Nghiên cứu ứng dụng trong chọn
giống, lai tạo giống hoặc chuyển gene để
tạo ra các giống cá mới có chất lượng. Mở
rộng phạm vi nghiên cứu thu thập thêm
nhiều mẫu cá thuộc chi Anabas của Việt
Nam và các nước trên thế giới. Thiết kế
mồi đặc hiệu và xây dựng hoàn thiện quy
trình giải trình tự gene ty thể COI cho tất cả
các loài cá thuộc chi Anabas. Cần sử dụng
thêm một số chỉ thị khác trong genome để
định danh chính xác tên loài và xây dựng
hệ thống mã vạch DNA cho các loài cá
thuộc chi Anabas.
8 trang |
Chia sẻ: huongthu9 | Lượt xem: 473 | Lượt tải: 0
Bạn đang xem nội dung tài liệu Quan hệ di truyền các loài cá thuộc chi anabas dựa trên chỉ thị gene ty thể coi, để tải tài liệu về máy bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên
TẠP CHÍ KHOA HỌC ĐẠI HỌC VĂN LANG Trương Thế Quang
62
QUAN HỆ DI TRUYỀN CÁC LOÀI CÁ THUỘC CHI Anabas
DỰA TRÊN CHỈ THỊ GENE TY THỂ COI
GENETIC RELATION OF FISHES IN THE GENUS Anabas USING
MITOCHONDRIAL CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT I (COI) MARKER GENE
TRƯƠNG THẾ QUANG
TS. Trường Đại học Văn Lang, truongthequang@vanlanguni.edu.vn, Mã số: TCKH13-08-2019
TÓM TẮT: Tách chiết và thu nhận DNA tổng số của 60 mẫu cá rô đồng gồm bốn loại, ký
hiệu A1, A2, A3, A4 ở Thành phố Hồ Chí Minh và các vùng phụ cận bằng phương pháp
trích ly với bộ kit PHUSA-IHHNV theo quy trình của Công ty Sinh hóa Phù Sa. Các nhóm
cá có khoảng cách di truyền gần gồm nhóm 3 và nhóm 4 (0,0285),... Các loài Anabas
testudineus India, Anabas testudineus Myanmar được nhận diện lại là Anabas cobojius
India, Anabas cobojius Myanmar thuộc nhóm 1.
Từ khóa: cá rô đồng; cây phát sinh loài; đa dạng di truyền; gene COI.
ABSTRACT: Total DNA of 60 specimens of the anabas included four types of A1, A2, A3,
A4 in Ho Chi Minh city and the vicinities were extracted by extraction method with
PHUSA-IHHNV kit and according to the process of the Phu Sa Biochemical Company. The
species Anabas testudineus India, Anabas testudineus Myanmar were identified as Anabas
cobojius India, Anabas cobojius Myanmar belongs to group 1.
Key words: anabas; phylogeny tree; genetic diversity; COI gene.
1. ĐẶT VẤN ĐỀ
Anabas là một chi cá rô đồng bản địa
của vùng Nam và vùng Đông Nam châu Á.
Trong tự nhiên, các loài cá thuộc chi
Anabas có thể dài đến 30 cm, chúng có thể
sống được trong môi trường nước lợ và
nước ngọt [12, tr.4474-4489]. Các loài cá
thuộc chi này sống trong các thủy vực ở các
vùng Đông Nam Á, kể cả ở India, Sri
Lanka, Bangladesh, Myanmar, Malaysia,
Thailand, Việt Nam và Philippines.
Có hai loài được ghi nhận trong chi Anabas
là cá rô sông Hằng (Anabas cobojius Hamilton,
1822) và cá rô đồng (Anabas testudineus Bloch,
1792) [4], Hình 1.
a) Anabas testudineus [11]
b) Anabas cobojius [10]
Hình 1. Các loài cá thuộc chi Anabas
TẠP CHÍ KHOA HỌC ĐẠI HỌC VĂN LANG Số 13, Tháng 01 - 2019
63
Năm 2013, Trương Ngọc Trinh và các
cộng sự đã so sánh đặc điểm hình thái và
di truyền của các dòng cá rô nuôi (cá rô
đầu vuông) và cá rô tự nhiên. Tỷ lệ tương
đồng trình tự gene COI của cá rô đầu
vuông và cá rô tự nhiên là 99 %, nếu so
với cá rô (Anabas testudineus) đã được
công bố trên cơ sở dữ liệu GenBank hoặc
Boldsystems là 97 %. Chứng tỏ cá rô đầu
vuông và cá rô tự nhiên cùng là loài
Anabas testudineus [7, tr.23-30].
Năm 2014, Zhao H. và các cộng sự đã
giải trình tự bộ gene ty thể hoàn chỉnh của
Anabas testudineus có chiều dài 16603 bp
bao gồm 13 gene mã hóa protein, 2 gene
mã hóa rRNA, 22 gene mã hóa tRNA và
một vùng kiểm soát [13, tr.25-40].
Các công trình nghiên cứu định danh
loài trên thế giới đã ứng dụng việc giám
định gene và biến đổi di truyền bằng
phương pháp sinh học phân tử. Đối với
nhiều loài vật nuôi, một số gene trong bộ
gene ty thể (mitochondrial DNA) như COI
(cytochrome oxidase subunit I), NADI
(nicotinamide dehydrogenase subunit 1),
COB (cytochrome b) và vùng giao gene
ITS-2 (internal transcribed spacer 2) thuộc
bộ gene trong nhân (nuclear DNA) đã được
xem là chỉ thị phân tử quan trọng trong
công tác định danh, phân loại loài. Tuy
nhiên, gene ty thể tiến hóa nhanh hơn với
các gene nhân. Gene ty thể thường được sử
dụng để phân tích mối quan hệ phát sinh
chủng loại đối với các đơn vị phân loại bậc
thấp như họ, tộc, giống, loài. Trong đó gene
ty thể COI tiến hóa nhanh và được sử dụng
để phân tích mối quan hệ giữa các loài
trong cùng giống hoặc ở đơn vị dưới loài
[3]. Gene COI có thể dùng kiểm tra các
mẫu đã bảo quản trong thời gian dài mà
không bị ảnh hưởng. Trong nghiên cứu
này, ứng dụng phương pháp di truyền phân
tử dựa trên chỉ thị gene COI để tìm hiểu
mối quan hệ phân loại giữa các dòng cá rô
ở các vùng phụ cận, đồng thời tìm hiểu
quan hệ di truyền của cá rô đồng ở Việt
Nam và các loài cá thuộc chi Anabas ở các
nước lân cận đã có trình tự gene ty thể COI
lưu trữ trên cơ sở dữ liệu GenBank, nhằm
góp phần bổ sung thông tin đáng tin cậy, có
sức thuyết phục cao trong việc nhận dạng,
phân loại các loài cá thuộc chi này.
2. MỤC TIÊU VÀ NỘI DUNG NGHIÊN CỨU
Mục tiêu nghiên cứu, giải trình tự gene
ty thể COI của các loài cá thuộc chi
Anabas, xác định quan hệ di truyền và phân
nhóm theo khoảng cách di truyền của các
loài cá thuộc chi này. Kết quả nghiên cứu là
cơ sở khoa học ứng dụng trong nuôi trồng
thủy sản như chọn giống, tạo giống mới
chất lượng bằng phương pháp lai tạo hoặc
chuyển gene.
Thu thập 60 mẫu cá rô đồng ở Thành
phố Hồ Chí Minh và các vùng phụ cận.
Tách chiết DNA từ mô thịt cá, khuếch đại
gene ty thể COI bằng kỹ thuật PCR, điện di
trên gel agarose 2 % để tinh sạch và kiểm
tra nhằm chọn ra bốn mẫu trình tự gene
COI đại diện cho cá rô đồng sống tại hồ
chứa Trị An, tỉnh Đồng Nai (ký hiệu A1);
huyện Cần Giờ, Thành phố Hồ Chí Minh
(ký hiệu A2); tỉnh Long An (ký hiệu A3) và
hồ chứa Dầu Tiếng, tỉnh Tây Ninh (ký hiệu
A4). Sau đó giải trình tự và hiệu chỉnh trình
tự gene ty thể COI. Các thí nghiệm này đều
được thực hiện tại Phòng thí nghiệm Sinh
học phân tử, Công ty Sinh hóa Phù Sa,
thành phố Cần Thơ. Số liệu được xử lý
TẠP CHÍ KHOA HỌC ĐẠI HỌC VĂN LANG Trương Thế Quang
64
bằng công cụ Indentification trên cơ sở dữ
liệu Boldsystems, ứng dụng thuật toán
BLAST (Basic Local Alignment Search
Tool) để kiểm tra và định danh loài [8].
Tính toán ma trận khoảng cách di truyền
giữa các loài, nhóm loài và xây dựng cây
phát sinh loài bằng phần mềm Mega X [2,
tr.1547-1549]. Phân tích quan hệ di truyền
các loài cá chi Anabas bằng phần mềm
DnaSP 6.12.01.
3. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
3.1. Tách chiết DNA tổng số
Mẫu cá rô đồng được xử lý và bảo quản
ở 200C cho việc tách chiết DNA tổng số.
DNA tổng số được trích ly từ mô thịt cá
bằng bộ kit PHUSA-IHHNV theo quy trình
của Công ty Sinh hóa Phù Sa. Kiểm tra
nồng độ và độ tinh sạch của các mẫu DNA
tổng số bằng phương pháp đo hai bước sóng
260 nm và 280 nm trên máy quang phổ hấp
thu phân tử UV-VIS hãng Bio-Rad.
3.2. Khuếch đại, tinh sạch, giải trình tự
và hiệu chỉnh trình tự gene COI
Cặp mồi Anabas-F và Anabas-R dùng
để khuếch đại trình tự gene COI được thiết
kế bằng công cụ Primer-BLAST trên NCBI
và được tổng hợp tại Phòng Oligo, Công ty
Sinh hóa Phù Sa. Sau khi chạy phản ứng
PCR khuếch đại trình tự gene COI, tiến
hành điện di trên gel agarose 2 % để kiểm
tra chất lượng và tinh sạch sản phẩm PCR.
Sử dụng thang chuẩn DNA 100 bp (từ 100
bp đến 1500 bp) để ước lượng kích thước
band sản phẩm PCR. Band sản phẩm PCR
phải sáng rõ, chiều rộng của band lớn và có
kích thước khoảng 650 bp, xem như phản
ứng khuếch đại thành công. Sản phẩm PCR
được tinh sạch và giải trình tự gene COI
bằng hệ thống 3130 hãng Applied
Biosystems. Sau đó, hiệu chỉnh các trình tự
gene COI bằng phần mềm BioEdit 7.0.5.2.
3.3. So sánh trình tự COI với cơ sở dữ
liệu Boldsystems
Sau khi có kết quả giải trình tự gene
COI, tiến hành thu thập các mối quan hệ
tương quan và kiểm tra các sai lệch dựa
trên sắp hàng hai trình tự gồm trình tự truy
vấn COI với từng trình tự trong cơ sở dữ
liệu Boldsystems bằng công cụ
Indentification, ứng dụng thuật toán
BLAST để tìm ra những trình tự trong cơ
sở dữ liệu Boldsystems có tỷ lệ tương đồng
cao với trình tự truy vấn, qua đó kiểm tra
và nhận diện tên loài của các mẫu vật.
3.4. Phân tích phát sinh chủng loài
Phân tích phát sinh chủng loài được
thực hiện dựa trên sắp hàng nhiều trình tự
gene COI của bốn mẫu cá rô đồng Việt Nam
A1, A2, A3, A4 và trình tự gene COI của
các loài cá thuộc chi Anabas sống ở India,
Bangladesh, Myanmar, Malaysia, Thailand và
Philippines được thu thập từ cơ sở dữ liệu
GenBank (Bảng 2) theo thuật toán ClustalW,
ứng dụng phần mềm Mega X.
3.5. Xây dựng cây phát sinh loài
Cây phát sinh loài là sơ đồ thể hiện
mức độ tương đồng giữa các trình tự qua
quá trình tiến hóa di truyền. Thông qua cây
phát sinh loài có thể phân loại thành từng
nhóm sinh vật hoặc cho biết các sinh vật
nào chiếm số lượng nhiều hay loài nào sơ
khai, loài nào phát triển. Việc xây dựng cây
phát sinh loài để mô tả lịch sử tiến hóa của
một nhóm các loài với những đặc tính khác
nhau nhưng có cùng mối quan hệ họ hàng
với nhau và cùng hình thành từ một tổ tiên
chung trong quá khứ. Lập ma trận khoảng
cách di truyền giữa các loài, nhóm loài theo
TẠP CHÍ KHOA HỌC ĐẠI HỌC VĂN LANG Số 13, Tháng 01 - 2019
65
mô hình Maximum Composite Likelihood
[6, tr.11030-11035] và xây dựng cây phát
sinh loài theo thuật toán Neighbor - Joining
Tree [5, tr.406-425], [8] là các công cụ
thuộc phần mềm Mega X. Chọn khởi tạo
với bootrap 1000 lần lặp lại để tăng độ tin
cậy tính toán [1, tr.783-791].
3.6. Phân tích quan hệ di truyền
Dựa vào cây phát sinh loài, phân loại
nhóm loài sao cho khoảng cách di truyền
giữa các nhóm Dij 0,020. Xác định các
nhóm có khoảng cách di truyền xa, trung
bình và gần. Ứng dụng phần mềm DnaSP
6.12.01 phân tích đa hình đơn nucleotide SNP
(Single Nucleotide Polymorphism) trong sắp
hàng hai trình tự gene COI của các loài cá
trong cùng một nhóm hoặc các loài cá khác
nhóm để nhận diện và điều chỉnh chính xác
tên loài theo tỷ số SNP K (%) được tính
theo công thức (1).
100.S
K
N
(1)
S là số lượng các vị trí SNP, N là tổng số
vị trí nucleotide trong sắp hàng hai trình tự
gene COI của hai loài Anabas tương ứng.
4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
4.1. Tách chiết DNA tổng số
DNA tổng số được tách chiết từ mẫu
thịt cá theo quy trình của Công ty Sinh hóa
Phù Sa, sau đó được kiểm tra nồng độ và
độ tinh sạch bằng cách đo trên máy hấp thu
phân tử UV-VIS tại bước sóng 260 nm và
280 nm. Kết quả các mẫu DNA tổng số đều
có nồng độ cao từ 81,0 đến 191,3 g/ml. Tỷ
lệ độ hấp thu tại bước sóng 260 nm và 280
nm OD260/OD280 đều nằm trong giới hạn từ
1,8 đến 2,0 chứng tỏ mẫu DNA tinh sạch tốt
không bị tạp nhiễm protein (Bảng 1).
Bảng 1. Kết quả kiểm tra nồng độ và mức độ
tinh sạch của sản phẩm DNA tổng số [9]
Tên mẫu
Nồng độ DNA
(µg/µl)
OD260/OD280
A1 191,3 1,95
A2 107,0 1,90
A3 84,5 1,85
A4 81,0 1,87
4.2. Khuếch đại, tinh sạch, giải trình tự
và hiệu chỉnh trình tự gene COI
Lấy 2 µl dung dịch DNA tổng số, thực
hiện phản ứng PCR khuếch đại chọn lọc
trình tự gene ty thể COI với cặp mồi:
Anabas-F 5'-3': ACCCAAAAGACATTGGCACC
Anabas-R 5'-3': GGCCAAAGAATCAAAACAAGTG
Kết quả chạy PCR đã khuếch đại thành
công gene ty thể COI, sản phẩm tạo thành là band
DNA có kích thước khoảng 650 bp (Hình 2).
Hình 2. Kết quả điện di sản phẩm PCR [9]
Tiến hành cắt lấy band 650 bp và tinh
sạch theo quy trình của Công ty Sinh hóa Phù
Sa. Sau khi tinh sạch các mẫu được đem đi
giải trình tự theo nguyên tắc Sanger bằng hệ
thống 3130 hãng Applied Biosystems. Hiệu
chỉnh trình tự COI bằng phần mềm BioEdit
7.0.5.2, kết quả thu được các file trình tự COI
định dạng fasta hoàn chỉnh.
4.3. Kết quả so sánh trình tự gene COI
với cơ sở dữ liệu Boldsystems
Kiểm tra bằng công cụ Indentification trên
cơ sở dữ liệu Boldsystems cho thấy tỷ lệ tương
đồng trình tự gene ty thể COI của cả bốn mẫu cá
rô đồng Việt Nam A1, A2, A3, A4 so với loài
Anabas testudineus Malaysia (JF781185) là 99,83
%, Anabas testudineus Thailand (JQ661369) là
TẠP CHÍ KHOA HỌC ĐẠI HỌC VĂN LANG Trương Thế Quang
66
97,36 %. Các mẫu cá rô đồng Việt Nam đều là
loài Anabas testudineus [9].
Bảng 2. Các loài cá thuộc chi Anabas
trong sắp hàng nhiều trình tự gene ty thể COI [9]
STT Tên loài cá,
vùng địa lý
Accession
number (Ký
hiệu)
1 Anabas testudineus Đồng
Nai, Việt Nam
A1
2 Anabas testudineus Tp.
HCM, Việt Nam
A2
3 Anabas testudineus Long
An, Việt Nam
A3
4 Anabas testudineus Tây
Ninh, Việt Nam
A4
5 Anabas testudineus
Thailand
JQ661369
6 Anabas testudineus
Indonesia
KU692243
7 Anabas testudineus
Philippines
HQ682664
8 Anabas testudineus
Malaysia
JF781185
9 Anabas testudineus
Myanmar
LC190180
10 Anabas testudineus India JX260824
11 Anabas cobojius
Bangladesh
KY124377
12 Anabas cobojius India
(hap. AnoH1)
KC774635
13 Anabas cobojius India
(hap. AnoH2)
KC774636
4.4. Cây phát sinh loài, nhóm loài
Kết quả sắp hàng nhiều trình tự gene ty
thể COI của các loài cá thuộc chi Anabas (Bảng
2), bằng các công cụ Distance, Phylogeny của
phần mềm Mega X, thiết lập được ma trận
khoảng cách di truyền (Bảng 3) và cây phát
sinh loài (Hình 3).
Với điều kiện khoảng cách di truyền giữa
các nhóm Dij 0,020, các loài cá thuộc chi
Anabas được phân thành bốn nhóm như sau:
Nhóm 1: Anabas testudineus India
(JX260824), Anabas testudineus Myanmar
(LC190180), Anabas cobojius Bangladesh
(KY124377), Anabas cobojius India hap.AnoH1
(KC774635), Anabas cobojius India hap.AnoH2
(KC774636); Nhóm 2: Anabas testudineus
Indonesia (KU692243), Anabas testudineus
Philippines (HQ682664); Nhóm 3: Anabas
testudineus Thailand (JQ661369); Nhóm 4:
Anabas testudineus Việt Nam (A1, A2, A3,
A4), Anabas testudineus Malaysia
(JF781185);
Bảng 3. Ma trận khoảng cách và sai số chuẩn của các loài cá thuộc chi Anabas dựa trên gene COI
TẠP CHÍ KHOA HỌC ĐẠI HỌC VĂN LANG Số 13, Tháng 01 - 2019
67
Hình 3. Cây phát sinh loài, nhóm loài của các loài cá thuộc chi Anabas dựa trên gene COI
Khoảng cách di truyền và sai số chuẩn
của khoảng cách di truyền tương ứng giữa
các nhóm cá thuộc chi Anabas dựa trên
trình tự gene COI được nêu trong Bảng 4.
Bảng 4. Ma trận khoảng cách và sai số chuẩn của
các nhóm cá thuộc chi Anabas dựa trên gene COI
4.5. Kết quả phân tích quan hệ di truyền
Căn cứ ma trận khoảng cách di truyền
của các nhóm cá thuộc chi Anabas (Bảng
4), các nhóm cá có khoảng cách di truyền
xa gồm nhóm 2 và nhóm 4 (khoảng cách
0,1055), nhóm 1 và nhóm 4 (khoảng cách
0,1041), nhóm 1 và nhóm 3 (khoảng cách
0,0910). Các nhóm cá có khoảng cách di
truyền trung bình gồm nhóm 2 và nhóm 3
(khoảng cách 0,0849), nhóm 1 và nhóm 2
(khoảng cách 0,0772). Các nhóm cá có
khoảng cách di truyền gần gồm nhóm 3 và
nhóm 4 (khoảng cách 0,0285).
Kết quả sắp hàng hai trình tự gene COI
của các loài cá thuộc chi Anabas (Bảng 5), tỷ
số SNP của Anabas testudineus India (nhóm
1) và Anabas cobojius India hap. AnoH1
(nhóm 1) là K11 = 3/664 = 0,45 %, Anabas
testudineus Myanmar (nhóm 1) và Anabas
cobojius India hap. AnoH1 (nhóm 1) là K21 =
2/651 = 0,31 %; Tỷ số SNP đối với Anabas
testudineus India (nhóm 1) và Anabas
testudineus Indonesia (nhóm 2) là K12 =
54/652 = 8,28 %, đối với Anabas testudineus
Myanmar (nhóm 1) và Anabas testudineus
Indonesia (nhóm 2) là K22 = 45/655 = 6,87
%. Tỷ số SNP K12 = 8,28 % và K22 = 6,87 %
lớn hơn nhiều so với K11 = 0,45 % và K21 =
0,31 % do đó các loài Anabas testudineus
India, Anabas testudineus Myanmar nên
được nhận diện lại lần lượt là Anabas
cobojius India, Anabas cobojius Myanmar
cùng thuộc nhóm 1 (nhóm cá rô sông Hằng)
với các loài Anabas cobojius Bangladesh,
Anabas cobojius India hap. AnoH1, Anabas
cobojius India hap. AnoH2.
TẠP CHÍ KHOA HỌC ĐẠI HỌC VĂN LANG Trương Thế Quang
68
Bảng 5. Tỷ số SNP K (%) trong
sắp hàng hai trình tự COI cá Anabas
Tên loài
vùng (nhóm)
A. cobojius
India AnoH1
(nhóm 1)
A. testudineus
Indonesia
(nhóm 2)
A. testudineus
India (nhóm 1)
K11 = 0,45 % K12 = 8,28 %
A. testudineus
Myanmar
(nhóm 1)
K21 = 0,31 % K22 = 6,87 %
5. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
5.1. Kết quả nghiên cứu
Tách chiết và thu nhận được DNA tổng
số của bốn mẫu cá rô đồng sống ở Thành
phố Hồ Chí Minh, Đồng Nai, Long An,
Tây Ninh bằng bộ kit PHUSA-IHHNV
theo quy trình của Công ty Sinh hóa Phù
Sa. Hiệu chỉnh thành công quy trình PCR
khuếch đại vùng gene ty thể COI bằng cặp
mồi Anabas-F và Anabas-R. Khuếch đại
được vùng gene ty thể COI đúng kích
thước và không lẫn tạp.
So sánh trình tự gene COI của các mẫu
cá rô đồng A1, A2, A3, A4 với loài Anabas
testudineus trên cơ sở dữ liệu Boldsystems
có tỷ lệ tương đồng đạt 97,36 99,83 %,
cho thấy các mẫu cá rô đồng Việt Nam đều
là loài Anabas testudineus.
Tiến hành xây dựng cây phát sinh loài
và đánh giá quan hệ di truyền của các mẫu
cá rô đồng (Anabas testudineus) Việt Nam
A1, A2, A3, A4 và các loài cá thuộc chi
Anabas ở các nước thuộc khu vực Nam và
Đông Nam châu Á, kết quả phân thành bốn
nhóm cá dựa trên chỉ thị gene COI.
Các nhóm cá có khoảng cách di truyền
xa gồm nhóm 2 và nhóm 4, nhóm 1 và
nhóm 4, nhóm 1 và nhóm 3. Các nhóm cá
có khoảng cách di truyền trung bình gồm
nhóm 2 và nhóm 3, nhóm 1 và nhóm 2. Các
nhóm cá có khoảng cách di truyền gần gồm
nhóm 3 và nhóm 4.
Các loài Anabas testudineus India,
Anabas testudineus Myanmar được nhận
diện lại là Anabas cobojius India, Anabas
cobojius Myanmar, với các loài Anabas
cobojius Bangladesh, Anabas cobojius
India hap. AnoH1, Anabas cobojius India
hap. AnoH2 cùng thuộc nhóm 1 (nhóm cá
rô sông Hằng).
5.2. Kiến nghị
Nghiên cứu ứng dụng trong chọn
giống, lai tạo giống hoặc chuyển gene để
tạo ra các giống cá mới có chất lượng. Mở
rộng phạm vi nghiên cứu thu thập thêm
nhiều mẫu cá thuộc chi Anabas của Việt
Nam và các nước trên thế giới. Thiết kế
mồi đặc hiệu và xây dựng hoàn thiện quy
trình giải trình tự gene ty thể COI cho tất cả
các loài cá thuộc chi Anabas. Cần sử dụng
thêm một số chỉ thị khác trong genome để
định danh chính xác tên loài và xây dựng
hệ thống mã vạch DNA cho các loài cá
thuộc chi Anabas.
TẠP CHÍ KHOA HỌC ĐẠI HỌC VĂN LANG Số 13, tháng 01, 2019
69
TÀI LIỆU THAM KHẢO
[1] Felsenstein J. (1985), Confidence limits on phylogenies: An approach using the
bootstrap, Evolution 39.
[2] Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K. (2018), MEGA X: Molecular
Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms, Molecular Biology and
Evolution 35.
[3] Nguyen D. A., Korsós Z., (2011), A revision of the millipede genus Riukiupeltis
Verhoeff, 1939 (Diplopoda, Polydesmida, Paradoxosomatidae), with comments on the
status of related species, ZooKeys 156.
[4] Ranier Froese, Daniel Pauly (2012), Species in the genus Anabas, FishBase,
[5] Saitou N., Nei M. (1987), The neighbor - joining method: A new method for
reconstructing phylogenetic trees, Molecular Biology and Evolution 4.
[6] Tamura K., Nei M., Kumar S. (2004), Prospects for inferring very large phylogenies by
using the neighbor - joining method, Proceedings of the National Academy of
Sciences (USA) 101.
[7] Trương Ngọc Trinh, Phạm Hoàng Yến, Dương Thúy Yên (2013), So sánh đặc điểm
hình thái và di truyền của các dòng cá rô đồng (Anabas testudineus), Tạp chí Khoa học
Trường Đại học Cần Thơ 40.
[8] Trương Thế Quang (2018), Tin sinh học, Nxb Đại học Quốc gia Thành phố Hồ
Chí Minh.
[9] Trương Thế Quang, Nguyễn Thị Mỹ Duyên (2018), Xác định quan hệ di truyền và
phân bố địa lý của các loài cá rô thuộc họ Anabantidae dựa trên trình tự COI gene ty thể,
Trường Đại học Văn Lang.
[10] Wikipedia (2017), Cá rô sông Hằng (Anabas cobojius).
[11] Wikipédia (2014), Anabas testudineus, pt.wikipedia.org/wiki/anabas_testudineus.
[12] Yi L. Tay, et al. (2006), Active ammonia transport and excretory nitrogen metabolism
in the climbing perch, Anabas testudineus, during 4 days of emersion or 10 minutes of
forced exercise on land, Journal of Experimental Biology 209.
[13] Zhao H., Yang H., Sun J., Chen Y., Lưu L., Li G., Liu L. (2014), The complete
mitochondrial genome of the Anabas testudineus (Perciformes, Anabantidae).
Ngày nhận bài: 08-12-2018. Ngày biên tập xong: 20-12-2018. Duyệt đăng: 21-01-2019
Các file đính kèm theo tài liệu này:
- quan_he_di_truyen_cac_loai_ca_thuoc_chi_anabas_dua_tren_chi.pdf