Sampling depth in vial: vị trí kim trong vial, thường chọn là Bottom (Bottom – Center). - Injection: + Injection depth: độ sâu khi tiêm kim vào inlet, thường chọn standard (standard – minimum). + Pre-inj dwell time (s): thời gian giữ kim trước khi tiêm. - Tiêm kim lạnh (cold needle) thì đặt giá trị 0. - Tiêm kim nóng (hot needle) thì đặt giá trị khác 0, thường đặt là 2s (giới hạn 0-63s) + Post-inj dwell time (s): thời gian giữ kim sau khi tiêm trước khi rút kim ra ngoài. - Tiêm kim lạnh (cold needle) thì đặt giá trị 0. - Tiêm kim nóng (hot needle) thì đặt giá trị khác 0, thường đặt là 2s (giới hạn 0-63s) + Pre-injection: rửa kim trước khi tiêm. - Solvent: đặt dung môi rửa A-B-C-D, A+B, C+D. - Cycles: số lần rửa kim, thường đặt 3 (giới hạn từ 1 – 15 lần). + Sample: số lần rửa ki bằng mẫu, thường đặt là 3 (giới hạn từ 1 – 15 lần). + Post-injection: rửa kim sau khi tiêm. - Solvent: đặt dung môi rửa A-B-C-D, A+B, C+D. - Cycles: số lần rửa kim, thường đặt 3 (giới hạn từ 1 – 15 lần). Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 6 2.2 Tạo phương pháp cho Autosampler TriPlus HS500 - Nhấn vào biểu tượng của autosampler ở bên trái cửa sổ, các thông số hiển thị ở cửa sổ bên phải. - UIGroup: + Vial volumn: chọn thể tích của vial + Vial Incubartion Temp: Tick và nhập nhiệt của lò ủ (oC) + Vial Incubartion Time: Nhập thời gian ủ (min). + Vial Shaking: Chọn chế độ lắc (không lắc, chậm, vừa hoặc nhanh) - Loop Filling: + Loop/Sample Path Temp: Tick và nhập nhiệt độ của loop (oC), thường bằng nhiệt độ lò ủ hoặc cao hơn một ít. + Loop Pressure: Nhập áp suất nén vào Loop khi tiêm mẫu (kPa). + Loop Equilibration Time: Nhập thời gian cân bằng của Loop khi đạt áp suất và nhiệt độ (min). - Venting and Purge: + Disable vial venting: Tick chọn để không cho phép xả vent vial sau khi tiêm mẫu. + Needle Purge Flow Level: Chọn cấp độ Purge các đường khí trong máy, thường chọn 2 + Needle Purge Time: Nhập thời gian Purge (min) + Stand-by Purge: Nếu bạn muốn hệ thống tiếp tục Purge sau khi máy Standby thì Tick vào ô này, hệ thống sẽ tốn khí nếu thực hiện nhưng máy sẽ sạch hơn. - Injection: + Injection Mode: Chọn chế độ tiêm, thường chọn Standard. Nếu muốn tiêm 1 vial nhiều lần có thể chọn Enrichment. + Injection time: Chọn thời gian đẩy mẫu từ HS500 sang GC (min) + Number of enrichments: Áp dụng với chế độ Enrichment (làm giàu lại), chọn số lần làm giàu mẫu lại (ví dụ tiêm lần 2 thì nhập 1). + Vial enrichment time: Áp dụng với chế độ Enrichment (làm giàu lại), nhập thời gian làm giàu mẫu lại. - Pressurization: + Vial Pressurization Mode: Chọn chế độ nén áp suất (theo áp suất, thời gian và tốc độ nén) + Vial Pressure: Nhập áp suất nén vào (kPa) + Vial Pressure Equilibration Time: Thời gian cân bằng áp suất. + Vial Pressurization Time: Áp dụng với chế độ Time, nhập thời gian nén đến áp suất cần nén (min) + Vial Pressurization Rate: Áp dụng với chế độ Rate, nhập tốc độ nén đến áp suất cần nén (kPa/min) Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 7 - Advanced: + Heated/Cooled Tray Temperature: Tick chọn và nhập nhiệt độ của khay đựng mẫu. 2.4. Tạo phương pháp cho máy sắc ký Trace GC 1310 - Nhấn vào biểu tượng của Trace GC 1310 ở bên trái cửa sổ, các thông số hiển thị ở cửa sổ bên phải. - Phần Oven: Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 8 - Phần S/SL: - Phần Run Table: Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 9 2.5 Tạo phương pháp cho phần khối phổ ISQ-7000 - Nhấn vào biểu tượng của ISQ ở bên trái cửa sổ, các thông số hiển thị ở cửa sổ bên phải. Mục Method set up - Mục Method type: lựa chọn phương pháp lấy tín hiệu là Acquisition-General Acquisition-Timed MS Transfer line Temp: Nhập vào nhiệt độ của Transfer line chạy ứng dụng Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 10 Ion source Temp: - Nhập vào nhiệt độ của nguồn ion hóa chạy ứng dụng Acquisition Threshold: - ngưỡng lấy tín hiệu, thường không đặt Ionization mode: Chọn chế độ ion hóa là EI hay CI CI gas type: chọn loại khí ion hóa CI CI gas flow: đặt tốc độ dòng khí ion hóa cho CI Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 11 Khi chọn chế độ lấy tín hiệu là Acquisition – General Mục Run Completion: - GC run time: thời gian lấy tín hiệu của khối phổ theo chương trình chạy của GC Probe run time: thời gian lấy tín hiệu khi sử dụng probe Stop After: khối phổ ngừng lấy tín hiệu sau thời gian đặt Chế độ Full Scan Khi chạy mẫu ở chế độ Full Scan: - Time: thời gian khối phổ bắt đầu lấy tín hiệu - Mass List or Range: ở chế độ full scan, nhập vào khoảng mass muốn scan (vd: 50 – 300) - Dwell or scan time: thời gian quét - Tune file name: chọn file tune để chạy máy Chế độ SIM Khi chạy mẫu ở chế độ SIM - Time: thời gian khối phổ bắt đầu lấy tín hiệu - Mass List or Range: ở chế độ SIM, nhập vào các mass muốn theo dõi, các mass cách nhau bởi dấu phẩy (VD: 92, 110, 220) Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 12 - Dwell or scan time: thời gian quét - Tune file name: chọn file tune để chạy máy Khi chọn chế độ lấy tín hiệu là Acquisition – Timed - Nếu muốn đưa một danh sách chất từ ngoài vào thì dùng lệnh Link to eaxternal file (lưu ý định dạng và Formate của file đưa vào, tốt nhất để xuất 1 danh sách từ phương pháp ra ngoài và sửa lại trên file đó) - Cửa sổ SIM Bridge hiển thị - Mục Source Locate: chọn dạng ngôn ngữ của source - Nhấn chọn vào nút Select the file Containing the scans để chọn vị trí lưu file để mở Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 13 - Nhấn chọn file để mở  nhấn OK để đưa danh sách vào phương pháp Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 14 Khi chạy ở chế độ SIM - Name: nhập vào tên của chất phân tích - RT: nhập vào thời gian lưu của chất - Window: thời gian lấy tín hiệu - Mass: nhập vào mass của ion muốn theo dõi - Mục Instrument Setting: - Tune file: chọn file tune cho phương pháp - Detector gain: sử dụng Gain từ file tune hay tự đặt gain cho detector - Emession current: sử dụng dòng từ file tune hay tự đặt dòng - Nhấn save để lưu lại phương pháp Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 15 3. Tạo sequence để chạy mẫu 3.1 . Mô tả giao diện: - Trong màn hình chính Xcalibur. Nhấn vào biều tượng của Sequence. - Cửa sổ tạo Sequence xuất hiện như sau: - Để tạo một Sequence hoàn toàn mới, vào File / new. - Để mở một sequence đã có sẳn, vào File  Open, chọn đường dẫn chứa file, Open. - Để lưu lại file Sequence vừa tạo hay chỉnh sửa, vào File  Save hoặc Save as. 3.2. Sắp xếp các cột trong Sequence: - Để hiện thị các cột thông tin khác nhau trên màn hình Sequence, thực hiện như sau - Trên thanh công cụ, chọn Change  Columns Arrangement. Nhấn chọn vào tên của cột và thực hiện các lệnh. + Add: thêm một cột. + Remove: bỏ một cột. + Move up: di chuyển một cột lên trước. + Move Down: di chuyển một cột về sau. Nhấn OK để hoàn thành. Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 16 3.3 Tạo một Sequence mới theo mẫu: - Vào file New. Cửa sổ tạo sequence hiển thị. 3.4. Chỉnh sửa một sequence có sẵn: - Cách đơn giản nhất để tạo một sequence là mở một sequence có sẵn, sửa lại các thông tin có sẵn, lưu lại với tên mới. - Trong sequence setup có thể: + Insert Row thêm một dòng. + Delete Row xóa một dòng + Edit / Fill down tạo một dãy gồm nhiều dòng có thông tin giống một dòng có sẵn. + Edit / Go to row di chuyển đến một dòng bất kỳ. + Print In sequence Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 17 3.5. Thực hiện phân tích một Sequence: - Trước khi phân tích một sequence thì cần phải lưu lại để sau này dễ dàng mở ra xem kết quả dưới dạng offline. Nên lưu tên sequence đặc trưng cho mẫu phân tích, dễ nhớ, dễ tìm. - Nhập các thông tin vào Sequence + Sample Type: chọn loại mẫu là Unknow, Std Backet hay Blank + File name: nhập vào tên mẫu + Instrument Method: chọn phương pháp chạy máy + Procesing Method: chọn phương pháp xử lý (có thể chọn sau) + Position: vi trí đặt mẫu + Injection Vol: nhập vào thể tích mẫu tiêm + Level: nhập vào mức chuẩn cho mẫu chuẩn nếu Sample type chọn Std Backet - Để thực hiện phân tích một sequence, nhấn chọn dòng muốn bắt đầu phân tích Vào Action > Run sequence - Để thực hiện phân tích một dòng bất kỳ trong sequence, nhấp chuột bên trái để tô đen mẫu mà bạn muốn phân tích. Vào Action > Run this sample - Sau khi nhấn vào chạy mẫu, màn hình hiển thị như sau: Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 18 - Mục Accquisition Option - Khi tiêm mẫu tự động: + Vào Change Instrument, kiểm tra mục Autosampler trong Start Instrument đã được chọn. Chạy AIAS 1310 Chạy HS500 + Nhấn OK để hoàn tất và chạy mẫu. Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 19 - Khi tiêm mẫu bằng tay: + Vào Change Instrument, bỏ bỏ chọn mục Autosampler trong Start Instrument - Trong mục Instrument Method và Progarms không chọn vào. - Trong mục After Sequence set System: + Chọn vào mục Standby để sau khi hoàn thành phân tích, hệ thống về chế độ Standby + Chọn vào mục set system ON để giữ hệ thống On sau khi phân tích - Run Rows: nhập vào các dòng muốn phân tích. - Nhấn Ok để bắt đầu chây sequence Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 20 4. Tạo phương pháp xử lý kết quả tự động - Processing setup: - Trong màn hình chính Xcalibur. Nhấn vào biều tượng của Processing Setup . - Cửa sổ tạo Sequence xuất hiện như sau: Tạo một file Processing mới Vào File  New Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 21 Chọn tính toán cho GC  Nhấn OK Chọn kiểu dựng đường chuẩn tính toán  Nhấn OK Mở một file dữ liệu phân tích (file.RAW): File  Open Raw file, chọn file dữ liệu cần mở Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 22 Ví dụ mở File OFN_1, màn hình hiển thị 1. Mục Indentification - Mục Name: nhập vào tên của chất cần định lượng - Mục Detector Type  Chọn MS Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 23 - Mục Peak detect: lựa chọn thuật toán lấy tích phân diện tích peak - Mục Filter: chọn filter mass tương ứng với chất cần xử lý - Mục Trace: Chọn Base peak để đặt mass cho ion định lượng - Mục mass: nhập ion định lượng cho chất cần tính toán Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 24 - Mục retention time: - Expected: nhập vào thời gian lưu của peak trên sắc ký đồ - Window: nhập vào khoảng cửa sổ của peak - View width: nhập vào khoảng thời gian hiển thị 2 bên peak - Nhấn Ok để phần mềm nhận peak 2. Mục Detection Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 25 - Phần ICIS Peak Integration - Smoothing points: làm phẳng peak trên phổ chọn từ 1 đến 15. - Baseline window: số sacn của peak trên phổ cần lấy. Cài đặt chuần là 40. Khoảng thay đổi từ 1 đến 100. - Area Noise Factor: hệ số nhân vào để xác định peak. Cài đặt chuẩn là 5. Khoảng thay đổi từ 1 đến 500. - Peak noise factor: hệ số nhân vào để xác định tín hiệu nhiễu có phải là peak hay không. Số cài đặt càng lớn thì tín hiệu peak tìm được phải đủ lớn mới được ghi nhận. Giá trị mặc định là 1. Khoảng giá trị từ 1 đến 1000. - Constrain peak width: nhấp chọn mục này để hiệu chỉnh các thông số lấy tích phân của đuôi peak trên phổ. - Peak Height: % tổng độ cao peak trên đường nền khi bắt đầu lấy tích phân và kết thúc lấy tích phân. Giá trị thay đồi từ 0 – 100%. Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 26 - Tailing factor: tỉ lệ tối đa tính từ đuôi đến chân peak được cắt đều 50/50 - Phần ICIS Peak detection: Chọn vào Nearest RT. Để mặc định các giá trị. 3. Mục Calibration - Component Type: chọn tính chất cho peak định lượng. + Target Compound: chất cần định lượng + ISTD: chất làm nội chuẩn - ISTD: chỉ hiển thị khi chọn chất làm nội chuẩn + Amount: nhập vào nồng độ của nội chuần. + Unit: nhập vào đơn vị xác định. - Calibration Curve: chọn loại đường chuẩn. Linear : Y = mX + B Quadratic : Y = AX2 + BX + C Linear Log-Log: log [Y] = A log [X2] + B log [X] + C, Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 27 Average RF : Độ dốc đường chuẩn là tín hiệu trung bình của tất cả các tín hiệu. Point-to-Point : Đường chuẩn nối điểm. Cubic Spline : Đường chuẩn dạng khối. Origin Force : Đường chuẩn bắt buộc qua điểm zero Include : Đường chuẩn bao gồm điểm zero. Ignore : Đường chuẩn không bao gồm điểm zero. Respone: chọn tín hiệu muốn định lượng Area: Định lượng theo diện tích peak. Height: Định lượng theo chiều cao peak. Flags : lựa chọn một số thông số xuất hiện trong báo cáo. 4. Mục Levels: - Cal Level: nhập tên các điểm chuẩn. - Amount: nhập vào nồng độ của từng điểm chuẩn. Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 28 5. Phần System Suitability - Không sử dụng - Nhấn save để lưu lại file Processing 5. Tính toán và xem kết quả 5.1 Thực hiện Batch reprocess để tính toán - Tạo một Sequence mói dùng cho việc tính kết quả - Trong Sequence vừa tạo, nhấn chọn vào từng dòng để chọn file cần tính toán - Trong Processing Method  Chọn file Processing vừa tạo - Trong mục Sample type  chọn loại mẫu là Unknow hay Std - Trên màn hình Sequence  Chọn Action  Batch Reprocess Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 29 - Màn hình hiển thị - Nhấn OK để bắt đầu tính toán 5.2 Xem lại kết quả - Trên màn hình Xcalibur  Nhấn chọn vào biểu tượng Quan Brower - Nhấn chọn vào file Sequence vào tạo để tính toán Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 30 - Cửa sổ View Sample Type hiển thị  chọn để hiển thị kết quả mẫu - Màn hình hiển thị: - Xem kết quả tính toán, cắt lại chân peak bằng tay - Nhấn File  Save để lưu lại kết quả tính 5.3 Báo cáo và xuất kết quả ra file Excell - Để xuất báo cáo Trong phần Quan Brower  Chọn View  Reports Dialog Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 31 - Cửa sổ Report hiển thị - Sample Report: báo cáo của các mẫu, chọn dấu kiểm tra trong Enable để in báo cáo. + Std: mẫu chuẩn, muốn in chọn Yes. + QC: mẫu QC, muốn in chọn Yes. + Unk: mẫu thử, muốn in chọn Yes. + Other: mẫu khác, muốn in chọn Yes. + Save as: chọn định dạng file muốn xuất báo cáo (Pdf, Word,). + Report Template Name: chọn mẫu báo cáo. - Summary Report: chỉ chọn vào khi muốn in báo cáo tổng quát khi thực hiện phân tích chuỗi mẫu không lặp lại. - Select sample: để chọn các mẫu muốn xuất kết quả - Nhấn chọn Print Report để in báo cáo Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 32  Xuất kết quả tính toán ra file Excel - Để xuất báo cáo Trong phần Quan Brower  Chọn File  Export data to Excel Chọn xuất báo cáo ở dạng file ngắn hay dài - Phần mềm xuất kết quả tính toán ra file Excel 6. Tìm kiếm hợp chất trong thư viện: - Vào Qual Brower trong phần mềm Xcalibur. - Vào File > Open RAW file để mở một file mẫu. - Để xem phổ khối của một peak trên sắc ký đồ, nhấn chọn active trên màn hình hiển thị phổ khối. Hướng dẫn sử dụng Xcalibur cho GCMS ISQ 7000 Page 33 - Trừ nhiểu nền cho một peak trước khi tìm kiếm trong thư viện. + Nhấn chọn active trên màn hình phổ khối. + Nhấn chọn peak cần hiển thị phổ khối trên sắc ký đồ. + Trên màn hình phổ khối, nhấn chuột phải chọn Subtract Spectra > 2 Ranges + Lần lượt rê chuốt chọn khoảng thời gian trừ nền ở bên trái và bên phải của peak. - Tìm kiếm peak trên thư viện. + Nhấn chọn active trên màn hình phổ khối. + Trên màn hình phổ khối, nhấn chuột phải chọn Library > Search hoặc Export to Library Brower để tìm kiếm kết quả trong thư viện phổ. + Kết quả tìm kiếm hiển thị trên màn hình. 7. Thêm một mẫu vào thư viện người dùng: - Vào Qual Brower trong phần mềm Xcalibur. - Vào File > Open RAW file để mở một file mẫu. - Nhấn chọn peak cần hiển thị phổ khối trên sắc ký đồ. + Nhấn chọn active trên màn hình phổ khối. + Trên màn hình phổ khối, nhấn chuột phải chọn Library > Export to Library Brower. - Vào Window > Libraian - Nhấn nút Edit Septrum trên thanh công cụ. - Nhấn vào nút Add to Library - Đánh tên hòa chat cần thêm vào thư viện của mình. - Chọn thư viện add tên vào. - Nhấn OK để hoàn thành.