Nghiên cứu sự lưu hành của bovine coronavirus gây tiêu chảy ở bò tại Hà Tĩnh và Nghệ An

Kết quả giải trình tự gen và phân tích trình tự gen s của 3 chúng BCoV (chúng NA585 và NA586 thu thập được ở Nghệ An và chủng HT666 thu thập được ở Hà Tĩnh) trong nghiên cứu này cho thấy chúng có mức độ tương đồng cao vói nhau vế trình tự nucleotide (dao động trong khoảng 97,8-99,5%). Kết quá so sánh trình tự gen s của BCoV trong nghiên cứu này với các chúng BCoV phân lập được tại Việt Nam trước đây (chúng BL104, DT97 và PL84) (Shin & cs., 2019) cho thấy tỷ lệ tương đồng về nucleotide giao động từ 97,8-99,7%. Khi so sánh với chủng virus SWUN/LN2 phân lập được tại Trung Quốc (Abi & cs., 2019), tỷ lệ tương đồng vế trình tự gene s khoảng 98,3- 98,9% (Bảng 3 và Hình 2). Tương tự khi so sánh trình tự gen s của các chúng BCoV trong nghiên cứu này với 3 chúng virus vacxin (chủng 0501 và BC94 của Hàn Quốc và chúng Nodern của Mỹ), tỷ lệ tương đồng về trình tự gene s trong khoáng từ 97,2-99,6%. Kết quả phân tích trình tự axit amin suy diễn (deduced amino acid) của gen s cho thấy 3 chủng trong nghiên cứu này có mức độ tương đồng với nhau về aa trong khoảng 97-99,6%. So sánh các chủng BCoV trong nghiên cứu này với chủng BL104 được phát hiện ở Bình Lục, Hà Nam năm 2018 cho thấy tỷ lệ tương đồng vế aa khoảng 97,3-100%. So sánh với chủng thực địa SWUN/LN2 phân lập được tại Trung Quốc năm 2018 cho thấy tý lệ tương đồng về aa khoảng 97,7-99,6%. Tương tự khi so sánh với các chủng virus vacxin của Hàn Quốc (0501 và BC94) và Mỹ (Norden), tỷ lệ tương đồng về trình tự aa của gen s dao động trong khoảng 93,1-97%. Các chủng BCoV trong nghiên cứu này có tỷ lệ tương đồng cao nhất về trình tự aa (96-97%) khi so sánh với chủng virus vacxin 0501 của Hàn (Lee & Yoon, 2009; Lee & cs., 2009; Zhang & cs., 1991) (Báng 4 và Hình 3).